叔本華來到魏瑪高級文科中學繼續他的學業，在語文學家弗蘭茲·帕索夫的指導下，他進步得很快，為其在1809年成年後上大學積極準備著。在這裏需要特別指出的是，在文科中學校長克裏斯蒂安·路德維希·蘭茲的認真指導下，他研修了拉丁文修辭學，使他對古希臘和古羅馬文化有了一個全麵係統的了解，為他將來的學術研究打下了良好的基礎。在其他專業領域，如曆史、數學、文學等方麵，他也依靠自己的不懈努力顯示出其天才的理解力。在這些領域裏，他的知識素養也是比較豐富和出色的，可以說，遠遠超過了一個未來的大學生從四年的正規學習中所能獲得的。在魏瑪期間，盡管他把全部精力都投入到了學習中去，但也並非心無旁騖，其中也不乏情感方麵的某些刺激和躁動。有一首詩可以證明這一點。他狂熱地愛上了一個名叫卡羅琳·雅各曼的女演員，她的出現使這個二十一歲的年輕人神魂顛倒，他完全被她迷住了。他向母親坦白說：“如果我發現這位女子在大街上敲打石塊的話，我會把她娶回家的。”然而，這是不可能的，因為她早就是卡爾·奧古斯特公爵的情人了。成年後的叔本華從母親那兒得到了父親留給他的遺產，共有一萬九千個塔勒，此外，每年還可以從其家族在但澤的投資收益中得到約一百塔勒。這樣一來，他與母親在經濟上是徹底分開了。多愁善感的母親認為，這是一件很自然的事，並不會因此而破壞他們相互間的關係。
1809年10月8日，叔本華進入哥廷根大學學習醫學。盡管他很早就表現出了哲學方麵的氣質和天賦，但他目前隻是想成為一個學者，因而沒有專攻哲學專業。不過，他事實上已經將哲學作為研究的目標，在他看來，對一個人來說，生活的現實的知識，經濟才是一切哲學研究的首要的先決條件，而且對於每一個神學的世界的解釋來說，一個人思想上的基本準則是最強有力的論據。他的原則是：不應該用不熟悉的東西去解釋熟悉的東西，而應該從熟悉的東西出發，去進一步了解不熟悉的東西。因此，一個正視現實的人，在正式開始學習哲學以前，應該盡可能地擴大自己的知識麵。在大學學習期間，他除了聽醫學和解剖學以及物理和化學的課程外，還潛心鑽研數學、曆史和語言等學科。接受哲學家戈特洛勃·恩斯特·舒爾茨的勸告，他認真研讀了《神明般的柏拉圖》和《奇跡般的康德》，由於在這期間舒爾茨本人以他的著作《埃奈西德穆》作出了反對康德的論證，所以，叔本華（根據魯道爾夫·施泰納的表述）“有幸被一個人給他指點了康德，這個人同時具有讓人注意這位哲學家的矛盾的能力”。
叔本華在哥廷根一直呆到1811年複活節。假期期間，他在魏瑪結識了維蘭特。起初，維蘭特勸告叔本華放棄哲學，他以一句非常精辟的格言作了回答：“生活是一件棘手的事，我打算用對生活的思考來度過它。”談到對這個二十三歲的年輕人的印象，維蘭特是這樣評價的：“我很高興認識這個年輕人，他將來準能成大器。”1811年秋季，叔本華轉入柏林大學就讀。主要的是由於這時他已確定了他一生的主攻方向——哲學，而柏林大學當時擁有諸如費希特、謝林這樣一些有名望的哲學家，在那裏可以得到他們的指導。但是，那已經很強烈的自我意識妨礙著這個執拗的大學生接受這些獨具風格的思想家的學說。相反，他們激起了他內心深處的強烈反感和尖刻的批判。原先的崇拜逐漸變成了極度的厭惡和失望。雖然他仍選修費希特的課，但他從弗裏德裏希·奧古斯特·沃爾夫的哲學講座中獲益更多。此外，他們在蔑視施萊爾馬赫方麵是一致的。關於哲學與宗教的關係，施萊爾馬赫的觀點是：“哲學和宗教是相互依存的，沒有不是神學家的哲學家。”叔本華加在書邊的注釋則反駁道：“沒有一個神學家能夠學會哲學，他不需要它；沒有一個真正具有哲學思維的人會是神學家。沒有襻帶的牽製，他走起路來可能不那麼穩，卻是自由的。”涉及到他與費希特的關係，費希特的《知識學》的成果對於他哲學的概念體係的形成絕對不可能完全沒有影響，盡管他總是矢口否認二者之間的聯係。然而，他對“長著蓬亂的長發、紅色的臉膛和咄咄逼人的目光的小人物”（按照威廉·格威納的描述）帶有嘲諷的反感將理解，誰來判斷雙方理智上的基本態度的巨大差距。一個把叔本華那關注推論的無條件的準確性和精密性及對慣用語的模糊性反應敏感的思維能力與一個講師的表達方式區分開來的差距，那些人總是指望他的讀者們能夠理解表達如此不清的解釋：“它是它所以是的那樣。”他原打算在柏林大學獲得博士學位，但未能如願，再次爆發的戰爭動亂促使他於1813年春季逃離這個普魯士的首都，經德累斯頓回到了魏瑪。