當他飽受妨忌的痛苦折磨時，他的憤怒變得更加猛烈。他寫給約瑟芬的信充滿了熱情的渴望和思念，“這些燃燒著的情書，整篇寫滿了吻，除此之外幾乎沒有其他的內容。”（梅裏美語）約瑟芬卻欺騙了他，正如他聽到的一樣，她和一位有教養的紳士查爾斯混在一起，“我們應該感謝他製造的這場憤怒，它使意大利的戰鬥迅速地結束了。”（馬克西米利安-沃克斯）這些信雖然帶有強烈的方言，但仍然不失為美麗的情書。我不快樂，你最後一封來信是那樣的冷淡，就像一般的朋友。我在信中沒有找到曾在你的眼睛中燃燒著的火焰……你不知道，沒有你，沒有你的心，沒有你的愛，對於你的丈夫，即沒有幸福也沒有生命。遠離你，夜晚是這樣的漫長、乏味和悲傷，但如果在你的身邊，卻希望黑夜永遠不會結束。但約瑟芬卻毫無熱情，她對他根本沒有興趣，她不能理解，她為什麼要和她那個時代這樣偉大的人物結婚。
當她最終決定回到他的身邊時，正值意大利戰場的緊要關頭。維爾母澤帶領一支新的奧地利軍隊趕來了，意大利也開始搖擺不定，如果法國人失敗，它準備馬上投降。這對法國來說是一個生死攸關的時刻，波拿巴創造了一個又一個奇跡。維爾母澤在保衛曼圖亞之戰中連連敗北，匆忙趕來援助他的阿爾文齊也同樣被擊退。著名的阿爾科拉橋戰役被用一幅精美的油畫永恒地保留下來。在這幅畫裏，身材瘦削的將軍揮舞著法國三色旗，麵部表情英勇而悲壯。蒂博評論說，整個事件很少浪漫的情節，但它卻是一個將永遠地流傳下去的真正的傳奇。約瑟芬和一隻敏捷的雄貓結了婚，他是一個戰場上的幸運兒；一個戰功卓著的小個子士兵。現在她在意大利又找到了一個君王。督政府駐托斯卡那的外交公使米奧特·梅利托曾在米蘭附近的蒙母波羅宮殿拜訪了波拿巴，他感到那裏就像一個真正的王宮，晉見和晚宴的過程是按照嚴格的外交禮儀進行的。法國軍官、意大利貴族和商人們出出進進。波拿巴將軍和人們討論問題，做出決策，處理著公務，可以說，那樣子就像他生來就是一位國家統帥一樣。
我在這裏做的一切，他對米奧特說，還沒有結果。我現在隻是站在我事業的起點。您相信嗎？我在意大利奪取的勝利的桂冠隻是為了使督政府的律師，卡爾諾和巴拉斯更加偉大嗎？米奧特得出的結論是，他看到的是一位對共和國的理想和製度完全陌生的人。
五人執政內閣了解到他的思想，開始不信任他，並派遣克拉爾科監視他，在合適時與奧地利達成和解。但波拿巴並不急於和談，因為這將意味著他在意大利的國王般統治的結束。同時他認為，巴黎的思想家們根本不理解意大利事情，他們甚至用法國大革命的原則對其進行曲解。
他自己隻是短暫的研究過一點雅各賓主義，如果情況需要，他想重新再學習一些。但是當前意大利的實際情況是：教會還一直是掌權者，在教會麵前必須要小心從事。法國軍隊方麵的現實則是：軍隊首先要和長褲漢黨搞好關係，要小心周到地和他們打交道。不怎麼相信教條的波拿巴要扮演一個現實主義的中間人的角色。
1797年1月，阿爾文齊在利奧裏被擊潰；維爾母澤投降。這是最終的勝利嗎？這不是。奧地利還有一位偉大的將軍——卡爾大公。就像對其他對手一樣，他也沒有巴波拿巴放在眼裏。他的撤軍打開了法國軍隊通往維也納的道路。這時如果法國萊茵軍團出擊，就有可能攻入奧地利，但是萊茵部隊並沒有行動，在意大利的供給沒有保證，和平已是勢在必行。4月，波拿巴在累歐本簽署了一個臨時的和平協議。如果他——隻要是在戰爭中——獲得這樣高的威望，為什麼要和平？因為法國正由於選舉而弩張劍拔，這次選舉肯定會使被拿破侖在聖·羅赫教堂台階上轟炸過的右派勢力重新掌權。因為右派希望和平，他給了他們和平，與他們達成諒解；同時他們在戰爭中的勝利又保證他不會失去愛國的左派。這位年輕的將軍已經將他的軍隊放在政治的棋盤上進行深思熟慮了。