牛頓和萊布尼茨關於發明微積分優先權的爭論。在數學史上造成了一些消極的影響。它在英國和歐洲大陸數學家之間造成了一種屏障。一般說來，英國的數學家在整個18世紀裏一直沿用牛頓的流數術記法：而另一方麵，萊布尼茨的記法主要為法國和德國的數學家所使用。當然也不是絕對如此。學術界的這種狀況，給雙方都帶來了損害，特別是對英國那一派的數學家們。顯然，這種脫離數學發展的真正潮流的傾向，使英國數學家落後於歐洲大陸的數學家。直到1812年，劍橋大學的一些年輕的數學家建立了一個“分析學會”，主張在英國也應推廣萊布尼茨的微積分法。但是對於牛頓模式的物理學結構，直到19世紀末，人們還是堅信不移的。
（三）黃昏歲月
牛頓在世的最後幾年中，國內外各界的人士都向他表示尊敬和讚賞，在宮廷中他也備受寵信，直到80歲高齡以前，他一直沒有患什麼嚴重的疾病。雖然有些發胖，但仍然麵色健康、精神矍鑠。雖然已白發如銀，但仍不需要戴眼鏡，而且思想仍然敏捷活躍。到1722年，牛頓80歲時，他才開始患老年病症。先是膽結石，後是肺炎，腳部風濕痛。病痛開始折磨這位古稀的老人。朋友們為他在肯辛頓安排了新居，醫生也勸他搬到那裏去換換環境，空氣又新鮮。這時，牛頓感到自己年邁體衰，必須辭去造幣局局長的職務，但還繼續擔任皇家學會的會長。而在主持會議時，他有時就坐在主席的位子上睡著了。但他還是抓緊時間在助手的協助下，出版了《原理》第三版。助手是青年醫生亨利·彭伯頓，他盡管對數學懂得不多，還是出色地掌握了這些難懂的資料。牛頓盡管已有80歲高齡了，還是努力吸收新的研究成果。他懇請當時格林威治天文台的台長哈雷提供1680年發現的那顆著名彗星的詳細資料。此外，牛頓還想完成他那部長期編寫的神學史著作。但是病情越來越重，他已經力不從心了。
1727年2月28日，牛頓覺得身體還挺好，就去倫敦主持了皇家學會3月2日的會議。但是，3月4日回來時，就病倒了。病床上還能與朋友交談。3月15日，好像有點恢複元氣，但已是回光返照了。3月18日，牛頓進入了昏迷狀態。1727年3月20日，黎明之前，牛頓在昏睡中與世長辭，享年85歲。
牛頓死後也得到了最高的榮譽。3月28日，牛頓的遺體，以國葬禮隆重地安葬在威斯敏斯特教堂內。英國的王公大臣、文人學者紛紛前來吊唁致哀。他是人類曆史上第一個獲得國葬的自然科學家。他安葬的墓地，安睡著英國曆史上著名的藝術家、學者、政治家、元帥和海軍上將，牛頓的老師和朋友巴羅教授也安睡在那裏。