雖然培根婚後家庭生活很幸福，但他決不是那種沉溺於小家庭生活的人。他可能是由於考慮到自己原來寫的《迷宮的線索》，不僅對本國讀者有意義，而且對世界上所有的人都是有意義的。於是，這期間他又把《迷宮的線索》譯成了當時在知識界作為國際語言通行的拉丁文，並定名為《幾種想法與幾條結論》。接著，可能是由於他考慮到，自己在過去寫的文章中雖已不厭其煩地對舊的傳統哲學作了批判，但還有一些應該講的話未講。為了把這個問題突出地加以強調，還有必要對這個問題作專題闡述。於是他又於1608年寫了《各家哲學批判》。這一著作是以一個陌生人在巴黎的一次學術沙龍上對聽眾發表演講的形式寫成的。但是他如此重視的這兩部著作，生前都未公開發表。《幾種想法與幾條結論》後來是在1653年才由哥魯特出版的，而《各家哲學批判》則一直到1734年才得以問世。所以會出現這種情況，主要是由於這兩部著作所闡述的思想在當時都很激進，措詞都很尖銳。而那時英國思想界保守勢力還占上風。培根的好友托馬斯·博德利在給培根的信裏曾講到，他和學院裏的任何清醒的意見都不讚同培根的看法。可能是培根考慮到這種現實，因而未堅持在自己生前公開這兩部著作。
為了保證自己寫的著作能公開發表，他決定用一種叫當時的人可以接受的方式來寫一本新的著作，在這一著作中要闡述一種“新的想法與舊的想法的混合物”，形式就是通過分析寓言故事來宣傳自己的新思想。這是當時培根思想發展的必然產物。培根在人類思想史上的地位可以說是文藝複興運動和後來啟蒙運動的中介。一方麵，他往往把科學理解為世界上一種十分新穎的東西，並不把它看作是向某個黃金時代的返回。他曾經認為科學不可能在幾年內完成，而需要一代一代不斷發展、完善。這無疑是一種新的重要的曆史觀。可是，同時，舊的思想方法在他的頭腦中仍占有一定的地位。有時他又天真地相信在幾千年以前人類曾經對宇宙有過控製權，他所要做的事情，不過是對那個時代的一種“複興”——即恢複或更新。他確信人能夠得到這種知識，因為他曾經有過這種知識。他甚至曾經幻想這樣的事情在不多的幾年內就可以做到。由於他認為在某個遠古時期曾經有過一種真正培根式的科學的存在，而這個假想的過去就反映在一些古希臘的故事中。所以，在他看來，通過中肯的精辟的分析，可以透過這些故事發現已失落了的古人的智慧。於是他要寫的一部新的麵向未來的著作就采用了生動的、引人入勝的說明過去寓言故事的形式。這就是他於1609年出版的以拉丁文寫成的《論古人的智慧》（他所以要用拉丁文寫，是為了使這部著作與世長存。因為他認為當時的各種語言，包括他自己祖國的語言在內都不可能長久存在，將來有一天會“招致書籍的破產”）一書。
《論古人的智慧》是培根生前公開出版的第三部著作。他把書題獻給劍橋大學和在此時擔任劍橋大學校長的他的堂兄弟羅伯特·塞西爾·薩裏斯伯爵。在獻詞中說，這些寓言是一塊圈域，其中貯藏著珍貴的科學思想，他希望學者們能從他的勞動中領受並增添一些東西。
在《論古人的智慧》一書中，培根一共選取了31個優秀的神話故事進行了解釋。他以自己豐富的想象、深造的哲理、精巧的才思從中抽引出自己的宗教的、政治的和科學的思想。
班加明·法靈頓所重視的也是這一點，正如他在《弗朗西斯·培根》中所正確指出的那樣：“在培根的解說裏，值得欽佩的並不在於他好像找到了神話的真正的原始的意義——這樣的事情是根本不可能的——而是他那種能從這些故事之中抽繹出他所需要的教訓的巧思。”培根在談到這些神話故事時說：“它們既不應視為詩人的創造，也不應認為是屬於他們的時代，而應當作神聖的造物和從比較優越的時代所吹來的曲調，這是從更古老的民族的傳習中得來，而被收入希臘人的笛管中的。”這裏，明顯透露出培根關於古希臘也經曆了一個漫長的發展過程，有其自身古老的起源的曆史主義思想，這在當時無疑是很可貴的。
在《論古人的智慧》中，有許多對自然哲學的解釋，如標題大膽地定為《愛神或原子》的神話。在這一神話中，培根簡述了在希臘神話中愛神是眾神中最早出生的，除了開天辟地的“混沌”外，愛神也是一切事物中的最古老的，並且它是沒有父母的。接著培根對這一神話作了闡釋：“這個神話講的是寓意極深的自然的發生和開端的時期，這裏所講的‘愛’，我把它理解為原始事物的趨向或本能。或者更直接地說，就是‘原子的自然的運動’。這種東西確實是那種用物質構成的一切事物的原始的特殊的力量。這東西確實是沒有父母的，就是說，沒有‘因’的，因為‘因’就好像是‘果’的父母。可是原子的運動這種力量在自然界裏更無他‘因’（上帝當然要永遠除外）。在它以前沒有東西，因此沒有構成它的‘造因’，也沒有比它更為原始的東西，因此它沒有品類也沒有形式。”在這裏，培根借愛神最古老而又無雙親的故事就表達了自己關於物質自因的唯物主義思想。這篇寓言中關於原子的概念顯然是對德謨克利特思想的發展。