這是培根生命的最後幾年，也是他生活得最艱難、最頑強、最卓有成效的幾年。
（一）遭彈劾1620年，《偉大的複興》出版，培根已達到了自己命運的鼎盛狀態，在朝中的官爵已升到了高得不能再高的地步；而自己要改造學術、使人類命運發生革命的偉大理想，也終於寫成一本書與世人見麵了，盡管這本書還不完備。這時他的名聲和影響也越來越大，深受人們的愛戴和崇敬。連學識淵博、才華出眾的劍橋國王學院的柯林博士都感到自己讀了培根的《論學術的進展》之後，好像以前的讀書時間都白費了，現在才開始讀書。他的著作開始被譯成各種文字在世界上到處傳播。歐洲大陸一些有身份的人讀了培根的書以後還渡海專程來求見他，其中還有一個人向他要了一張全身照片帶回法國，以便讓他祖國的人們在了解培根思想的同時也能瞻仰他的容貌。至於說培根經常收到國外一些從事學術研究的人給他的書信，高度頌揚他所取得的成就，這就更不用說了。過去他還曾經抱怨自己不該當官，因為公務占去了他大量的寶貴時間和精力，而現在他可能感到，自己畢竟還是對了，因為自己總算什麼也沒有耽誤。然而好景不長，命運所給他的這一切成功和歡樂，仿佛就是為了讓他更深切地體會到痛苦與屈辱的滋味似的，不久他就開始交厄運了。
其實危機早就潛伏下來了。專利權是保證宮廷朝臣取得最高利益而妨礙和扼殺資本主義發展的一種特權。國會反映資本主義向前發展的要求從1597年起就開始了反對專利權的鬥爭。詹姆士繼位後，由於他來自沒有議會民主的蘇格蘭，他總是把議會看作是王權的敵人，反對議會討論他的內政和外交政策，命令議會把國事交給唯一有權掌握國事的國王樞密院。他還宣稱，臣民辯論國王所做的任何事情都等於煽動叛亂。詹姆士的這一切倒行逆施激起了議會的強烈不滿。議會針鋒相對地提出它有權討論一切有關臣民的權利和地位的事務。因此議會後來被詹姆士解散。而培根在這場代表新興資產階級利益和要求的議會與代表封建貴族勢力的國王詹姆士的衝突中，他雖然本心是主張扶持資本主義發展的，可實際上采取的態度卻是站在國王一邊，主張維護王室對專利權的要求，也正是由於這個原因他才得到國王的賞識和重用的，而這卻使他得罪了議會。
議會自被詹姆士解散後就再也沒有召集過。到了1621年，詹姆士由於籌款困難不得不召集議會，這使恢複後的議會一開始就重又陷入了與王室的尖銳的矛盾。議會不顧國王讓它恢複的初衷，頭一個舉動就是要求改革專利權法案。由於議會不便直接把矛盾對準國王，又由於培根在對待專利權上的態度和他在英王朝中的地位，所以議會在培根宿敵愛德華·科克的鼓動下，首先把矛盾對準了司法界，他們列舉了司法界的28條罪狀，這些罪狀事情雖不大，可影響卻不小。進而他們又要求彈劾大法官培根，理由是他受賄。
對此培根也很快地有了耳聞，不過開始他根本沒有把它當作一回事。他在給包金漢公爵的信中說：“我知道我有兩隻幹淨的手和一顆純潔的心，同時我敢說，我有一所可供朋友和仆人居住的幹淨的住室。不過約伯本人（約伯是聖經舊約《約伯記》講到的一個公義的人，他敬畏神明，不近邪惡。）或任何人作最公平的法官，如果遇到有人對他們搜求罪狀一如人們對我的時候，那他們也會暫時顯得很醜惡的，特別是在一個矛頭指向高位、控訴成為時髦的時代為甚。”他當時給國王的信也透露出對自己忠而被謗的情況感到冤屈和憤恨。他說他自認為自己還不是一個無節製的忠告者，不是一個貪婪民眾的壓迫者，也不是一個傲慢的、不能忍受的可恨的人。他說他從他父親那裏就沒繼承下天生的憎恨，相反，倒是天生的善良的愛國者。既如此，那麼對他的這些打擊是為什麼呢？他很快找到了答案，意識到事發的政治背景，看到了問題的嚴重性。這時他曾提醒英王詹姆士：“現在打擊您的大法官的人，恐怕將來也會這樣打擊您的王冠。”培根的這一說法是完全正確的。28年後，詹姆士的兒子果然被議會所殺，使培根的這一說法得到了應驗。不過培根當時說這種話是為了以此請求國王對議會采取堅決的抵製態度，幫他過關。詹姆士也明白這一鬥爭的含義，因此大力為培根奔走。