培根還認為運動是物質的根本屬性。在《新工具》中，他明確指出，“我們所見的一切物質，無論全體或部分，都沒有真正的靜止，隻是表麵上有靜止罷了。”培根還提出了物質是永恒的、不滅的思想。他說：“任何火，任何重量即壓力，任何強暴，以至任何長時間，都不能把物質哪怕是極小極小的任何部分化為無。”培根還進一步強調並論證了物質與運動不可分，並把運動看作是物質的固有屬性中最重要的特征。為此，馬克思曾把培根作這種理解的物質生動地說成是“物質帶著詩意的感性光輝對人的全身心發出微笑。”培根在強調物質運動是絕對的基礎上，在《新工具》第二卷中還用了不少筆墨集中討論運動的多種形態。他強調對運動要從它的原因、它所揭示的發展來考察，並據此提出了19種主要運動形式，如反抗的運動、連結的運動、自由的運動，等等。培根關於多種運動形式的學說，由於受當時科學發展水平和培根本人科學修養的限製，有不少錯誤，但也包含有不少辯證法的因素。這就是它肯定了運動與物質的不可分割性，強調了運動都是物質自己的運動，表達了運動形式的多樣性。不過培根把各種運動形式看作是互相孤立、彼此不能轉化的，也具有形而上學的缺陷。
培根在對運動形式的論述中，還透露出物質運動是有規律的。因為培根在很多情況下講的形式就是指物質運動的規律。如他說：“在自然中真正存在的東西，雖然除掉個別物體按照一定的規律進行純粹個體的活動之外，沒有什麼別的……而當我說到形式的時候，我的意思講的也就是這種規律及其所包含的部分。”但培根也強調形式是永恒的、不變的，而且最後把物體歸結為有限的簡單性質及其形式的組合，這就又陷入了形而上學的機械性。
培根作為唯物主義者，一反當時盛行的用目的論解釋一切的做法而主張因果決定論。他明確指出，不能依據目的論來考察自然。從物理學的角度看，說睫毛的存在就是為了保護眼球，下雨是為了潤濕土地，樹葉是為了保護果實，雲彩是為了澆灌地球，地球所以堅固是為了供動物的居住等等，都是愚蠢的。他說目的論“總是和人的本性有關，和宇宙的本性是沒有關係的。”在培根看來，對自然界作目的論的考察隻能“敗壞科學”，“並不能推進科學”。培根堅決認為自然規律是客觀存在，一切現象都具有必然的因果聯係。人隻要懂得了事物的因果聯係，就能控製自然、征服自然。他真誠地相信，隻要掌握了事物的一定形式、性質等等，就可以設法創造出這個事物來。他的歸納學說、形式學說就都是以他的因果決定論的思想為依據的。不過，在這個問題上培根也具有不徹底性罷了。
（二）《新工具》在培根看來，“文明人與野蠻人之間的區別，幾乎是神與人之間的區別。而這個區別不是從土壤來的，不是從氣候來的，也不是從種族來的，而是從學術來的。”可是當時的學術，都是一些在行動上沒有效果的東西。所以培根決心要在學術上來一場革命。他要使學術對改變人類生活有用。而要做到這一點，除了必須堅持經驗主義的認識論原則外，很重要的一點就是要改變認識的方法，以保證人們能獲得可靠的知識。培根把科學方法比喻為“心靈的工具”，認為理性需要“心靈的工具”，就如同在機械事務方麵，赤手空拳的人需要機械工具的幫助一樣。他舉例說，這猶如要搬遷一座雄偉巨大的紀念碑，若從事工作的人，不憑借任何工具，隻應用他的赤手，即使他們挑選了最強壯者，而且一再增加人員，甚至模仿角力者，在他們的手臂筋肉上塗抹藥油，然而一切都是徒勞的，不會成功的，這隻能說明他們精於瘋狂，工於瘋狂而已！在培根看來，同樣，在人類理智方麵，僅憑個人機智敏慧，或借名人的機智的集合積聚，以求成功豐功偉業也是不可能的。要航行於大洋，發現新大陸，就必須有羅盤導航，僅憑肉眼對星辰的觀察，就隻能沿大陸的海岸行駛。
在培根看來，這種“心靈的工具”之所以必要，這是由認識的主客體雙方的情況決定的。首先認識對象無限複雜，對於人類理性來說就如同一座迷宮，僅憑人類的機智而不借助任何科學方法的指導就很難得到對它的正確認識。其次，由於理性和感官自身的局限，聽憑自然也極易陷入謬誤。
培根的方法論是在批判舊邏輯方法的基礎上建立起來的。培根認為傳統的邏輯發現思想中的矛盾，而不能幫助發現新的科學，所以它隻是一種爭辯的藝術，而不是發明的藝術，不能用來幫助我們正確地認識和把握自然。在這種情況下，培根在人類曆史上第一次向邏輯提出了提供認識手段和方法的要求，使邏輯成為幫助進行科學研究的藝術，這是他的一大曆史功績。