不過，無論是“身敗名裂”的沉重打擊，還是家庭生活的不幸，經濟上的困擾，都沒有能把培根摧垮。他很快從一連串的挫折中振作起來，全力以赴地轉向了學術著述之路，真正開始了自己一生中最有價值的曆程。為了減少與人的來往，也是為了能節約經濟開支，用他自己的話說就是“為了安靜，並且更能簡單”。受賄案審判後，培根重又住到葛萊公會的老地方。這期間他寫了一篇《論厄運》的文章，真實地反映了他這時的心態：“好的運氣令人羨慕，而戰勝厄運則令人驚歎，這是塞尼卡得之於斯多亞派哲學的名言。確實如此，超越自然的奇跡，總是在對厄運的征勝中出現的。塞尼卡又曾說：‘真正的偉人是像神那樣無所畏懼的凡人’。這是一句宛如詩歌一樣美的名言。幸運所需要的美德是節製，而厄運所需要的美德是堅忍；後者比前者更為難能可貴。……在聖詩中，哀歌是與歌頌相伴的，而聖靈對約伯所受苦難的刻畫比對所羅門財富的刻畫更要動人。一切幸運都並非沒有煩惱，而一切厄運也並非沒有希望。是美的刺繡，是以明麗的花朵映襯於暗淡的背景，而絕不是以暗淡的花朵映襯於明麗的背景。從這圖像中汲取啟示吧！人的美德猶如名貴的香料，在烈火焚燒中散發出濃鬱的芳香。正如惡劣的品質可以在幸運中暴露一樣，最美好的品質也正是在厄運中被顯示的。”培根的這種精神誠然是很可貴的，不過他畢竟已經是60開外的人了，加上身體一向就不算好。盡管作為思想家的他，比誰都更深刻地懂得健康與事業的關係；作為重視自然科學的一貫倡導者和一向體弱多病的人，從來就非常注意自己的飲食起居和衛生（據勞萊回憶說，他年輕的時候極愛吃雞鴨之類的精美清淡的肉食，後來又喜歡吃豬肉牛肉一類較強的肉食，因為他認為這樣的肉食有利於把自己的身體養得健壯結實些）。此外，他每天早晨在稀熱的肉湯內總要加一點硝石，這樣一直持續了30年，直到他去世。每隔6-7天的功夫他還要用大黃的溶液融化在白酒和麥酒中，等半個小時，在臨吃飯前喝。他認為這樣既可把體內的廢物排泄掉，同時又不會像出汗似的減少體內的精氣。他不輕易用藥，他有一個治痛風症的藥方，每次一發病，用此藥兩小時即可治愈。後來他把這一藥方寫到《自然史》中來了，這時精力也已大不如前，而且常常鬧病，不過頭腦還十分清楚。
培根就在這年邁、體弱、多病的情況下，以驚人的毅力和速度，在他垮台後的幾個月內完成了被後人稱為“近代史學著作裏程碑”的《亨利七世》。對此法靈頓說過：“這雖然是培根第一部關於政治曆史的嚐試，但書寫得很出色。作者完全掌握了寫這樣的書所需要的材料。更可貴的是作者還能深入到事實中所隱藏的原因裏去。讓人看了他的書，就像繞過許多世紀回到史學發源的第五世紀的希臘裏去了。格羅蒂斯·雨果和洛克都稱讚過這部著作是富有哲學意味的史學著作的楷模。馬克思在寫作《資本論》時也曾援引過它。接著他又開始寫《亨利八世》，並寫出了《大不列顛史》的大綱，同時還為準備寫作《英格蘭和蘇格蘭法律提要》做了筆記，還寫了一篇《神聖戰爭對話》鼓勵歐洲各國聯合一致消滅北非沿岸的海盜與土耳其人。
培根所以突然轉到寫政治曆史方麵的著作，原因可能與培根在受賄案宣判前曾許諾過要寫這些著作有關。1621年4月21日，培根上書詹姆士國王請求他幫助自己免予起訴時曾提出：“受賄賂的人也易於給人以賄賂，……假如陛下給予我安寧和閑暇，上帝給予我健康，我將獻給國王一部好的英國曆史和較好的法律提綱。”不過，這時他更念念不忘的還是他的《偉大的複興》計劃的完成。首先他為了給科學與實驗的曆史作準備，開始研究具體自然現象的曆史，計劃每月出一種，並於1622年11月出版了《風的曆史》。既要保證質量，又要每年出12種，顯然是不可能的。第二種《生與死的曆史》雖然推遲了一個月也還是出版了，不過這也是培根這一計劃中所能完成的最後一種了。
這裏特別值得提出的是，培根為了科學事業，自己甘當小工的精神。為了能完成《偉大的複興》的寫作，他自覺地作了大量收集材料的工作。他在後來的《論科學的價值和發展》一書第七卷給國王的獻詞中說過：“至於我，我的最偉大的國王，我可以忠誠地說，不論在本書中或在我以後要發表的著作中，為了努力增進人類的利益，我將清醒地和有意識地把我的令名和才思（如果我真有這種東西的話）都拋在一旁；我也許更適於做一個哲學和科學方麵的建設者。但是，我不惜做一個普通工人、挑夫，諸如此類的為大家需要的人，把許多非做不可，而別人由於天生的驕傲因而規避或拒絕作的事情親自負擔起來，親自去執行。”培根不僅能為實現自己的崇高的理想抱著堅忍不拔的執著追求，而且能克服時代和貴族特有的偏見，不顧心靈上的重大創傷，腳踏實地、勤勤懇懇地為促使科學的“偉大複興”做每一個具體工作的精神是十分感人的。它成了激勵後人獻身科學的一種偉大力量。18世紀法國的狄德羅為了編纂《百科全書》有關實用的工藝、技術及其工具、機械製造和操作等詞條與附圖，就曾學習培根親自到現場向能工巧匠請教、學習、收集資料。