順治繼位時，索尼會同譚泰、圖賴、鞏阿岱、錫翰、鄂拜在三官廟結盟，誓輔幼主，六人為一體。但隨著多爾袞擅權攬政，勢力日益膨脹後，譚泰、鞏阿岱、錫翰皆違背盟約，依附於多爾袞，他們對索尼不依附多爾袞很不滿意。
順治二年（1645年），索尼進二等昂邦章京（都統），多爾袞認為，索尼既然任都統了，就不應任文官，因此解索尼的啟心郎職，但仍管理吏部事。
李自成敗走前，放火燒了宮殿，朝議修建宮殿，但此時多爾袞也在營造自己的府第，招工備料，工部給造王府的工錢比較高，結果工匠們紛紛去王府工地幹活，影響宮殿的工期。有個叫佟機的人對多爾袞提出異議，多爾袞大怒，要殺了佟機，索尼極力為其辯護，認為此人無罪，因此，多爾袞更加恨索尼。
英親王阿濟格輕慢皇上，視皇上為八歲小兒。索尼把此事告訴多爾袞，請治阿濟格的罪，多爾袞卻沒有答應。多爾袞曾召集諸大臣議分封諸王的事，索尼認為不可，鞏阿岱、錫翰等向多爾袞進讒言，說：“索尼這不是不讓你平定天下嗎？”請治索尼的罪，多爾袞也沒有允許。索尼告發都統譚泰隱匿詔旨，譚泰因此被削去公爵。有一個人向索尼要古琴，索尼從庫內取了一把漆琴給了他。索尼還曾令其仆從在禁門橋下捕魚。另外，索尼見庫院內的草長高了，便讓牧者把馬放進去吃草。這本來都是些無足輕重的小事，譚泰為報私仇，便臚列彈劾索尼，結果多爾袞命將索尼下法司查問，因此削去索尼的世職，永不敘用。
順治三年（1646年）正月，圖賴彈劾譚泰，涉及索尼。圖賴在上疏中舉報順治初年，清軍在西安剿賊，譚泰由於後到，沒有戰功，到大軍南下時，譚泰有顧慮，便告訴圖賴不想參與，並一副非常不滿意的樣子。圖賴說，他讓人把此書送給索尼，讓索尼向多爾袞報告，但索尼並沒有報告。把捎書的人找來問時，此人卻無中生有，說：“我把書交給索尼時，索尼囑咐我不要聲張。”諸大臣議索尼此罪當斬。多爾袞親自審問索尼，索尼感到非常奇怪，他說：“以前我告發譚泰擅隱諭旨罪，現在我還能藏圖賴的書而包庇譚泰嗎？”大臣們又一次訊問捎書人，才知是佐領希思漢怕譚泰獲罪，將書扔到河裏了。真相大白，索尼遂昭雪。不久被授為二等子爵。
索尼始終不依附於多爾袞，在政事上還常常與多爾袞爭論，多爾袞因此懷恨在心。順治五年（1648年），貝子屯齊等誣告索尼於崇德八年（1643年）與圖賴等謀立肅親王，私結盟誓之事，因此，議他為死罪。順治下旨，免其死罪。多爾袞卻堅持革去他所有的職務，籍沒家產，遣其去守昭陵。