平亂之後，年羹堯不僅兵權得到了鞏固，而且進一步參與朝中事務。雍正在給年羹堯的朱諭中讓他考察各地年景、吏治民生得失、舉國上下大小官員優劣等事情。這些本是朝中宰輔的職責，雍正卻讓年羹堯做，信任程度可見一斑。
在雍正推行新政的過程中，山西巡撫諾岷提出了“耗羨歸公”的想法。雍正大加讚賞，遂交廷臣討論，但異議甚多。雍正左右為難，猶豫不定，便征求年羹堯的意見：“此事朕不洞徹，難定是非，和你商量，你意如何？”可見，雍正甚至在朝政治理方麵，也十分看重年羹堯的意見。
年羹堯所受的恩遇之隆，古來人臣罕能相匹。雍正二年（1724年）十月，年羹堯入京覲見，獲賜雙眼孔雀翎、四團龍補服、黃帶、紫轡及金幣等非常之物。年羹堯本人及其父年遐齡和一子年斌均已封爵，十一月，又以平定卓子山叛亂之功，賞加一等男世職，由年羹堯次子年富承襲。
在生活上，雍正對年羹堯及其家人也是關懷備至。年羹堯的手腕、臂膀有疾及妻子得病，雍正都再三垂詢，賜送藥品。對年羹堯父親年遐齡在京情況，年羹堯之妹年貴妃以及她所生的皇子福惠的身體狀況，雍正也時常以手諭告知。至於奇寶珍玩、珍饈美味的賞賜更是時時而至。一次雍正賜給年羹堯荔枝，為保證鮮美，令驛站六天內從京師送到西安，這種賞賜可與唐明皇向楊貴妃送荔枝相比了。
年羹堯自以為功高榮寵，逐漸自我陶醉，妄自尊大。
在平定西北邊事後，年羹堯竟然要與前任大將軍王皇十四子胤相比擬，甚至還想超越胤的地位。年羹堯身為大將軍，與各省督撫往來文書應當用谘文形式，以示平等。但他視同等官位的官員為自己的下屬，給將軍、督撫的函件使用令諭。
年羹堯進京陛見時，都統範時捷、直隸總督李維鈞都得跪著迎接。郊迎的王公以下官員跪接，年羹堯安坐而過，看都不看一眼。王公下馬問候他，他也隻點點頭。雍正看見年羹堯隨從的武將和士卒穿著沉重的甲胄，便叫他們脫下來，竟沒有一個人敢脫。等到雍正皇帝告訴年羹堯，可以脫下甲胄，年羹堯下令，將士們才敢卸下鎧甲。
年羹堯還任人唯親，植黨營私。擢升大將軍後，他常以軍功保舉官員，濫用私人。吏部看是年羹堯的舉薦，也格外重視，另立一類，稱之為“年選”。
年羹堯保舉官員時，大多營私納賄。如被年羹堯奏參過的葛繼孔，通過兩次打點，送銅器、瓷器、玉器、字畫等物，年羹堯因而答應對其“留心照看”。因被年羹堯密奏而罷官的趙之垣，送了價值十萬兩銀子的珠寶之後，年羹堯轉而保舉其可以起用。借雍正二年進京之機，年羹堯特地將趙之垣帶到北京，“再四懇求引見”，力保其人可用。
這樣，年羹堯逐漸形成了以自己為中心的朋黨集團。該朋黨集團還有王景灝、胡期恒、金啟勳、王篙、劉世奇、黃起憲等數十人，這些人不一定都是年羹堯的死黨，但都與他休戚相關，榮辱與共。這個集團的形成，嚴重地影響了朝廷政令的實施。
隨著年羹堯的權勢愈來愈重，其橫行不法、貪黷侵蝕的事情也隨之越來越多。如平定青海後，年羹堯在軍餉上大做手腳，不據實奏報，專權處置。後經統計，年羹堯貪黷侵蝕的錢糧總計達數百萬兩之多，使戰時的國庫一度吃緊。
雍正對年羹堯的所作所為逐漸失去忍耐，下決心加以懲處。年羹堯是朝中重臣，又是皇親國戚，雍正首先要做的，是在大臣中吹吹風，釋放出信號，使大臣們知道皇帝的態度。雍正要求自己的心腹大臣，與年羹堯劃清界限，揭發年羹堯的劣跡，以爭取保全自身，同時也讓年羹堯的親信們知道，現在到了疏遠和擺脫年羹堯的時候了，不要站錯了隊。這就為公開處治年羹堯做好了準備。
接著，雍正把矛頭直接指向年羹堯，將其調離西安老巢。
到了雍正三年（1725年）正月，雍正對年羹堯的不滿開始公開化。年羹堯指使陝西巡撫胡期恒參奏陝西驛道金南瑛一事，雍正說這是年羹堯任用私人、亂結朋黨的做法，不予準奏。