乾隆五十二年（1787年），台灣爆發了林爽文領導的農民起義，福康安奉命任大將軍，偕同海蘭察前往搜剿。
台灣是個物產豐富、土地肥沃的地方，內地的官僚地主們爭相赴台做官，拚命地進行搜刮，因而引起當地人民的反抗，林爽文就是打著“剿除貪汙，拯救萬民”的旗幟起義的，所以起義受到廣大貧苦人民的響應，起義烈火燃遍了台灣島。起義軍先後攻占了彰化、諸羅等重鎮、圍困台灣府城等處，嚴重威脅了清政府對台灣的統治。
同年十一月，福康安率大軍由鹿仔港登岸，由新埠進兵嘉義縣，路經倫仔頂時，起義軍突然從竹林中衝出，襲擊清軍，福康安命士兵勿慌勿動，自己親帥巴圖魯侍衛衝在最前麵，與起義軍廝殺，打敗了伏兵，然後接連攻克埠長等十多個城莊。時天已黑，又下起了大雨，福康安領兵一鼓作氣又攻克北社尾等處。繼而，福康安率部乘勝進軍，天未明進趕至嘉義縣，擊潰了圍城的起義軍，解了嘉義之圍。然後追逃逸的起義軍至大排竹，“決溪水渡兵，悉焚賊寮，餘匪皆殲焉”。
乾隆聞訊讚福康安“調度有方，振作士氣，克敵至果，迅奏捷音”，封其一等嘉勇公，賞紅寶石帽頂，四團龍補服，以示優獎。
同年十二月，清軍分路搜剿嘉義城周圍的起義軍。城西攻下大侖莊，城東焚燒了興化店、員林莊，在城北分三路並進，同時攻大埔林、中林、大埔尾三莊，起義軍大敗。又破庵古坑，收複鬥六門。林爽文率義軍退守大裏代，福康安集主力圍攻大裏代，結果義軍大敗，林爽文逃入番社，獲義軍頭目數十人、義軍士兵200餘人，並擒林爽文家屬。
乾隆五十三年（1788年）正月，福康安統兵繼續搜剿。他派一隊兵士由內山向打鐵寮、蝦骨、合歡、炭窯一帶搜尋，一隊分往海口、要隘把守，以防義軍逃逸，另派一隊由巴圖魯侍衛及屯練兵組成的特殊的隊伍，偽裝成起義軍，混入其內部，在老衢崎生擒了林爽文，解往京師。上聞龍顏大悅，親解佩囊賜予福康安。
林爽文起義軍失敗後，福康安率清軍全部壓向南路——搜剿另一支由莊大田領導的起義軍。他命福州將軍常青堵住海口，自己由陸路進逼莊大田駐地鳳山城。莊大田寡不敵眾，退至台灣最南端的郎嶠。清軍水陸兩路將郎嶠團團圍住。起義軍“衝突不能出，陣殺者數千，溺海者數千，擒而戮者數千”，莊大田被俘遇害，起義被徹底鎮壓下去。
由於福康安措置周密，調度有方，勇敢奮戰，剿滅了如此大規模的農民起義，為清廷除了一大患，乾隆對其深為嘉許，賞予黃腰帶、紫韁、金黃鞭、珊瑚朝珠，以示獎勵，又命於台灣府城及嘉義縣建生祠塑像，作為永久的紀念。