乾隆五十六年（1791年），福康安在兩廣總督任上被調往西藏抗擊來自尼泊爾的廓爾喀族的入侵。
廓爾喀原是尼泊爾的一個部落，18世紀中葉統治了尼泊爾，建立了新王朝，並不斷向外擴張。乾隆五十三年（1788年），以西藏當局征收貿易稅太重為借口，派兵進犯西藏的聶拉木、宗噶、濟嚨等地。乾隆得報後，命理藩院侍郎巴忠以欽差大臣名義前往西藏解決此事。結果巴忠遷就對方，敷衍了事，答應每年以三百元寶作為地租買回了被占的領土，還謊報廓爾喀已歸順退兵，蒙騙乾隆。乾隆五十六年（1791年），廓爾喀因索要“地租”未成，再次入侵西藏，不但占了聶拉木、濟嚨，而且攻克了定日、薩迦廟以及七世班禪駐錫之地日喀則。廓爾喀兵所到之處，洗竊寺廟，劫掠牛羊，作為“地租”的補償。
同年十一月，福康安奉命任大將軍，偕參讚大臣海蘭察、奎林（福康安的堂兄），率索倫兵兩千餘人由西寧出口進藏，抗擊廓爾喀軍。入藏作戰，正當歲末，大雪封山，道路難行。乾隆限他40天到達西藏，為了行程迅速，福康安選擇了從青海入藏，這條路雖較近捷，但條件極為惡劣。“青海口外，俱係草地，時值隆冬，冰雪甚大，炊爨維艱，牧飼缺乏。”福康安輕騎簡從，在冰雪中跋涉，有時馬不能行，隻能與士卒一起步行。經過艱苦的行軍，克服了重重困難，福康安率部於翌年正月二十日按時到達拉薩。他首先派原成都將軍成德收複了聶拉木，擊斃廓爾喀大頭人呢嗎叭噶斯。三月，福康安抵達後藏，發布檄諭，親統勁旅進剿。四月，他自第哩浪古出發，前往絨轄、聶拉木察看地勢。然後決定以濟嚨為進兵正路，急速向宗噶進軍。五月，到達轄布基，在諸路兵還未到達的情況下（乾隆還調了川兵和藏兵助剿），先率所部，乘雨夜，分六路直趨擦木。天亮時，偷偷登上山岡，奪取廓爾喀軍前碉。敵人轉而拒守後碉，福康安身先士卒，冒著矢石衝上前去，毀掉牆垣，攻入碉內，與敵短兵相接，殺死敵目三人，兵士兩百餘人，生擒十餘人。福康安率兵乘勝前進，疾進至瑪喀爾、轄爾甲山梁下。隻見有一敵目舉著紅旗率眾擁過來，福康安命各路官兵在附近埋伏，另派一隊兵士前往誘敵。當敵人到達半山腰時，伏兵突起，攔腰截擊敵隊，奪其大旗，將此隊敵人全部消滅。緊接著，福康安開始攻敵人的要寨濟嚨。濟嚨的敵人以大碉據險，並在大碉周圍立各小碉互相應援，成掎角之勢。福康安先將部隊分為幾路，翦除旁寨中的小碉，待這些障礙掃除之後，他又命官兵們集中力量攻其中堅。他們把大木捆成梯子，兵士們緣梯而上，拆毀石壘，然後用炮擊其大碉，從醜時戰至亥時（即淩晨1時至夜間11時），連續奮戰十多個小時，終於攻下大碉，斬殺敵人600餘人，生擒200餘人。乾隆得其奏報，作詩一首書於扇上，將它連同一隻禦用佩囊賜予福康安。
同年五月十五日，福康安追逃跑的敵人至熱索橋，敵人先期將橋撤去，清軍無法渡河，福康安又命兵士用火器向對岸射擊，但因距離遠，火器無法發揮威力。福康安便秘密派遣兵士向東越過峨綠山，從上遊偷偷渡河，突然出現在敵前卡附近，乘敵不備奪其前卡，殺敵數十人。其正路之兵，乘機渡河，攻其後卡，敵人倉皇逃竄，大多數掉入河中淹死。