福康安一生中參加大的戰役有五次，其中三次是由他作為統帥指揮的，除上述的鎮壓林爽文、征廓爾喀之外，還有一次就是乾隆六十年（1795年）的鎮壓湘黔苗民起義。
湖南、貴州接壤之處是苗、瑤等少數民族聚居地。自從雍正年間清政府實行改土歸流之後，苗族人民不但受到苗族上層統治者的欺壓，而且受到滿漢大小官員的掠奪和盤剝，生活日益貧困，反抗情緒日漸增張。乾隆六十年正月，貴州鬆桃廳大塘汛大寨營苗民石柳鄧首舉義旗，緊接著湖南永綏廳黃瓜寨苗民石三保率眾起義，鳳凰廳蘇麻寨的吳半生，乾州廳平隴的吳八月以及保靖縣各寨苗民紛紛響應，起義軍先後攻占了大塘、長行鋪、永綏、乾州，殺死了前來鎮壓的永綏副將伊薩納、鎮篁總兵明安圖。到二月份，起義軍已發展到八九萬人，形成了一支巨大的反清勢力。清政府連忙派雲貴總督福康安率安籠鎮總兵花連布、參讚額勒登保、德楞泰，動用雲、貴、川、湘等省兵力數萬人前往鎮壓。
當福康安率軍到達苗疆時，義軍正圍攻正大營、嗅腦營、鬆桃廳三城。福康安由貴州銅仁出發，先打敗了盤塘坳義軍，解了正大營之圍。正大營東麵是苗寨聚集的地方，而且通四川，福康安集中兵力攻打此地區，焚大寨26個，獲糧食萬餘石。
同年閏二月，福康安領兵繞行至高隴坡，然後向嗅腦進軍。從高隴坡至嗅腦有苗民寨子數百個，其中岩門寨、地所坪最為險峻。福康安命兵士們用火攻，先克官舟營木城，然後又克倬山等百餘寨，又解嗅腦之圍。
福康安轉而奔鬆桃廳，乘夜進兵，先後焚毀野牛山、白岩圭等寨，以清後路。天明時分到達鬆桃廳。當初義軍在圍鬆桃時，在城周圍建了不少寮寨。福康安命兵士將寮寨盡行燒毀，鬆桃城中的清軍也乘勢衝出城來，圍攻義軍，義軍不敵，撤走，鬆桃廳之圍亦被解。不幾日，福康安便連解三圍，乾隆帝為獎勵他，賞戴三眼花翎。
這時，得探報，知義軍首領石柳鄧駐大溏汛、大寨營，於是他與川督和琳合力前往搜剿，先後焚寨40餘處。石柳鄧不敵，率義軍渡河投靠石三保的黃瓜寨中。
當清軍到達河岸時，義軍已在對岸築無數石卡據守。福康安沒有立即渡河，而是命部分兵士潛至上遊水田壩，綁好木筏待命。另外，讓當地居民在河岸上放牛，命投降的番兵和屯練兵埋伏在周圍。義軍百餘人乘船渡河來搶牛，伏兵突起，奪過船隻，趁機渡過河去，上遊的官兵也乘木筏順流而下，一齊登岸，奪取了對岸的石花寨，義軍皆棄卡逃走。在這之前，福康安已派總兵花連布去攻打圍永綏的義軍，這時，福康安便領兵與其會合，經三日激戰，打退了義軍，解了永綏之圍。
三月底，福康安領兵進抵竹子山，義軍大多數聚在山中蘭草坪西北崖的板寨中。義軍假裝在東南山凹中豎立旗幟，以給清軍造成錯覺，使清軍誤入山凹中，他們以便乘勢殲之。福康安則將計就計，命大部分兵士在山凹的對山石間埋伏，並安好火炮，命另一隊兵士佯作誤入山凹。結果義軍以為清軍上當，便全部出動，來迎擊清軍。伏兵待義軍全部進入伏擊圈時，突然發炮，並衝下山去，義軍驚慌失措，無力抵抗，逃出山凹，坪上的義軍也丟棄木城，退守趾木陀山。四月，福康安率部攻下此山，並屯駐山梁之上。