百日維新，慈禧名為放手，實際無時不在關注控製，維新派的改革是對傳統的封建頑固勢力的一次嚴重挑戰，引起頑固派極大的恐慌和仇視，一些假維新派也惴惴不安。以慈禧為首的頑固派，叫囂“寧可亡國，不可變法”，自恃有沙俄的支持，不顧一切阻撓改革，他們和李鴻章為首的洋務派在保護封建製度這一點上聯合起來，詆毀維新派，大造反動輿論，並準備使用暴力扼殺變法。維新派不依靠群眾，完全指望光緒帝自上而下地發布命令，實現改革。而慈禧在人事調整完成後，即謀劃將維新變法扼殺在權力的血光之中。翁同龢被罷後，同光緒帝接近的朝廷命官也到處躲避光緒。孤零零的光緒帝無所依靠，無計可施，變法一下轉入低穀。在這危機時刻，康有為開始謀劃爭取軍隊控製權的行動，上書光緒重用袁世凱，以防不測。光緒即於1898年9月11日發下上諭：“電寄榮祿，著傳知袁世凱，即行來京陛見。”接到電諭後，袁世凱即刻赴京。9月16日，光緒帝在頤和園召見袁世凱。維新派想通過光緒帝對袁世凱的召見和提升，使袁世凱脫離榮祿的轄製，效忠光緒帝，進而謀殺榮祿，控製軍權，震懾群臣，強行變法。但不冷靜的康有為的自作聰明，加之年輕的光緒帝在政治上的不成熟，使本來已經十分緊張的政治形勢猛然惡化。
榮祿與慈禧都是政治上極機警的人，光緒帝召見袁世凱，他們也絕不會無動於衷。這一上諭與以往發出的任何上諭都迥然不同，它的政治內涵太重大，太尖銳了，它可以一下就刺痛慈禧和榮祿最敏感的神經，因為這意味著國家的軍隊究竟由誰來控製的關鍵問題。慈禧對於光緒帝召見袁世凱的事情非常震驚，“神色迥異尋常”。榮祿又是如何呢？當光緒帝上諭電寄榮祿著傳知袁世凱入京陛見之後，榮祿要與慶親王奕劻密商對策，故而派專人，持密信，急赴京師。榮祿的這一動作正是袁世凱已到北京，正預備召見之時。榮祿的時間表與袁世凱行動的時間表如此配合，難道說真的是某種巧合嗎？這之後，榮祿致函給董福祥：“隱維大局、長城之望，非您莫屬。”榮祿意在暗示董福祥作好準備，隨時聽候調遣。並且，電報袁世凱說英軍多隻兵船遊弋大沽海口，已調集聶士成帶兵十營到天津，駐紮陳家溝，命他即日回防，唯恐他在京受到維新派的煽動倒戈舉事。
由於維新派的宣傳，榮祿早已成為盡人皆知的後黨首領。史學界一致認為後黨發動戊戌政變的基本原因是，以慈禧為首的頑固派對光緒帝依靠維新派變法不滿。可是對於發動政變的直接原因，也就是說，是什麼原因促使慈禧不早不遲，偏偏在光緒二十四年八月初六日（1898年9月21日）重新宣布訓政的？過去比較流行的看法，基本以梁啟超的說法為依據：9月18日，譚嗣同夜訪袁世凱，說服袁世凱捕殺榮祿，袁世凱佯裝答應。20日，袁世凱回到天津，立即向直隸總督榮祿告密。榮祿連夜進京，到頤和園向慈禧告變。有的說榮祿連夜發電報給慈禧告密。由於榮祿的告密，八月初六日（9月21日），慈禧從頤和園趕回皇宮，發動政變，重新訓政。這樣，政變遂在9月21日這一天發生。
其實，政變前一日，光緒皇帝召見袁世凱後，袁世凱立即赴車站，當他回到天津的時候，太陽已經落山，遂立即拜見榮祿，略述內情，話未說完，榮祿的兩個心腹進來，因人多不便詳談，等到將近二更，仍未找到機會，袁世凱就先退去吃晚餐，並約定次日早晨再詳談。次日早晨，袁世凱把維新派的計劃告訴榮祿後，榮祿大驚。但當時帝黨和後黨之間的鬥爭結局尚不明朗，榮祿和袁世凱需要繼續窺測事態動向，權衡利弊，商量出一個既能向慈禧邀功請賞，又能不得罪光緒帝的穩妥之策，這樣就未能在9月20日及時向慈禧太後奏報康梁“錮後殺祿”的計劃。直到9月21日晚，戊戌政變消息傳到天津以後，榮祿才派人進京奏報。另外，從9月20日夜二更以後（約22時），至9月21日卯刻（5時）上朝發動政變之間，隻有七八個小時的時間，以當時的交通、通信條件和製度來推論，榮祿無論如何也趕不在政變前向慈禧告變的。當時頤和園與宮中均無設電報，無電可告。如果說榮祿電請總署轉奏太後，那還能算告密嗎？
由此可見，9月20日，榮祿確實不在北京，也不太可能當夜用電報向慈禧告密。關於榮祿在袁世凱告密後，即迅速親自入京，向慈禧告變的說法，不過是梁啟超等人的猜測之談。實際情況是，9月21日晨，袁世凱向榮祿報告了譚嗣同夜訪的全部內容。當晚，楊崇伊到天津向榮祿轉告慈禧政變消息，榮祿特意招來袁世凱。22日，楊崇伊回京，帶走了袁世凱告密的全部信息。他進京後首先向奕劻彙報，奕劻又立即轉告慈禧。這說明，9月21日晨的政變與榮祿無關，榮祿是在政變已經發生，不告密則可能會因知情不報而受處罰的情況下才派人進京告密的。