維新運動被鎮壓下去以後，主張和支持變法的人物或被捕殺，或被迫出逃。光緒帝也被慈禧太後囚禁在皇宮西苑南海中的瀛台，在瀛台涵元殿過著名為皇帝，實則罪囚的生活。
其實，慈禧太後甚至連這麼樣的皇帝也不想讓他當。傳說慈禧不讓給光緒帝送吃的東西，當其得知有太監看到光緒帝饑餓難忍，把燒紅薯送給光緒帝充饑時，她竟下令將這位太監處死。結果，堂堂大清帝國的皇帝被活活餓死。然而，戊戌政變以後，光緒帝的皇帝名義畢竟被保留下來了。這當然不可能是慈禧太後一時的大慈大悲，而是榮祿等人努力爭取的結果。
從情理上看，榮祿有必要保全光緒皇帝。
作為封建官僚，忠君的觀念是根深蒂固的。在慈禧與光緒之間爭奪權勢的鬥爭很尖銳的情況下，作為臣子，兩邊是都不敢得罪的。當然，兩邊都不得罪，這是最安全的。雖說後黨掌握實權，光緒帝是傀儡，但畢竟光緒帝才30多歲，而慈禧太後已經是60多歲的老太太了，慈禧死後，還是光緒掌大權。所以他們不能不給自己留條後路。譚嗣同對袁世凱剖白了“錮後殺祿”的計劃，袁世凱由於認為該計劃並非光緒帝的決定，而純屬維新派的陰謀，所以他才趕回天津向榮祿告密，目的是出賣維新派，向後黨頑固派邀功請賞，又可不傷光緒皇帝。當然，袁世凱向榮祿告密後，榮祿、袁世凱二人都不能不考慮，光緒皇帝雖然未參與“錮後殺祿”密謀，然而維新派的遊說活動卻是光緒皇帝支持的，所以維新派的密謀被揭露以後，光緒皇帝不可能完全擺脫幹係。一旦光緒帝因此而被廢除，那還是他袁世凱和榮祿告密的結果，必然會深深得罪光緒帝，將來萬一光緒有重新掌權的機會，他們還會招來殺身之禍。所以，他們不能不給自己留後路。
從史實上來看，榮祿確實有保全光緒皇帝的行動。
當榮祿奉慈禧之命離津赴京前，他曾與袁世凱相約誓死保全皇上。當時袁世凱說：“中堂（指榮祿）現居要職，而皇上萬一不安，世人將如何看待您呢？我亦世受國恩，倘皇上有不測，唯有以死相報。”榮祿說：“不必擔心，這事絕不會累及皇上的皇位。西太後如同祖母，皇上如同生父，作為子孫，夾在祖母父親之間，隻有竭死力調和。至於母子關係的變化，非子孫所忍言，非子孫所敢聞。”榮祿離天津時，袁世凱等到車站送行。當時的報紙報道，榮祿走後，袁世凱率布政使、道員等人在天津的聖安棚遙祝聖安。此時，光緒帝已完全是傀儡，時刻都可能被廢掉，而袁世凱竟還率下屬遙祝聖安，這說明榮祿與袁世凱確實有保全皇上的約定。
袁世凱和榮祿要保全皇上，並不僅因為他們世受皇恩，最根本的原因是擔心廢除光緒會引起外國人的幹涉。戊戌政變以後，康梁得到英國和日本的保護，梁啟超對於所從事的維新事業並沒有失去信心，他從日本政府的援救行動中看到一線希望，期望日本會出麵幹預。光緒二十四年八月十二日（1898年9月27日），他在大島號上致信當時尚在訪華的伊藤博文和林權助代理公使，請求日本聯合英美等國出麵保護，救出光緒。當時，英、日與沙俄在爭奪中國的侵略特權上矛盾很尖銳，沙俄一貫支持以慈禧為首的後黨頑固派，而英、日、美為了削弱沙俄對清政府的控製權，支持光緒皇帝，以削弱慈禧的權勢。所以，榮祿和袁世凱唯恐廢除光緒，會觸怒英、日、美等列強。如果真的出現各國幹涉的局麵，那將會危及以慈禧太後、榮祿為首的後黨的統治。一向靠仰洋人鼻息過日子的慈禧，自然最擔心外國幹涉。而要避免出現這種危險局麵，就必須保全光緒皇帝。《自書戊戌紀略後》也說：當康梁謀亂之時，國家正處於危難之中，如果政變後榮祿不立即進京竭力調和，力爭保全光緒皇位，各國必將借口幹涉，這樣變法派與洋人內外結合，局勢將不可收拾。當時報紙上確實已有外國行將幹涉的言論。光緒二十四年八月十一日（1898年9月26日），身在上海的買辦資本家盛宣懷，特意致電榮祿：近日洋報紛議，殊駭聽聞，英尤慮俄為所欲為，大有先發製人之意。廢黜光緒的舉動不可操之過急，以防列強借口幹預內政。這份電報對榮祿說服太後不要輕易廢黜光緒皇帝起了十分重要的作用。後來盛宣懷至京謁見榮祿時，榮祿專門就他所發電報之事向他致謝，稱“幸得汝電而止”。據當時報紙報導，自榮祿進京後，政局平穩多了，太後的行動和緩一點了。
榮祿進京後，不僅太後的行動有所收斂，而且光緒帝的處境也得到了明顯改善。記載皇帝日常生活的檔案從一個側麵反映了這一變化。
檔案記載，光緒二十四年八月初六日（1898年9月21日），光緒到中和殿閱視祝版，然後去燒香。燒香後去勤政殿，見軍機大臣後，又回到涵元殿。次日，光緒帝先去祭社稷壇，然後去勤政殿。見軍機大臣後，回到涵元殿。光緒皇帝見軍機大臣的記載說明，在宣布訓政的最初兩天，光緒帝是隨同太後在便殿辦事的。
慈禧太後接到密報後，光緒帝的處境就惡化了。慈禧太後大約在初七日晚得到天津方麵來的密報，得知維新黨人有謀亂計劃。富有警覺的慈禧，自然懷疑光緒帝也要卷入其中。於是從此之後，她就不再讓光緒帝和她一起在便殿辦事了。
從檔案資料看，初八日這天，光緒帝的活動很多，但都是禮儀性的。比如，到中和殿看祝版，率諸王大臣至勤政殿向慈禧太後行禮，祭月壇，至妙應寺燒香。這些活動中沒有一項是行政事務。
八月初九、初十和十一日，光緒帝的活動也都是些吃飯穿衣、燒香磕頭之類的事情。這表明，光緒帝已被囚禁在涵元殿，就連隨同太後在便殿辦事的權利也沒有了。
八月初十（9月25日），慈禧以光緒皇帝的名義，發布一條上諭，宣布光緒帝已經病了數月之久，醫治無效，必須在全國範圍內征求名醫，企圖造成光緒帝業已病勢嚴重、危在旦夕的假象。這等於暗示太後很快就要廢掉光緒帝了。