慈禧忙著籌劃廢立之事的時候，義和團運動就逐漸興起了。義和團運動的主角是在大多數情況下慣於沉默、甘於順服的下層民眾。它起源於秘密宗教組織，反對外國侵略，演繹了一段悲壯的曆史。當然，義和團身上帶有濃厚的封建迷信和愚昧、盲目排外的色彩，比如他們借口天神附體可刀槍不入，認為洋人築路乃是控製了“龍脈”、洋人開礦是泄漏了地下的“寶氣”，逢洋人就殺，等等，但義和團的高層領導，貪生怕死，卑鄙惡劣，毫不足取。
在袁世凱及他的武衛右軍派到山東鎮壓義和團之後，山東義和團暫時沉寂下來，卻發展到直隸一帶，京城的氣氛頓時緊張起來。清政府派刑部尚書兼順天府尹趙舒翹與軍機大臣剛毅等先後到涿州，以便對義和團相機開導解散。此時，清廷各派對立逐漸尖銳化，執掌朝政的軍機處認為對拳會“不可操切從事”“毋得輕傷民命”；但地方權臣劉坤一、盛宣懷等卻力主“剿”。而作為最高統治者的慈禧，當義和團的勢力迅速發展至京畿時，感到左右躑躅、剿撫兩難。
在這種紛繁複雜的矛盾之中，榮祿雖然覺得其實拳民的本意，“不過自衛身家，其仇教嫉洋尤見乃心”，但其來勢洶洶，如果不嚴拿重懲，危害太大。他向慈禧提出了兩條意見：一是講究方法，分別良莠首從，不要過分鎮壓而生變，對為害大者要嚴懲不貸；二是他認為嚴禁義和團，本來就是朝廷應該做的，並不是虐民媚洋，這一點是為了消除慈禧的顧慮。
1900年5月，榮祿抱病到豐台、馬家堡一帶巡閱，為加強對義和團的防範和鎮壓，他派出其武衛中軍五個營前往豐台，三個馬步營前往馬家堡，另外三個馬步營駐紮永定門內。駐守天津一帶的聶士成也派出步隊一營趕到豐台駐防。雖如此，但榮祿並不堅持自己的看法，他緊緊地觀察慈禧的態度，從不直接發出命令，每遇難纏之事時，“屢請皇太後睿識獨斷”。
此時，義和團易旗改幟，宣稱“扶清滅洋”。考慮到義和團從來沒有形成全國性的大組織，沒有強有力的中堅力量與強大的領導階層，更沒有高深的戰略與謀略。我們可以認為這個口號不是義和團的深層戰略布局，隻是一個現實性策略。
在這一階段，有些官員對義和團起事表示出了某種理解，但又覺得如不嚴禁，危害朝廷安全，洋人這邊如鬧起來更加不利；而有些官員則似乎看到了反擊洋人的希望，向慈禧密奏“民心可用”，可嚐試將義和團編為團練。
隨著義和團的發展，列強緊張起來，看到朝廷舉措不力，他們決定不顧清政府的反對，立即以保護使館的名義調兵入京，這實際上是踐踏了我國的主權。5月31日至6月2日，英、俄、法、美、意、德、日、奧八國第一批軍隊，共計450餘人由天津分批到達北京。此外，他們還陸續增兵於大沽口外，這就使形勢更加劍拔弩張了。
就在列強從天津調兵進京之時，義和團在沿途發動了襲擊，還焚毀鐵路、電線，榮祿認為，這樣做，既有傷政體，又會使中外震動，必須及時防堵。於是他命楊慕時、邢長春各營自涿州、定興、淶水一帶撤回，全力保護自天津至盧溝橋的鐵路。又派中軍提督孫萬林率步隊五營、馬隊三旗，由盧溝橋移紮良鄉、竇店一帶，妥為布置，責成聶士成和裕祿組織兵力，一起彈壓義和團，保護洋人。
與此同時，慈禧不斷召集大臣，商討該怎樣對付義和團，在這期間，榮祿一直在生病，先請了20天的假，勉強上朝議事，後又請了40天的假，但他仍組織調動兵馬，並七次上書，請求鑒於義和團發展迅猛，趕緊剿滅，使列強沒有進兵的借口。但慈禧等人沒有接受他的建議，原來他們的態度已經開始轉變成想“利用”義和團對付列強了。榮祿調兵遣將的做法最終落得個“大學士勿得孟浪”的訓誡，好不憋屈。慈禧派出協辦大學士剛毅等人前往涿州一帶，明為宣旨解散，實際上是查看義和團的發展狀況。剛毅回朝後，密陳團民可用。慈禧默許，一些王公大臣也主撫主戰，形勢開始發生變化。
之所以會如此，原因就在於慈禧、載漪等人自策劃廢立以來對各國使臣越來越強烈的不滿和憤恨的情緒，而洋人在義和團問題上的不斷施壓，使得這種情緒迅速膨脹。義和團的迅速發展，使慈禧覺得似乎找到了報複洋人的機會，義和團不是“扶清滅洋”嗎？正好可以利用他們出出氣，但她當時還是不敢與列強公開挑釁，還在觀望之中。對於大阿哥的父親載漪來說，如能借義和團的力量掃除洋人這個障礙，他的兒子就可以早日取光緒而代之。還有一些王公大臣則因義和團的壯大而變得盲目自大起來。
義和團在慈禧默許自由活動後，迅速進京。6月，義和團大規模湧入京城，一時間京城內義和團民遍布大街小巷。榮祿銷假上朝，形勢已一變至此，無論是列強還是義和團，都已經很不好對付了。他感慨萬千，在給友人的信中寫道：“力疾銷假，而拳、洋之釁已成。拳以姑息而致蔓延，洋以情急而圖自衛，遂致杆、路全毀，夷兵紛來而不可止矣。”他再次請求不要激化與列強的矛盾，盡力鎮壓義和團，但慈禧已經傾向於主撫主戰派了。當時主剿主和派引榮祿為援，認為他能在慈禧麵前說上話，但是載漪等人可是“己亥建儲”後的新貴，以榮祿謹小慎微、明哲保身的態度，他是不太敢得罪這幫人的，也不敢貿然違背慈禧的心意。他在給袁世凱寫的信中就這樣表述過：事有可言者，仍有難盡言之時。雖然他反對主撫主戰派，也隻能滿腹牢騷，唯慈禧之命是從。