不顧包括榮祿在內的諸多大臣的勸阻，慈禧太後及主戰派決定由榮祿率軍攻打各國駐京使館，並悍然向列強宣戰，實際上是準備以所謂天神附體、刀槍不入的義和團為炮灰和列強較量一番。榮祿等人則是有苦難言、焦急萬分。中日甲午戰爭以來，朝廷積弱積弊已至無可挽回之地，和列強開仗，實在是勝算太少，以一弱國而抵數強國，危亡立見，會陷國家於水深火熱之中，國何以堪！而且兩國相爭，不罪使臣，自古皆然，現在攻打使館，日後可怎麼收場？話雖如此，朝廷已然宣戰，戰爭不可避免，榮祿也隻能聽命攻打使館。此時的榮祿儼然把生死置之度外，在給同僚的信中說：“我輩世受國恩，亦惟有拚其一死以報朝廷，尚有何說耶！”他又覺得，區區一死不足惜，實在是不能做萬世罪人，於是他決定，仍盡自己所能向慈禧進言，對使館實行明攻暗保，竭盡周旋之能事，以保證各使臣不受傷害，並爭取和使臣們取得聯係，求得諒解，為今後轉圜留下餘地。至八國聯軍攻入北京之時，使館已被圍56天而無一攻破。也正是因為這樣，雖然他是攻打使館的指揮者，日後列強也沒有把他列入戰犯之中。
大家會覺得奇怪，榮祿是慈禧的死黨，他竟敢違抗慈禧的命令？慈禧既然下了那麼大的決心，又怎麼會允許榮祿對她的旨意陽奉陰違呢？其實道理很簡單。慈禧從來就是一切從自己的切身利益出發，她為私欲而斷然宣戰，但當她的憤怒在幾天後有所消減，她靜下心一想，也還是很害怕列強長驅直入的，那時國將不國，她地位也難保。但當時的情勢已是騎虎難下，一來是雖然她是最高統治者，但主戰的王公大臣們以大阿哥的父親端郡王載漪、大學士剛毅為中心，正在朝廷裏掀起一種狂熱的情緒，並形成了一定的勢力，當初她既然一氣之下宣了戰，如果馬上出爾反爾，自己的威信會大受損害，對官員們不好交代，說不定他們會因此而擁護光緒；二來是此時京城內義和團勢力正盛，對朝廷本來就構成了直接威脅，何況端王等和義和團還有很密切的聯係，這兩者對她的統治都很不利，所以她暫時隻能把戰爭繼續下去。同時，明修棧道，暗度陳倉，慢慢地做一些回旋的事情。6月29日，她就命清朝駐外使臣向各國解釋開戰之“萬不得已”，並把責任推到了義和團身上。7月9日，八國聯軍開始攻打天津之後，朝廷內停戰議和觀點漸占上風，慈禧也逐漸表示傾向於停戰了。但這其中頗多反複，因為慈禧是統治者，本來就要靠主和主戰雙方的爭鬥來控製朝政，所以她的態度一直都不明朗，加之心情惡劣，就更是反複無常。
慈禧的種種心意以及她所處的複雜情況，榮祿是了如指掌的，於是早在她心生悔意之前，榮祿就已經著手實行明攻暗保，力圖把日後可能產生的損害減少到最小。他采取不與慈禧頂撞、不向慈禧請示的方法，這正是做臣子的高明之處，處處給主子留著臉麵，替主子受過，還不動聲色地替主子辦好她還沒有想到卻最符合她利益的事，或是心裏想做又不方便做的事，榮祿可真算得上是內中行家，難怪慈禧對他恩寵不衰。其實慈禧派榮祿當指揮，就是想保證所有的事態都能在她控製之下，榮祿當然知道慈禧的這番深意。榮祿也知道，隻要他做的事都是真正為了維護慈禧的利益，慈禧是不會怪罪於他的，在這方麵他們非常有默契。慈禧後來說，當初她還是留了一個心眼的，她不想徹底斷了和列強議和的後路，不然何至於合義和團和朝廷之力，都攻不破小小的一個使館？其實這個心眼、這條後路，是榮祿替她先想到的，也是借榮祿之手來實施的。我們不妨來看看榮祿的具體活動。