1913年3月20日，國民黨領袖宋教仁在上海遇刺身亡。調查幕後主使人竟是袁世凱的親信趙秉鈞，這個消息像晴空霹靂一般打碎了國內虛假的和平局麵。一些沉迷於議會鬥爭的革命黨人也從迷夢中清醒過來。社會進步輿論紛紛譴責袁世凱的卑劣罪行。
張謇這時正在南通，他對宋教仁的逝世非常痛惜。他親書挽聯一副：“何人忍賊來君叔，舉世誰為魯仲連？”
他還給朋友趙鳳昌寫信說：“遁初（宋教仁的字）以調和南北慷慨自任，無端被害，此必有不欲南北調和者，亂人橫行如此，世豈可問？”
張謇擔心宋案會影響剛剛走上統一安定的南方局勢，再出現革命戰爭、社會動亂，因此在東南紳商上層人士的敦促下，參與了一係列調停活動。他在正式調停以前，首先發出了《調和南北致孫少侯、王鐵珊函》，全麵表明自己對宋案的看法。宋案發生後，江西的革命黨人準備興師問罪，張謇致函孫、王，力主宋案應由法律解決，反對訴諸武力，導致南北分裂，為列強瓜分中國造成機會，他再三呼籲，國家不能再經曆像辛亥革命那樣的戰亂破壞。他又給袁世凱寫信，陳述時局變化，他訴說自己的一片赤心：“區區私忱，但求從知覺中有國計民生四字，彼此相諒，各讓一步，使正式政府早日成立，國會漸次寧靜。”
張謇雖以調解者的身份講話，但卻沒有一句話是責難袁世凱的，而對革命黨的報複行動則多所指責，全國總商會發出了和他的想法幾乎一樣的公開信：“開歲以來，各省商務甫經發動，不意三四月間，謠言四起，險象環生。疊按各省商會函電報告，商貨停頓，市麵凋零，綜計暗中損失不啻恒河沙數，匪徒乘機煽亂，意圖劫掠，驚風駭浪，尤以他處為甚。其有謀不軌者，一體嚴拿，盡快懲治。”在他的眼裏，袁世凱才是中國安定、社會發展的動力，革命黨人是破壞社會的主謀。
5月下旬，全國商會勸張謇到上海調解日益緊張的局勢，袁世凱暗中磨刀霍霍，準備內戰，但為了製造假象，麻痹國人，也假意表示希望張謇出麵調停，張謇深感此時千鈞一發，各方麵對自己寄予厚望，於是正式接受調停重任。
但是袁世凱是決心以武力解決的，6月9日，當他做好一切準備後，他首先下令將傾向於武裝反抗的江西都督李烈鈞免職。這時候的張謇已經通過和國民黨談判，把國民黨中的一些請求談和的條件通知袁世凱：國民黨為顧全大局，仍選袁世凱為正式大總統；嚴禁軍人幹政，請袁暫不撤換江西、安徽、廣東等省國民黨都督；宋案依法律解決，並不予深究。
但是袁世凱是不會改變自己的既定方針的。6月14日，他下令撤換廣東都督胡漢民；6月30日，下令撤去安徽都督柏文蔚。他還給張謇發電說：“調人絡繹，名曰維持；而暴烈進行，仍不住手；無非甘心鄙人，破壞民國。”指責革命黨人是破壞民國的禍首。
7月12日，革命黨人忍無可忍，發起反擊。張謇對此十分憤怒，他7月17日給趙鳳昌寫信說：“吾兩人為人利用，信用失矣。實業生計大受損害，外交亦恐生危阻，殊可痛也。”他還表示“國軍”快快消滅“叛軍”。7月17日，他又給趙鳳昌寫信說：“滬上罔死之民之眾，損失市產之巨，彼作難者何詞以對吾民。南通實業之受損失亦數十萬矣。可恨！”他認為民國以來工商業的發展都是袁世凱的功勞，而現在這一切都被革命黨人破壞了，實為“可恨！”這年10月，張謇接受了袁世凱的邀請擔任了北京政府的農商總長，成為袁世凱所說的“一流人才內閣”中的重要成員。