為解決黃河下遊河道被泥沙堵塞，自乾隆二十二年（1757年）起，在河南、山東、江蘇、安徽等省疏浚河道。其中河南省疏浚幹河四條——賈魯河、惠濟河、渦河、巴溝河；又疏浚支河三十四條。該省每州縣“所開溝自十數道至一百數十道不等，長自裏許至數十裏不等，寬深自數尺至丈不等，皆足以資蓄泄”⑧。山東境內疏浚河道亦取得可觀成就，魯西南疏浚河六十餘條；膠東疏浚河三十餘條；江蘇省疏浚石羊溝、董家溝、廖家溝、芒河；安徽省疏浚淝河、茨河、沙河、澮河、睢河。
在治理黃河的過程中，直隸總督孫嘉淦在乾隆十八年（1753年），就曾提出引黃河北上入大清河，經山東入海的建議，孫嘉淦認為“大清河東南皆泰山基腳，其道亙古不壞”，不會發生決堤、改道，所經“隻東河、濟陽、濱州、利津四、五個州縣，即有漫堤，不過偏災”。此後二十八年，河決青龍岡，經趙王河入大清河歸海。然而乾隆認為大清河不能容納黃河全部水量，又恐黃水北流運河受阻、影響漕運，駁回改道入海的建議。直到鹹豐五年（1855年），河決銅瓦廂，流入大清河，經山東入海，證明孫嘉淦等人建議的合理、可行。
治理永定河。
永定河又名無定河、渾河，素有小黃河之稱，河水中所挾帶的大量泥沙，淤積在下遊的河床上，致使下遊經常決堤、改道。正像乾隆在一首詩中所描繪的，“永定原無定，千古衝帝京”。
康熙時期，曾花費大量人力、物力對永定河進行治理。築永定大堤，固定下遊，並把河水引入三角澱，使河水中的泥沙得到沉澱。至雍正時期，因三角澱積沙過多，河水不能及時排泄入海，河患又日益嚴重，至乾隆中葉，永定河已“六改道”⑨。
為治理永定河，乾隆多次視察永定河，他認為“永定河之所以為患，獨以上遊曾無分泄，下口不得暢流，經行一路，中梗磅礴”⑩，提出在其上遊蓄洪攔沙，中遊疏浚分流，下遊改移下口的綜合治理方案。
乾隆初年，采納治河名臣高斌的建議，在永定河上遊的宣化黑龍灣、懷來和合堡等地修攔洪滯沙大壩，“就近取石，堆疊玲瓏水壩，以勒其凶暴之勢”，“層層攔頓，以殺其勢”。
對中遊的治理，則采納鄂爾泰、方觀承等人的建議，修建金門閘減水壩，改建其他草壩、土壩，疏浚河道，分流減水。
在對下遊的治理上，意見最為紛紜：顧琮主張築堤、散流、勻沙；鄂爾泰主張建閘壩、開引河；孫嘉淦主張引河南行，複其故道；方觀承則主張改移下口，另尋沉積水中泥沙的處所。直至乾隆二十年（1765年），乾隆才作出大規模改道的決策。當河水流經永清縣賀堯營後，折向東流，挖引河二十裏，把永定河引入鳳河，再流入沙家澱，沙家澱方圓百餘裏，永定河水中的泥沙在澱中沉澱後流出，使得下遊不致很快被淤塞。
治理長江。
在曆史上，長江很少為患。迨至乾隆中葉，由於人口的劇增，對上遊森林的砍伐，使得水土流失日益嚴重；中遊又由於圍湖、沿堤造田，水道日益狹窄，致使長江自乾隆四十四年之後。在不到十年的時間裏三次決堤，其中尤以乾隆五十三年（1788年），最為嚴重，決堤的江水衝入洪州城，衙門、兵營、民房、倉庫俱被淹沒，城內積水近二丈。此次決堤釀成湖北三十六個州縣被淹，“死者以數十萬計”。釀成此次水災的一個重要原因，是一些富戶勾結官府在江中沙洲上種植蘆葦，蘆葦環洲而生，蘆根固沙，使沙洲麵積愈積愈大，侵占江道，阻塞江流。
乾隆在得悉長江三次決口的原因後，諭令地方官對沿湖、沿江圍田者進行清查，以保證江水的暢流無阻。不得“狃於目前之利”，“與水爭利”。並要求地方官員“間一二年，即將有無占築情形，詳悉具奏，永以為例”。