在清代，屢屢釀成水患的有黃河、永定河、長江及浙江海塘。從順治年間至乾隆年間，清政府撥巨帑對上述水患進行治理。
治理黃河。
清代治河，必兼治淮、治運。
淮河在曆史上很少為患，自從南宋紹熙年間（十三世紀九十年代），黃河在陽武決口，即奔騰而南，彙入淮河，從淮河入海①。黃河入淮既造成水流量劇增、水位迅長，也造成大量泥沙淤積河床，河水倒灌洪澤湖，暴漲的洪澤湖水時刻威脅著揚州、泰州、淮安、高郵等富庶之地。
自元代開鑿南北大運河以後，從清口以上漕船在黃河中，行一百八十裏後再入運河，漕運暢通與否又直接關係京師糧食的供應。
李自成行宮清初，黃河屢屢決口同明末戰亂有直接關係。在李自成圍困開封時，明守軍決朱家塞口淹義軍，李自成亦遣人決馬家口淹開封，兩口並決，泛濫成災。順治元年七月，清朝廷任命楊方興為河道總督。楊方興勤於職守，深入治河工地，指揮堵塞決口。繼楊方興出任河道總督的是朱之錫（順治十五年上任），朱之錫上任不久，河決山陽，朱之錫隨即率河工堵塞決口，“疏浚堤渠”，“馳驅南北”，“及至積勞成疾”，死於任。
康熙十六年（1677年），黃、淮泛濫，從碭山至海口，兩岸決口七八十處，洪澤湖上的高堰大壩，決口三四十處；翟家壩被衝成四段，山陰、高郵、寶應、鹽城、興化、泰州、如皋等州縣已被洪水淹沒。溝口運河因河水四溢，反淤為陸地。
康熙任命靳輔為河道總督，靳輔在視察災區後提出：“溝口以下不浚築，則黃、淮二水無所歸；清口以上不鑿引河，則淮水之流不暢；高堰之決口不盡封塞，則淮水派分無刷河之力”；“黃河南岸，不築堤防，則高堰危險，北岸不加防閑，則山東必受衝擊，故築堤岸、疏下流，塞決口，但有先後，而無緩急。”②並提出利用疏浚河道的淤泥在兩岸築堤，修浚連接洪澤湖與黃河之間的運河，加固洪澤湖東岸高堰一帶堤防，修複周橋閘至翟家壩被衝毀的堤岸，加深淮陰清口至高郵清水潭段運河等具體建議。
康熙十七年，靳輔的治河方案付諸實施。在十年的時間內，高堰、王家岡、武家墩等處決口得到堵塞；清江浦至雲梯關的河道得到疏浚，且築堤一萬八千丈；在清水潭以西築堤九百二十丈，以東築堤六百餘丈；在徐州、宿遷築減水壩十三座，建毛家鋪減水閘、王家山減水閘、大穀山減水閘，又在歸仁堤、攔馬河、清口建石閘。靳輔還組織挖掘一段運河，自駱馬湖鑿渠，經宿遷、桃源，至清河仲家莊山口，名曰中河，全長三百裏，使得漕船不必再經黃河入運河。
在疏浚下遊的過程中，因“下河形如釜底，近海轉高，浚之水不能出，徒令海水倒灌為患”③，靳輔受到郭繡等人的彈劾，並因此被奪官。此後康熙在第二次南巡（康熙二十八年）、第三次南巡（康熙三十八年）、第四次南巡（康熙四十二年）途中，巡視高堰、洪澤湖、徐家灣、翟家壩等治河工地，實地考察，仍未能找出疏浚下遊、使河水盡快入海的有效辦法。
康熙年間的治河，雖未從根本上解決黃水水患，但在一定時間內還是減輕了水患的程度。乾隆即位後，黃水為患又日趨嚴重：乾隆七年（1742年），黃河在豐縣石林、黃村決口，“民田俱被淹沒”；乾隆十八年（1753年），黃河在銅山張家馬路一帶決口，江蘇、安徽數十州縣“數百裏內，皆成巨浸”；乾隆三十九年（1774年），黃河又在老壩口決口，板閘、淮安俱被淹；自乾隆四十三年以後，更是連年決口，甚至一年數決。大規模治河再次提到清朝統治者的議事日程。
由於黃河屢屢決口，堵塞決口已成為經常性的事務，從乾隆四十三年（1778年）至乾隆四十六年（1781年）僅儀封決口就堵築五次，耗帑五百六十萬兩。青龍岡決口，屢堵屢塌，隻得另開引河一百七十裏，導水下流，此次工程耗帑九百萬兩。
在碭山縣毛城鋪建減水壩，開鑿引河，使一部分黃水流入淮水，經安徽宿州、泗川、流入洪澤湖，此段引河全長六百裏。黃水分流減輕徐州段河道的壓力（徐州段河道狹窄多彎），黃水在分流後在洪澤湖內可得到沉澱，再從清口流出彙入黃河。
屢次修築、加固高堰，自武家墩至蔣壩的一萬七千餘丈，全部改建為石堤。為了控製洪澤湖的水量，乾隆在第三次南巡時（乾隆二十七年）“閱清口”，提出“大擴清口”，“於五壩設立木誌，如增長一尺（指水位增長），即將清口之壩拆開十丈，遞長遞拓，永成定式”④。自行此法，“十餘年來，高、寶遂無水患”⑤。為防止黃水倒灌清口、淤塞清口，乾隆堅持開鑿陶莊引河⑥。陶莊引河全長一千六十丈，寬三丈，深一丈餘，“永免倒灌之患”，“為一勞永逸之計”⑦。