位於台灣省台北市郊外雙溪的台灣故宮博物院是清代檔案的另一集中保存中心。該院藏有清代檔案二百零四箱。其中，宮中檔三十一箱，軍機處檔四十七箱，清史館檔六十一箱，起居注冊五十箱，本紀九箱，實錄二箱，詔書一箱，圖書，舊滿洲檔一箱，雜項檔二箱，共計四十多萬件。宮中檔的內容，主要是滿、漢文朱批奏折及其附件；軍機處檔主要是月折包和檔冊兩大類；國史館檔包括清代國史館及民國初年清史館的檔案，主要是紀、誌、表、傳的各種稿本及其有關資料。
四川省檔案館所藏清代檔案共計十一萬五千餘卷，包括巴縣、重慶府、川東道、建昌道等九個全宗。其中，巴縣檔案是迄今發現的我國年代最早、數量最多的清代地方政府檔案，共十一萬三千餘卷，從乾隆二十二年（1757年）至宣統三年（1911年）長達一個半世紀的曆史。
遼寧省檔案館存有清代檔案二十餘萬卷。自天命、天聰（1616~1635年）至光緒、宣統（1875—1911年）的各朝文件都有保存，一部分為原存於沈陽故宮崇謨閣的玉牒、實錄、滿文老檔、盛京內務府檔和戶口冊等；一部分為偽滿洲國時期“國立奉天圖書館”保存的奉天交涉總司、盛京將軍和一些縣的檔案。
此外，山東省曲阜孔府藏有順治至宣統年間的檔案六千五百二十七卷。西藏自治區檔案館保存有大量的清代藏文檔案。北京、吉林、黑龍江、內蒙古、青海等地方檔案館都收藏有數量不等的清代檔案。
值得一提的是，至今尚有不少珍貴的清代檔案流散於國外，散落世界各地。這部分檔案主要存在於以下機構：英國公共檔案館、大不列顛博物館、倫敦大學；美國國家檔案局、國會圖書館、哈佛大學、斯坦福大學、日本東洋文庫；原蘇聯科學院以及法國、荷蘭等國家的一些檔案館和圖書館。
清代檔案的公布。
青花雲龍紋瓶彙編公布檔案史料是開放利用清代檔案的重要方式。清代檔案彙編可以從不同角度、不同需要出發將檔案史料編纂成書，出版發行。具有專題性強、內容集中、使用方便等優點，可使利用者不到檔案館即可閱讀到所需檔案史料，並有利於檔案的長久、廣泛流傳。大多數檔案文獻彙編都經過編者的考證、加工、標點，有的還加有注釋、按語、序言、插圖、年表、凡例等，對讀者有一定的指導和參考作用。許多檔案文獻彙編陸續出版發行，如《籌辦夷務始末》、《帝國主義與中國海關》、《清三藩史料》、《清代外交史料》、《中法戰爭》、《辛亥革命》、《天地會》、《義和團檔案史料》、《洋務運動》、《康熙起居注》、《戊戌變法檔案史料》、《清末籌備立憲檔案史料》、《清代中俄關係檔案史料選編》、《第二次鴉片戰爭》等以及台灣出版的《宮中檔·康熙朝奏折》、《宮中檔·雍正朝奏折》、《宮中檔·乾隆朝奏折》、《宮中檔·光緒朝奏折》等等。
自1981年起發行的《曆史檔案》（季刊）雜誌，是以公布明、清檔案為主的資料性、學術性刊物，主要公布第一曆史檔案館館藏檔案，並辟有“檔案史話”、“檔案館介紹”、“檔案介紹”、“檔案書刊評價”等欄目。
台灣省故宮博物院自1969年起發行《故宮檔案》（季刊），定期公布清代檔案史料。
清代檔案的史料價值。
保存至今的這些清代檔案，是十七世紀初至二十世紀初，三百多年曆史的真實記錄，是我國保存下來的數量最多、最為集中的古代檔案，是研究清代曆史的第一手資料，清代學者章學誠曾高度評價檔案的史料價值。檔案是最真實、可靠的第一手史料，它能夠“補史之缺，參史之錯，詳史之略，續史之無”。
我國自古以來就有利用檔案編史修誌的優良傳統，通常存放檔案之處即是編史修誌之所。乾隆三十年十二月的起居注（漢文草本）就征引檔案近二十種之多。清代學者龔自珍曾利用檔案編纂《蒙古圖誌》；阮葵生每遇夜值之期，就“推長蠟三枝，竟夕披覽（檔案）不倦”，並借以寫成《茶餘客話》一書。
檔案作為一種史料，也有其自身的局限性，即不完整性。就反映某一複雜的曆史過程而言，對於某一具體過程，檔案可能反映得很具體、細致、生動。但對於全過程，則常由於年代久遠、天災人禍以及自然損毀等原因，所反映的史實，或缺起始，或無結果，或缺少其中某一過程或環節，不像係統的曆史著作能係統地反映曆史事件的本末和全貌。此外，就整體而言，檔案是原始的曆史記錄，是真實可信的。但並非每一份檔案都可信，或其本身為贗品，或雖為真品，但由於種種複雜因素，其記載已嚴重失實。“盡信檔不如無檔”，因此，有時也需要利用圖書等其他文獻來補充檔案的不足。
注釋
①②參見羅振玉《集蓼編》。