清代檔案是清代曆朝中央及地方各種機構，在處理日常公務活動中形成的文書、圖籍及檔冊等，是清代政務活動的原始記錄。包括清官內閣大庫檔案、國史館（清史館）、方略館及宮中各處庋藏的“大內檔案”以及宮外其他中央機構和地方機構的檔案，還包括部分個人檔案。
清代檔案的內容極其豐富，涉及清代政治、經濟、軍事、文化、外交、宗教、教育、司法、民族、風俗、天文、地理、氣象、水利、地震、災異、外國侵華、農民戰爭以及宮廷生活、皇族事務、典章製度等各個方麵。
清代檔案的發現。
清光緒二十四、五年（1898、1899年）間，內閣大庫因年久失修，雨水滲漏，需要加以修繕。為便於施工，將庫內所存檔案移出一部分，暫存於大庫北麵的文華殿中，其餘仍露積於大庫垣內。後醇親王攝政需查閱清初多爾袞攝政典禮舊檔，檢之不得，遂認為庫內所存檔案無用者太多，奏請焚毀，並獲批準。時張之洞以大學士管理學部事務，奏請將大庫所藏書籍撥交學部，設立學部圖書館，學部參事羅振玉參與交接之事。羅振玉“見庭中堆積紅本題本，高若丘阜，皆依年月順序，結束整齊”①，偶抽閱其中兩件，其中一件為乾隆時漕運總督管幹珍督漕時之奏折；另一件為乾隆時軍機大臣阿桂征金川時之奏折，兩者次第銜接。羅振玉“詢何以積庭中。始知即奏請焚毀物也，私意此皆重要史稿，不應毀棄”②，亟建議張之洞奏請停止焚毀，並將擬焚之件撥交學部，存於國子監南學和學部大堂兩處。
民國成立後，教育部接管了清學部所存檔案。1913年教育部在國子監設曆史博物館籌備處，負責保管清代檔案。1916年該處遷往午門，將原存國子監及學部的檔案搬至午門和端門門洞中。但這批珍貴的檔案並未得到妥善保管，隻是將其中較為完整的挑出，放在午門門樓上，其餘的則裝入麻袋置於端門門洞中。1921年政府財政困難，教育部竟將存於端門門洞中的八千麻袋（約十五萬斤）檔案，以四千元價格賣給北京西單同懋增紙店作造紙原料。羅振玉得知此事，以三倍於原價的價錢，即一萬二千元將檔案購回，這批珍貴的清代檔案才得以留存至今。這就是檔案史上著名的“八千麻袋事件”。
清代檔案的整理。
清代檔案卷帙浩繁、種類繁多、內容複雜、形式多樣，雜亂堆積在一起，不利於保管和利用，必須進行係統整理。
首先將檔案區分全宗。全宗是指一個獨立的機關、組織或著名人物在各項活動中形成的全部檔案。全宗原則是當今世界檔案學界所公認的檔案整理原則。整理檔案必須以全宗為單位，同一全宗的檔案不得分散，不同全宗的檔案不得混雜在一起。隻有這樣才能保持文件之間的曆史聯係，便於管理和提供利用。
區分全宗後，還要對檔案進行分類，即將每個全宗的檔案按照不同的標準分成不同的類，每類之下再分成不同的項，每項之下再分目。常用的分類方法有：按文件名稱（文種）分類、按問題分類、按機構分類、按年代分類、按朝年分類等。
全宗內檔案分類後，還要根據檔案的不同情況進行立卷，即按照檔案文件的事由、名稱、作者、收發文機關、時間、地區等特征，將單份文件組成案卷。案卷是檔案最基本的保管、統計和檢索單位。清代檔案的立卷分為詳細立卷和簡單立卷兩種。詳細立卷需將卷內文件逐件摘由、排列、編號，並填寫“卷內文件目錄”和“卷末備考表”。簡單立卷則不需逐件摘由，僅排列順序，並附上備考表。
經過上述整理後，還要編製案卷目錄、人名卡片等檢索工具，以做到有規可循、有目可查。
清代檔案的收藏。
中國第一曆史檔案館藏有清代檔案約九百餘萬件（冊）。包括清入關前天命前九年（1607年）及入關後順治元年（1644年）至宣統三年（1911年）以及末代皇帝溥儀退位後，居住在紫禁城和寄居天津張園、靜園時期（1912—1934年）的檔案。包括內閣、軍機處、宮中等七十三個全宗。除漢文檔案外，還有滿、蒙、藏等少數民族文字的檔案以及英、日、俄、拉丁等外國文字的檔案。
中國第一曆史檔案館所存清代檔案，幾乎涉及清代曆史的各個方麵：內政方麵，包括職官、官製、保警、禮儀、宮廷、陵寢、戊戌變法、、預備立憲等內容；軍務方麵，包括營製、武職官員之升遷調補、軍事訓練、軍事工程等內容；外交方麵，包括疆界訂約、開埠通商、交聘往來等內容；鎮壓人民反抗方麵，包括鎮壓太平天國、撚軍、義和團運動、辛亥革命及其他反清鬥爭和秘密結社等內容；民族事務方麵包括清入關前直至宣統末年為止，瑤、黎、蒙、回、藏、維、傣、高山、哈薩克等三十多個民族的情況；財政方麵，包括賦稅、鹽務、捐輸、庫儲、倉儲、漕糧、經費、貨幣金融等內容；文教方麵，包括有關科舉、國子監、修書各館、清末舉辦的各種學堂、文字獄等情況的檔案以及少量戲曲檔案；工業交通方麵，包括驛站、台站、清末修建鐵路、開辦郵電業務等內容；司法方麵，包括土地房屋糾紛、錢財債務糾紛、盜竊詐騙案、家庭婚姻糾紛、貪汙受賄等刑事、民事案件的檔案材料；天文地理方麵，包括編纂、公布曆書（時憲書）、記載日月星辰的變化以及日食、月蝕、地震等內容。