毛子水在《對於蔡元培的一些回憶》中講到一件趣事。某次，北大名流雅集，錢玄同冒失地問道：“蔡先生，前清考翰林，都要字寫得很好的才能考中，先生的字寫得這樣蹩腳，怎樣能夠考得翰林？”蔡先生不慌不忙，笑嘻嘻地回答說：“我也不知道，大概那時正風行黃山穀字體的緣故吧！”黃山穀是北宋文學家和書法家黃庭堅，他的字體不循常軌，張揚個性，如鐵幹銅枝，似險峰危石，以剛勁奇崛著稱。蔡先生的急中生智既見出他的涵養，也見出他的幽默，滿座聞之，皆忍俊不禁。
自唐代以迄於清代，一千二百多年間，翰林何其多，但主動參加革命黨，去革封建專製王朝老命的，除了蔡元培，數不出第二人。自達摩東來，一千五百多年間，和尚何其多，集情聖、詩人、畫家和革命誌士於一身的，除了蘇曼殊，也數不出第二人。他們是在“古今未有之變局”中稟賦特出的產兒，是天地間絕無僅有的異數。
據教育家馬相伯回憶，1901年，蔡元培擔任上海南洋公學特班總教習期間，曾與張元濟、汪康年一道拜他為師，學習拉丁文。每天清晨，蔡元培從徐家彙徒步四五裏路到土山灣馬相伯家上課。由於求學的心情過於急切，頭一次，蔡元培去得太早，淩晨五點多鍾，天邊剛有一絲曙色，他就在樓下低聲叫喚“相伯，相伯”。馬相伯感到驚奇，大清早的，誰來這裏喊魂？他打開窗子望去，來人是蔡元培。馬相伯名士派頭十足，他急忙搖手，對蔡元培說：“太早了，太早了，八九點鍾再來吧！”雖然有點敗興，蔡元培並沒有感到不悅，三個鍾頭後，他重又來到馬相伯家中。這一年，蔡元培三十四歲，身為翰林已達八載，但他仍有程門立雪的虔誠勁頭。
近代以降，中國人在血池淚渠中蹚行了一百多年，早已與宗教精神背道而馳。太平天國焚燒廟宇，強行逼迫和尚尼姑還俗。義和團摧毀教堂，瘋狂殺戮西方傳教士。嗣後，科學上位，主義蜂起，各種花樣翻新的迫害方式不斷升級，更蕩平了人們所剩無幾的敬畏之心。蔡元培有見於此，特別提出“以美育替代宗教”的主張，他認為，上智者和強力者往往會利用現成的宗教（或倡行個人崇拜）桎梏民眾的思想和行動，下愚者求神拜佛，則容易陷足於迷信的泥坑而難以自拔，美育以修身養性為根本，則能使任何個體都平等地獲得上升的階梯和自我完善的路徑。應該承認，這原本是一個不錯的主張，卻為何難以在中國實行？因為人生慘苦，世路險惡，人們受到鐵血強權的宰製，往往無法掌握自己的命運。在無援無助時，他們要麼忍氣吞聲，匍匐在專製魔王的腳下苟且偷生，要麼含悲忍痛，尋求各方神佛的撫慰和麻醉，隨時隨地向冥冥中的神佛傾訴和祈禱，尋求暫時的解脫。他們相信有來生，相信善有善報，至少還不算徹底絕望。美育則必須在和平安定的環境中才可措手，在溫飽無虞的日子裏才可用心，然而一旦國人的欲望被激活至沸點和熔點，宗教缺席，道德淪喪，美育也將失去立足之地。因此“以美育替代宗教”就成為了遙不可及的願景。
蔡元培一生的座右銘為“學不厭，教不倦”。他三度旅歐，精研西方哲學，在巴黎訪晤過居裏夫人，在德國結識了愛因斯坦，兩次高峰對話使他受益良多。終其一生，蔡元培對學問抱持濃厚的興趣，對教育懷有熾熱的感情，雖曆經世亂，屢遭挫折，卻不曾泄過氣、斷過念、灰過心。戊戌變法時期，王照、張元濟勸導康有為以開辦教育、培植人才為先鞭，以維新變法為後圖，康氏則認為：強敵虎視鷹瞵於外，清廷河決魚爛於內，譬若老房子著火，縱有觀音大士千手千眼為助，猶恐撲救無暇，王、張之議緩不濟急，隻好暫且作罷。無獨有偶，辛亥革命前，嚴複在英倫邂逅孫中山，他開出的藥方同樣是“為今之計，唯急從教育上著手”，孫中山略無遲疑，以“俟河之清，人壽幾何”一語作答，他認為，在清王朝舊體製的框架下，教育猶如被巨石鎮壓著的筍尖，是無法舒展其身子骨的。