林紓的小說是經由北大法科學生張厚載之手轉寄《新申報》發表的，張厚載寫信給蔡元培說明情況，蔡元培回信批評張某的做法有欠妥當，既非愛護其師林紓，也非愛護母校北大。在這封回信中，蔡元培表明了自己對《荊生》和《妖夢》的看法：“仆生平不喜作謾罵語輕薄語，以為受者無傷，而施者實為失德。林君詈仆，仆將哀矜之不暇，而又何憾焉。”蔡元培的大度寬容真是常人望塵莫及的。
此後不久，林紓在《公言報》（此報專與北大為敵，專與新文化運動為難）上發表致蔡元培的公開信，這一回他跳將出來，攻擊北大的教育“覆孔孟，鏟倫常”，“盡廢古書，行用土語為文字”，他純粹以謠言為依據，如此荒腔野板：“乃近來尤有所謂新道德者，斥父母為自感情欲，於己無恩。此語一見之隨園文中，仆方以為擬於不倫，斥袁枚為狂謬；不圖竟有用為講學者，人頭畜鳴，辯不屑辯，置之可也。”這段話的意思是：“近來有些講新道德的人，貶斥父母因為自身情欲發作才孕育了兒女，對自己並無恩德。這句話在袁枚的文章中可以見到，我認為這是不符合人倫的，應斥之為狂妄荒謬；沒想到竟然有教授拿它來講學，他長著人腦袋，卻發出畜生的叫聲，不值得與之辯論，放在一邊就行了。”蔡元培答複時特意指出林紓筆下的這個典故出自於《後漢書·孔融傳》，路粹枉狀彈劾孔融，致使後者遭遇殺身之禍。袁枚隻不過拾古人的牙慧，並非原創。林紓聽信傳言，妄加指責，撿根柴棍當槍使，實在有些貽笑大方。林紓展讀蔡元培的公開答複，身在自家書齋，也必定麵紅耳赤，汗出如漿吧。
在答複林紓的公開信中，蔡元培闡明了自己的兩項主張：“（一）對於學術，仿世界各大學通例，循‘思想自由’原則，取兼容並包主義，與公所提出之‘圓通廣大’四字，頗不相背也。無論為何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之運命者，雖彼此相反，而悉聽其自由發展。（二）對於教員，以學詣為主。在校講課，以無背於第一種主張為界限。其在校外之言動，悉聽自由，本校從不過問，亦不能代負責任。例如複辟主義，民國所排斥也，本校教員中，有拖長辮而持複辟論者，以其所授為英國文學，與政治無涉，則聽之。籌安會之發起人，清議所指為罪人者也，本校教員中有其人，以其所授為古代文學，與政治無涉，則聽之。嫖、賭、娶妾等事，本校進德會所禁也。教員中有喜作側豔之詩詞，以納妾、狎妓為韻事，以賭博為消遣者，苟其功課不荒，並不誘學生而與之墮落，則姑聽之。夫人才至為難得，若求全責備，則學校殆難成立。且公私之間，自有天然界限……然則革新一派，即偶有過激之論，苟於校課無涉，亦何必強以其責任歸之於學校耶？”對於胡適等人提倡白話文，林琴南詬病尤多，蔡元培的精確打擊更為神準：“《天演論》《法意》《原富》等，原文皆白話也，而嚴幼陵譯為文言。小仲馬、迭更司、哈德等所著小說，皆白話也，而公譯為文言。公能謂公及嚴君之所譯，高出於原本乎？”這一問，就問得林琴南啞口無言了。此外，蔡元培對林琴南寬待《紅樓夢》《水滸傳》的作者而苛責同時代的胡適、錢玄同、周作人，也不以為然，他強調，胡、錢、周等新文化運動的幹將無不博極群書，並不是借白話文藏拙的“二把刀”（假內行）。
蔡元培的公開信以道理服人，以事實講話，無懈可擊，林紓筆頭再厲害，也無隙可乘。對此話題，林紓從此噤聲，也算是有服善之智和改過之勇吧。
守舊派並非個個都像林紓那樣操切應對，甚至有人認為嚴紓以七十高齡“作晨雞”“當虎蹊”（擋住老虎的去路），寫小說，罵群生，等於迎風撒尿，徒然弄得自己一身臊。嚴複就不肯接招，他以包容的心理說話：“優者自存，劣者自敗，雖千陳獨秀，萬胡適、錢玄同，豈能劫持其柄？則亦如春鳥秋蟲，聽其自鳴自止可耳。林琴南輩與之較論，亦可笑也。”這段話的意思是：“優秀的人自然能生存，鄙陋的人自然會失敗，即使有一千個陳獨秀，一萬個胡適、錢玄同，豈能劫持這道法則？這也像春天的鳥兒、秋天的蟲子，聽由它們自己鳴叫自己停止就行了。林琴南與他們較量辯論，庸人自擾，也未免太可笑了。”劉師培的觀點更有意思：通群經才能治一經。沒通經不敢吭聲，通了群經不屑吭聲。他不作任何辯駁，就等於作出了辯駁，簡直就像裝聾作啞的大禪師，能悄無聲息地默殺一切。
北大學生很幸運，由於蔡元培的辦學方針鼓勵百家爭鳴，他們仿佛漫步在山陰道上，千岩競秀，萬壑爭流，自是大飽眼福，大飽耳福。學風丕變，人才蔚起，確為水到渠成。
在舊勢力依然磐固的環境裏，以效益論，激烈對抗反不如穩健從事。蔡元培能在北大取得成功，決非偶然。比如男女同校，當時是很難辦的事情，北京好一點的戲樓（廣和樓、富連成社）不賣堂客票，女人不能進去聽戲。次一等的戲樓，也是另開一門，標明“堂客由此進”，男女之分，壁壘森嚴。因此北大招收女生，實行男女同校，就絕非不起眼的小舉措了。蔡元培的做法很穩當，他先讓女生旁聽，然後再行招考，並不向教育部明文通報，以免碰硬釘子，反為不美。他心明眼亮，早瞅準了教育部的規定（是他在教育部總長任內製定的）並無禁止女生上大學的條款。那些反對者眼見木已成舟，社會輿論偏向於讚成男女同校，也就不再橫加指責了。
最巧妙的是，蔡元培引經據典，將自由、平等、博愛（他譯為“友愛”）這一法國大革命時代所標舉的公民道德綱領推演出與中國文化相對應的解釋：“自由者，‘富貴不能淫，貧賤不能移，威武不能屈’是也，古者蓋謂之‘義’；平等者，‘己所不欲，勿施於人’是也，古者蓋謂之‘恕’；友愛者，‘己欲立而立人，己欲達而達人’是也，古者蓋謂之‘仁’。”此說一出，那些習慣訾議詆訶自由、平等、博愛的封建衛道士，彎弓搭箭，茫然迷失標靶，隻好斂怒收聲，哪兒涼快待哪兒去。鬥士陳獨秀喜歡打南拳，虎虎生威，剛猛之極。智士蔡元培則擅長於太極推手，柔若無聲，四兩撥千斤。
在北大，蔡元培的權威也曾受到過挑戰。當年，北大學生不肯交納講義費，為此包圍紅樓。麵對氣勢洶洶的數百名學生，蔡元培挺身而出，他厲聲質問道：“你們鬧什麼？”為首的學生講明來由：“沈士遠（北大庶務部主任）主張征收講義費，我們來找他理論！”蔡元培說：“收講義費是校務會議決定的，我是校長，有理由盡管對我說，與沈先生無關。”這時，學生中有人惡語相向：“你倚老賣老！”蔡元培毫無懼色，他揮拳作勢，仿佛怒目金剛，公開叫陣：“你們這班懦夫！我是從明槍暗箭中曆練出來的，你們若有手槍炸彈，隻管拿來對付我，站出來跟我決鬥！誰要是敢碰一碰教員，我就揍他。”當時，觀者如堵，聽聞先生此言，無不麵麵相覷。五十歲的老校長平日馴如綿羊，靜若處子，現在忽然搖身一變，變成了拚命三郎，變為了正義之獅，大家都傻了眼。蔡元培的可畏之處在此，可敬之處在此，可愛之處也在此，一旦顯露無遺，千人為之辟易[bìyì，拜服，傾倒]。學生自覺理虧，滿懷敵意受此激蕩，竟霍然消解了。學生收了隊，講義費呢？教務長顧孟餘答應延期收取，實則無限延擱。北大的這場“講義風潮”仍是學生占到上風，蔡元培心知尾大不掉，也無可奈何。
在北大，蔡元培重視美育，並且親自授課。蔡元培所提倡的美育是美感之教育，他說：“美感是普遍性，可以打破人我彼此的偏見；美學是超越性，可以破除生死利害之顧忌，在教育上應特別注意。”他還說：“美感者，合美麗與尊嚴以言之，介乎現象世界與實體世界之間而為津梁……在現象世界，凡人皆有愛惡驚懼喜怒哀樂之情，隨離合生死禍福利害之現象而流轉。至美術則以此等現象為資料，而能使對之者自美感以外，一無雜念。例如……火山赤舌，大風破舟，可駭可怖之景也，而一入圖畫，則轉堪展玩。”審美無疑是一種有待培養的能力，常人的層次較低，機會也有限，蔡先生主張以美育代宗教的主張就成為了“過高之理”，終於停留在紙麵上。
早在愛國學社任教時，蔡元培就曾斷發短裝，與學員一同練過正步。在北大，蔡元培也特別重視體育，他添設兵操、射擊和軍事學等課程，聘請軍事專家蔣百裏、黃郛等人任教習。中國大學生實行軍訓，自北大始，應屬無疑。北大學生軍最光榮的曆史是：1925年孫中山到北京時他們去前門車站擔任歡迎和警衛的任務，還去鐵獅子胡同孫中山的住處輪流站崗。據林語堂《記蔡孑民先生》一文所述：當年他在清華教書，有事去北大見蔡元培，“最使我觸目的，是北大校長候客室當中玻璃架內，陳列一些炸彈，手榴彈！我心裏想，此人未可以外貌求之，還是個蘧伯玉吧”。蘧伯玉名璩，是春秋時期衛國的頭號大賢人，是孔子的好友，他最為人稱道的就是“行年五十而知四十九年非”，知過就改，精進不息。蔡先生年方五十，林語堂將他與蘧伯玉作比，確有深意存焉。
但凡了解蔡元培的人就知道他自奉甚謹的“三不主義”（“一不做官，二不納妾，三不打麻將”），他出掌北京大學，是為教育盡力，並不是來當官，其蕭然物外的書生本色一點也沒變。有一次，馮友蘭為弟弟馮景蘭辦理北大預科肄業證明書，由於時間緊迫，為了省去中間環節，便直接去景山東街北大校舍的一所舊式院落找蔡元培簽字。他見到的景象是這樣的：“校長室單獨在一個大院子中，我走進院門，院子中一片寂靜，校長室的門虛掩著，門前沒有一個保衛人員，我推開門走進去，外間是一個大會客室兼會議室。通往裏間的門也虛掩著，門前沒有秘書，也沒有其他職員。我推開門進去，看見蔡先生一個人坐在辦公桌前看文件。”馮友蘭當時的印象很深，蔡校長顯然不是官員，而是學者，甚至是一介寒儒。若將林語堂的所見與馮友蘭的所見合在一處看，就真是相映成趣了，蔡元培從來就不是心口相違的人。
在五四運動之前，由於北大師生的言論主張過於激烈，北洋政府將北大視為眼中釘、肉中刺，對蔡元培施加了很大的精神壓力。有一天晚上，蔡元培在家中與兩位謀客商量對策，其中一位謀客勸告蔡元培趁早解聘陳獨秀，製約胡適，以保全北大的命脈，為國家保存讀書種子，這樣的說法似是而非。另一位謀客別無高見，也從旁附和。他們苦口婆心勸了許久，蔡先生終於站起身來，正氣凜然地說：“這些事我都不怕，我忍辱至此，皆為學校。但忍辱是有止境的。北京大學一切的事，都在我蔡元培身上，與這些人毫不相幹！”若非蔡元培硬扛硬頂和巧妙周旋，北大那片息壤早被軍閥政府的鐵蹄踐踏得寸草不生了，還哪有什麼新文化運動的碩果可以結出？