亂世八風勁吹，狂潮迭起，為了確保學生專心於學業，蔣夢麟主持製定《國立北京大學學則》，其主要內容為：取消選科單位製，實行學分製；在管理環節上，遵循北大傳統，自由寬容，個性發展不受限製，師生之間達成“隻有陶冶，而無訓練”的共識；建立學術團體，營造學術氛圍，開展中外學術交流，期以“教育救國”“學術救國”。
在第二個七年，蔣夢麟的改革收獲奇效，“科學教學和學術研究的水準提高了。對中國曆史和文學的研究也在認真進行。教授們有充裕的時間從事研究，同時誘導學生集中精力追求學問，一度曾是革命活動和學生運動漩渦的北大，已經逐漸變為學術中心”，這份成績單拿出來，不服氣的人是不多的。
無奈形勢比人強，日寇步步進逼，華北已放不下一張寧靜的書桌，北大、清華、南開三校南遷，整合為國立西南聯合大學。北京大學率先遷到長沙，南開大學校長張伯苓和清華大學校長梅貽琦尚在途中。有人擔心三所大學合並在一起難免同床異夢，便向蔣夢麟提議：“假使張、梅兩位校長不來，我們就拆夥好了。”聽完這些議論和主張，蔣夢麟一改平時的溫文爾雅，聲色俱厲地批評道：“你們這種主張要不得，政府決定要辦一所臨時大學，是要把平津幾個重要的學府在後方繼續下去。我們既然來了，不管有什麼困難，一定要辦起來，不能夠因為張伯苓先生不來，我們就不辦了。這樣一點決心都沒有，還談什麼長期抗戰？”
西南聯大因抗戰而創立，其體製相當特殊（由北大、清華、南開三所大學的校長出任校務委員會常委，輪流執政，因蔣夢麟兼任紅十字會中國總會會長，張伯苓在政府也另有兼職，兩人長期不在昆明，梅貽琦實負全責），獨立中有融合，融合中有獨立。從一開始，蔣夢麟就對聯大事務采取不爭和無為的立場，當北大與清華的利益發生衝突時，外界的印象多半是北大吃癟，清華吃香，在眾人心目中，西南聯大的實際掌舵人也是梅老板，而不是蔣老板。久而久之，那些習慣於顧盼自雄的北大教授鬱積了難以宣泄的憤懣之情，蔣夢麟遂成為眾矢之的和眾怨之藪。謝興堯即嚴厲批評蔣夢麟以“整齊劃一”的清華精神改造“獨立自由”的北大精神。1945年，北大教員暗中聯合，一場“倒蔣迎胡”的風潮不可遏止，在他們心目中，卸職大使、尚在美國養病的胡適乃是北大校長的不二佳選。同年6月，蔣夢麟出任行政院秘書長，等於倒提寶劍，授人以柄，北大教員的攻擊“武器”更為犀利。為此傅斯年一度金剛怒目，與蔣夢麟當麵發生爭吵，所幸蔣夢麟經一夕反思而幡然省悟，向傅斯年表示遵從眾議。1929年，蔣夢麟在國民政府教育部長任內，親手製定《大學組織法》，其中有一條剛性規定：大學校長不得兼任政府官員。此時，他任職行政院秘書長，觸犯了自訂的禁條，不說是作法自斃，也算是作繭自縛吧。
1945年8月，蔣夢麟退出西南聯大，辭去北大校長，繼任者果然是眾望所歸的胡適，後者因病滯留美國，由傅斯年代理北大校長職務。
蔡元培奠基，蔣夢麟造房，胡適封頂，北大的傳統續續而不斷，那三十多年，是北大最輝煌的時期。蔣夢麟承上啟下，掌校時間最長，自然功不可沒。蔣夢麟的特點是什麼？勇於負責，銳意進取，任勞任怨，務實求真，此為世所公認。蔣複璁將蔣夢麟一生心得概括為：“以儒立身，以道處世，以墨治學，以西辦事。”鄭逸梅在《學林散葉》中的記載則更加有趣：“抗戰中，蔣夢麟當北大校長，曾說自己平生做事全憑三子，‘以孔子做人，以老子處世，以鬼子辦事’。所謂‘鬼子’者，洋鬼子也。指以科學精神辦事。”陳雪屏則看重蔣夢麟的用人不疑和超脫的處世態度，“他尊重個人自由：凡個人行為之不涉及公眾權益者，他絕不過問或批評；凡他的同事在分層負責的範圍內所決定的事項，他從不挑剔或幹預。他信服老莊的道理，對於屑細的是非之爭與成虧之辨看得很淡。因此他能夠超脫於複雜的人事糾紛之上。”
1950年12月17日，北大建校五十二周年紀念會在台北舉行，傅斯年登台演講，實話實說：蔣夢麟的學問不如蔡元培，辦事卻比蔡元培高明。他的學問比不上胡適，但辦事卻比胡適高明。傅斯年演講完畢，蔣夢麟笑著應和：“孟真，你這話對極了！所以他們兩位是北大的功臣，我們兩人不過是北大的功狗。”自謙歸自謙，在蔣夢麟內心，能做北大的“功狗”，何嚐不是一樣的快愜和滿足。何況做這樣的“功狗”，不會遭遇“飛鳥盡，良弓藏；狡兔死，走狗烹”的悲劇下場，他又何樂而不為。
有人說，蔣夢麟的學問不是頂尖級的，但他的知識麵寬，口才好，處事公平，待人熱忱，往往能以德服人。他擔任北大校長多年，深知山外有山，天外有天，晚年他回憶自己在北大的經曆，自謙是個萬金油樣的角色：“有人說北京大學好比是梁山泊，我說那麼我就是一個無用的宋江，一無所長，不過什麼都知道一點。因為我知道一些近代文藝發展的曆史，稍有空閑時，也讀他們的作品，同時常聽他們的談論。古語所謂：‘家近通衢，不問而多知。’我在大學多年，雖對各種學問都知道一些，但總是博而不專，就是這個道理。”但凡讀過蔣夢麟的回憶錄《西潮·新潮》的人，都會承認他學養深厚，文筆瀟灑，具備繁茂的感情和豐沛的理智，大事小事均能娓娓道來，史識既出眾，見地也非凡，不愧為美國哥倫比亞大學的哲學博士、教育學博士，不愧為實用主義哲學家杜威的入室弟子。姑舉《西潮·新潮》中的一段妙論為例：
中國對西方文化的反感，正像一個人吃得過飽而鬧胃痛以後對食物的反感。1898年的康梁維新運動，隻是吃得過量的毛病；1900年的“義和團之亂”，則是一次嚴重而複雜的消化不良症，結果中國硬被拖上手術台，由西醫來開刀，這些西醫就是八國聯軍。這次醫藥費相當可觀，共計四億五千萬兩銀子，而且她幾乎在這次手術中喪命。
匪夷所思的是，蔣夢麟躲空襲警報時用英文寫成《西潮》的初稿，由於他在防空洞中經常隻能席地而坐，光線頗為幽暗，英文比漢字更易對付，閉著眼睛都可下筆。洞中文思如泉，洞外炸彈如雨，如此潛心著書的人怕是絕無僅有吧。
蔡元培沒有把北大校長當成官來做，蔣夢麟也沒有把北大校長當成官來做，這就對了。他做官是根本不行的，懸鵠甚高，求治過急，被人認為剛愎自用，一意孤行。他在教育部長任上時，國民黨元老吳稚暉當麵批評他“無大臣之風”，劉半農聽說此事後，特意贈給他一方“無大臣之風”的圖章，以為雅謔。
有人說，蔣夢麟是北大精神堅定不移的捍衛者，北大之為北大，沒有蔡元培不行，沒有胡適不行，沒有蔣夢麟同樣不行，在北大完整的龍骨架中，他對腹背的支撐作用絕對不可低估。當初，蔡元培毅然選定蔣夢麟代理北大校長，使北大幸運地收獲到一位傑出的行政幹才，知人之明實非淺顯。