元世祖一聽，這還了得，也不由得相信那位僧人說的。馬上就把恭帝遷到了上都，然後殺害了已關押了四年的南宋宰相文天祥。次年又把降元的宋朝官員全部遷往內地，免除了後顧之憂。
一心向佛，仍然被殺
至元二十五年，恭帝已經19歲了，元朝的統治也逐漸鞏固了下來。這年冬天，元世祖賜給恭帝大量錢財並將他送到了吐蕃（今西藏地區）學佛。
恭帝到西藏後，入住薩迦大寺，並改名為合尊法寶，還學會了藏族的語言。恭帝聰穎靈慧，性情好合，他鑽研佛經，還當上了薩迦大寺的主持。按理說，恭帝此時既已入佛，早已心無雜念，潛心修煉了。可是到元英宗至治三年時，恭帝卻突然被賜死在河西（今甘肅省河西走廊），這是怎麼回事呢？原來是他無意間所寫的一首詩闖了大禍：
寄語林和靖，梅花幾度開？
黃金台下客，應是不歸來。
詩中所說的黃金台指的是戰國時燕昭王在大都朝陽門附近築的土台，燕昭王放黃金在台上，招攬天下賢士盡歸己用。林和靖則是北宋著名的錢塘高士，一生孤傲，以梅為友。就是這首詩，恭帝便被元英宗以煽動天下人心的罪名處死了。
元英宗殺恭帝也是曆朝曆代的慣例。恭帝死了，天下宋人的心也就死了；恭帝不死，宋朝遺民總會在心中隱隱作想：宋朝江山仍舊還在，因為雖然端宗、衛王死去了，可是恭帝還活著，恭帝還會回來，他隻是在某個地方出家而已。
宋恭帝是位有智慧的人，可是幼年繼位，又生不逢時，想必心中自是有許多苦處，可是他潛心研究佛經，成了一代佛學翻譯大師，曾經翻譯了佛教中著名的《因明人正理論》作品，也算沒有枉過一生。