七月，敵軍突撲濰河，東省守將王心安方防駐戴廟，任敵偷渡，而膠、萊之防遂潰。是時蜚謗屢起，朝廷責備纂嚴，有罷運防之議。鴻章複奏，以為運河東南北三麵，賊氛來往竄擾，官軍分路兜逐，地方雖受蹂躪，然受害者不過數府縣之地，驅過運西，則數省流毒無窮。同是疆土，同是赤子，而未便歧視也。乃堅持前議，不少變。十月十三日，劉銘傳在安邱濰縣之交，大戰獲勝。二十四日，追至贛榆，銘傳與馬步統將善慶力戰，陣斃任柱，於是東撚之勢大衰。
二十八日，潘鼎新海州上莊一戰，斃悍賊甚夥。十一月十一二日，劉銘傳、唐仁廉等在濰縣壽光抄擊一晝夜，敵眾心攜，投降遂多。郭鬆林、楊鼎勳、潘鼎新繼之，無戰不捷。至二十九日，銘傳、鬆林、勳動等，躡追七十裏，至壽光彌河間，始得接仗。戰至十數回合，又追殺四十餘裏，斬獲幾三萬人，敵之精銳器械騾馬輻重拋盡。鴻章奏報中，謂軍士回老營者，臣親加拊慰，皆饑憊勞苦，麵無人色。賴汶洸在彌河敗後，落水未死，複糾合千餘騎，衝出六塘河防。黃翼升、劉秉璋、李昭慶等，水陸馬步，銜尾而下，節節追剿，隻剩數百騎，逼入高室水鄉。鴻章先派有統帶華字營淮勇之吳毓蘭，在揚州運河扼守。諸軍戮力，前截後追，十二月十一日，毓蘭生擒汶洸。東撚悉平，東、蘇、皖、豫、鄂五省，一律肅清。
鴻章奏捷後，附陳所屬諸軍剿撚以來，弛逐數省，轉戰終年，日行百裏，忍饑耐寒，憂讒畏譏，多人生未曆之苦境。劉銘傳、劉秉璋、周盛波、潘鼎新、郭鬆林、楊鼎勳，皆迭乞開缺，請稍為休養，勿調遠役。並以劉銘傳積勞致病，代為請假三月。乃七年正月，西撚張總愚大股，忽由山右渡河北竄，直逼畿輔。京師大震。初七、初八日，壘奉寄諭飭催劉銘傳、善慶等馬步各營，迅赴河北進剿，乃率周盛波盛傳馬步十一營，潘鼎新鼎字全軍，及善慶溫、德克勒西馬隊，陸續進發，由東阿渡河，飭郭鬆林、楊鼎勳整飭大隊，隨後繼進。
西撚之役，有較東撚更難圖功者，一則黃河以北，平坦千裏，無高山大河以限之，張總愚狡猾知兵，竄擾北地平原，擄馬最多，飆忽往來，瞬息百裏，欲設長圍以困之，然地勢不合，羅網難施，且彼鑒於任、賴覆轍，一聞圍紮，立即死力衝出，不容官軍閑暇，次第施工，此一難也，二則淮軍全部，皆屬南人，渡河以北，風氣懸殊，南男性情口音，與北人均不相習，且穀食麵食，習慣不同，而馬隊既單，麩料又缺，此二難也。
鴻章乃首請飭行堅壁清野之法，以為“前者任、賴撚股，流竄中原數省，畏墟寨甚於畏兵。豫東、淮北，民氣強悍，被害已久，逐漸添築墟寨，到處興城池相等，故撚逆一過即走，不能久停。近年惟湖北、陝西，被擾最甚，以素無墟寨，等辦不及，賦得盤旋飽掠，其勢愈張。直、晉向無撚患，民氣樸懦，未能築寨自守。張總愚本極狡猾，又係窮寇，南有黃河之阻，必致縱橫馳突，無處不流，百姓驚徒蹂躪，詎有已時，可為浩歎。（中略）自古用兵，必以彼此強弱饑飽為定衡。賊未必強於官軍，但彼馬多而我馬少，自有不相及之勢；彼可隨地擄糧，我須隨地購糧，賊常飽而兵常饑，又有不能及之理。今欲絕賊糧，斷賊馬，惟有苦勸嚴諭河北紳民，趕緊堅築墟寨，一有警信，收糧草牲畜於內，既自固其身家，兼以製賊死命，雲雲。”西撚之平，實賴於是。
四月，奏請以劉銘傳總統前敵各軍，溫旨敦促起行。使淮軍與直、東民團，沿黃河運河，築長牆浚壕以蹙敵。棟派各軍，輪替出擊，更番休息，其久追疲乏須暫休息之軍，即在運河東岸擇要屯駐，俟敵竄近，立起迎擊，以剿為防。又派張曜、宋慶分紮夏津、高唐一帶，程文炳紮陵縣、吳橋一帶，為運防遮護。左宗棠亦派劉鬆山、郭寶昌等軍，自連鎮北至倉州一帶減河東岸分紮，與楊鼎勳等軍就近策應，布置略定，然後進剿。
五月，撚股竄向西北，各軍分途攔擊，疊次獲勝。鴻章乃趁黃河伏汛盛漲時，縮地圍紮，以運河為外圍。而就思縣、夏津、高唐之馬頰河，截長補短，外為裏圈。逼賊西南，層層布置。五六月間，各軍迭次大捷，敵勢衰蹙，陣散漸多。六月十九至二十二等日，乘勝尾追，每戰皆捷。二十三日，張總愚涉水，向西南逃竄。二十四日，由平原向高唐。二十五日，潘鼎新追百二十裏，冒雨至高唐，敵已向博平、清平一帶，圖撲運河。而官軍早於馬頰河西北岸築長牆數百裏，足限戎馬，敵方洞知，已入彀中，竄地愈狹，死期近矣。是時各軍已久追疲乏，鴻章乃派劉銘傳生力馬軍助戰，軍勢大振。二十八日，將敵圈在徒駭黃運之間，銘傳調集馬步迎擊，追剿數裏，值郭鬆林東來馬步全軍。攔住去路，又兼河道分歧，水溜泥陷，劉、郭兩軍馬隊，五六千人，縱橫合擊，擒斬無算。張總愚僅帶領十騎北逃，旋自幸，沉於河以死。西撚肅清，中原平。八月，李鴻章入覲京師。