懲罰叔父
清順治七年（1650年），清軍大舉進攻廣東、廣西的南明武裝。盡管重兵圍攻廣州將近十個月不克，但就全國整個形勢而言，對抗清勢力來說十分嚴峻。
南明永曆帝麵對清軍的攻勢，給他最信任的李定國和鄭成功下詔書，要他們分率步騎兵和水師，到廣州勤王。
鄭成功接到永曆帝詔書後，權衡再三，認為這是重中之重。盡管廈門剛剛到手，需要築城，需要派兵防守；但南下廣東勤王，是永曆帝的詔命，也不能耽誤勤王大事。於是，他決心舍棄某些小利，堅決赴命。然鄭成功最放心不下的是廈門防守。所以，出征之前，他特地征求管理廈門事務的堂叔鄭芝莞的意見，說：“我欲南下勤王，清軍若是來犯，你將如何防守？”鄭芝莞回答得很堅決，他說：“藩主若將水陸官兵全付於芝莞提調，防守廈門，萬無一失。清軍若來進犯，廈門有失，芝莞願受軍法處分。”鄭成功相信了鄭芝莞的話，便命留守的阮引、何德、藍登的水陸之師，歸鄭芝莞調遣，共同鎮守廈門。此外，鄭成功還特意將夫人董氏和兒子鄭經留住廈門，作為監守。
鄭成功在率師南下勤王途中，得知廣州已為清軍攻陷。他對廈門的防守仍然放心不下，便與叔父鄭鴻逵商量，想讓鄭鴻逵先回廈門，而自率水師南下勤王，以求兩利。鄭鴻逵覺得鄭成功的主意甚好，便說：“侄有此舉，社稷有幸。我當即回廈門，以防不測。”
第二年（1651年）正月初，鄭成功率師進抵廣東南澳島，此島為鄭軍所據。守將陳霸勸鄭成功趕快回師廈門。他說：“廣州已被清軍占領，抗清部隊早已遠走，藩主此去勤王，時機已過。而廈門是根本之地，不能輕易丟失不顧。”他願意率師為前驅，請鄭成功居中調度，等有了消息，再請他親往亦不為遲。但鄭成功勤王心切，即使越山逾海，赴湯蹈火，也在所不辭。他命陳霸暫時按兵不動，隨時赴援廈門。
在陳霸進諫之後，足智多謀的施琅也來求見鄭成功。施琅覺得，大軍南下遠行，清軍必定乘虛而入，廈門有丟失之危險。因此，他為說服鄭成功，托詞對鄭成功說：“昨夜做了一夢，似大不利，乞藩主思之。”鄭成功本來不願意回師廈門，以免影響南下勤王，所以對施琅的進諫十分反感。無奈，便讓施琅把左先鋒印和兵將交由副將蘇茂統轄，其後營調入戊旗親隨協將，命他與鄭鴻逵、洪旭等一道返回廈門。分派完畢後，鄭成功親率100多隻戰船，戰暴風，平惡浪，浩浩蕩蕩，向粵東進發，采取攻城打援之策，攻克了大鵬所（今廣東大亞灣西），又消滅了清軍援兵，繳獲一大批裝備和穀米。
不出陳霸、施琅之所料，駐泉州的清軍福建巡撫張學聖、總兵馬得功，偵知鄭成功率師南下遠出，便乘虛進攻廈門。他們脅迫鄭芝豹出船載清軍航渡，在廈門登岸。鄭軍守將阮引、何德等人，見清軍來勢凶猛，倉皇而逃。而負有廈門守備總責的鄭芝莞，在大敵麵前貪生怕死，把自己在鄭成功麵前所作的誓言忘得一幹二淨，匆忙席卷珍寶，單獨裝在一條船上，棄城而逃。這時，城中無主，亂作一團。鄭成功的夫人董氏，懷抱著兒子鄭經，來到海濱，見到一條小船船工，忙說：“我是董夫人。”船工趕快背夫人上船。董夫人指著近處幾艘大船問：“哪隻船是芝莞爺的？”船工指著重載的那艘便是。董夫人立刻轉移到這艘大船上。鄭芝蕪見了董夫人，忙說：“此戰船也，不便居住，請夫人到家眷船中，那兒有專人侍候。”董夫人生氣地說：“媳婦喜乘此船。今征戰之時，非此船不可。”鄭芝莞再三強行勸說，董夫人坐而不動，因為她早已識破鄭芝莞機關。
清軍在廈門島上往來馳騁，如入無人之境。清巡撫張學聖在島上看到波濤萬頃，島嶼孤懸，不禁驚歎說：“海外險地，此乃絕境。我若返還，船隻不繼，豈能飛渡？實用兵之忌也。”立即下令引師撤還。總兵馬得功得知後軍已退，不敢久留，便也撤離。途中與鄭鴻逵部將吳渤相遇，拚殺一陣，射殺吳渤後，匆忙退去。
從廣東返回廈門的施琅，率領陳塤、鄭文星等在廈門港登岸後，正遇清軍後撤，便奮勇追擊馬得功。馬得功敗績，無計可施，便派人去見鄭鴻逵。原來，馬得功是鄭鴻逵的老部下。當年，鄭鴻逵擔任明右軍都督鎮守南京西南采石磯時，馬得功是其標下的守備官。馬得功憑著這層關係，且又以鄭芝龍被扣在京，鄭氏眷屬皆在安平，隨時可能遭到報複，來要挾鄭鴻逵，讓他寬待片刻，濟度而歸，以求“一舉兩得”。鄭鴻逵為昔日舊情所動，以及顧慮兄在京扣留，家眷在安平的安危，便給了馬得功一條生路，放鬆防守，網開一麵，並借船數隻，渡馬得功安全返回了泉州。