鄭成功在重視軍製、兵器建設的同時，也十分重視政務建設。他在順治十二年（1655年，永曆九年）二三月間，仿效明廷建置，設立六官管理政務。任命潘庚鍾為吏官，鄭擎柱為禮官，洪旭為戶官，陳寶鑰為協理禮官，張光啟為兵官，程應潘為刑官，馮澄世為工官，常壽寧為察言司。鄭成功根據各方人才的需要，又設儲賢、育材二館，令思明州知州鄧會，勸學取士，得四十餘人，陸續充實六官之內辦事，或外派為監紀，或為推官，或為通判等職。
擴大基地
鄭成功雖然擁有了金（門）、廈（門）抗清基地，但都屬於島嶼，在軍事上、經濟上諸方麵也有許多局限性。他為了擴大地盤、擴大兵源、擴大糧餉的供應，以及支援各地的抗清力量的武裝鬥爭和更有效地鍛煉將士，他在閩、粵及江、浙沿海地區，與清軍展開了曠日持久的爭奪和擴大基地的一係列作戰。
海澄城外伏擊戰。海澄，在明隆慶年置縣（1960年與龍溪合並為龍海縣）。地處九龍江下遊河口段，漳州、廈門兩市之間。明代中期興起的月港，是當時國內外的交通貿易中心，是鄭、清兩軍爭奪的要地之一。順至八年（1651年）五月二十二日，鄭成功偵知清漳州總鎮王邦俊率海澄馬步軍數千出城襲擊鄭軍，他認為這是殲敵的好機會，便對諸將說：“欲圖進取，先從漳（州）、泉（州）起手。此番殺他一陣，則漳（州）虜懾服，集兵裕餉，恢複有基矣。爾等勉之！”於是，鄭軍在敵人必經之地磁灶山埋伏重兵。戎旗鎮伏於山坑南，援剿右鎮伏於山坑北，左先鋒鎮、援剿左鎮伏於磁灶社內；令親丁鎮甘輝、前衝鎮萬禮、右衝鎮柯鵬率部誘敵深入。二十七日，王邦俊果真由灶前大路而來，左先鋒蘇茂迅即殺出伏擊地，清軍猝不及防，敗退；親丁鎮甘輝、前衝鎮萬禮接著殺出，清軍潰不成軍。鄭軍從四麵八方圍殲清軍，殺傷遍野，奪取馬匹、輜重無數，凱旋而回。六月初二，鄭成功按照《賞格》，獎賞此次作戰有功人員，軍中皆大歡喜。
小盈嶺之戰。清將王邦俊兵敗之後，與清將陳尚智合兵，來與鄭成功交戰，結果又傷亡慘重。無奈，便向福建清軍陸路提督楊名高求援。楊名高帶領大隊兵馬，欲與鄭成功一決雌雄。鄭成功聞訊，召集諸將商討對策。他說：“楊名高未知我手段，必然輕敵。我遣兵一部略地取糧，誘其來戰，主力先占據險要之處待機。爾等此番用力殲擊，勝此一著，則援虜計窮，漳（州）泉（州）不攻自下矣。”他又說：“獎賞有功者，本藩決不吝惜。如不用命，殺勿赦！”諸將殺敵心切，紛紛表示：“此番我等盡欲得功，虜必無生還矣。”鄭成功率諸將來到小盈嶺，勘察地形，部署兵力。將兵馬分為四部，援剿右鎮黃山督正兵營陳塤等伏於鵲山之下，右先鋒黃廷督左衝鎮康明等紮於東邊嶺下，鄭成功親率戎旗鎮紮於嶺上，其餘左先鋒、援剿右鎮、北鎮等紮於西邊嶺下，另遣親丁鎮甘輝督兵擔負赴殺鴻漸山背之敵。
十一月的一天，楊名高率兵從正麵分三股而進，另有一股從鴻漸山背後來抄鄭軍的後路。正麵清軍先是一股來犯，鄭成功示意眾將以逸待勞，不準出戰；當清軍三股齊犯，鄭成功便命兩鎮迎擊清軍中股，此時，鄭成功馳督陣中，催戰益力，諸將無不鼓奮，清軍大亂，被殺傷無數。從山後來抄鄭軍後路的一股清軍，被甘輝擊退。此時，鄭軍奇兵營突然衝出，殺敵甚眾，營官楊祖身中數箭，仍帶傷奮擊，殺死清將一員。親丁鎮甘輝趕至，協同他鎮官兵奮勇衝殺，清軍潰不成列，被鄭軍追殺不計其數，楊名高僅一身免。
鄭成功班師，照《賞格》條例升賞，以楊祖為首功，賜蟒玉；甘輝等為次功；奇兵營升為奇兵鎮。中衝鎮和遊兵營官因作戰不力，分別降職、捆責，以示懲戒。
漳浦之戰：鄭軍由於接連獲勝，動搖了降清的舊將的鬥誌。其中，駐守漳浦的舊將陳堯策，秘密派人到鄭軍來試探獻城反正之事。鄭成功便與他約定獻城日期。十二月十一日，鄭成功按約，帶兵銜枚而進，神不知、鬼不曉地包圍了漳浦城。陳堯策見鄭軍如約而至，便開門獻城迎降，被鄭成功升職掛寧南將軍印，管護衝前鎮，仍然鎮守漳浦。清軍駐漳浦另一守將楊世德，一直被蒙在鼓裏，當他明白了事情的真相後，猛地跳入河中自盡。鄭軍士兵立即下河將楊世德救起，押解來見鄭成功。鄭成功客客氣氣地接待了楊世德，親自為他鬆綁、遞茶，讚揚他堅於職守、以死殉職的忠誠。又令醫生為其醫傷，還令官兵保護其眷屬的安全。楊世德對此十分感動，表示願意歸降，鄭成功立即授他大監督之職。漳浦知縣範進聞訊，也攜印來至軍門投降，同樣受到鄭成功的厚待。