馬信讚同鄭成功的主張。他說：“藩主所慮者，金、廈諸島難以久拒清朝。欲先固根本，而後壯枝葉，此乃終始萬全之計。”他還用明軍攀藤而越高山峻嶺滅夏蜀、晉軍用火燒斷江中鐵纜滅孫吳的戰例，說明困難可以克服，紅毛可以擊破。他建議：“今乘將士閑暇，不如統率一旅前往探察，倘若可進取，則並力而攻；如果紅夷厲害，再作相商，亦未為晚。”
鄭成功讚揚說：“此乃因時製宜，見機而動之論。”
吳豪再次申辯己見說：“台灣實吳豪屢經之地，豈不知其詳？既知其詳而不阻諫，徒附會其說，以誤藩主大事，吳豪罪多矣。”
諸將眾說紛紜，議論不一。陳永華就兩種不同意見發表評論說：“宣毅後鎮（吳豪）所言，是身經其地，細陳利害，乃守經之風，亦愛主也，未可為不是。如建威伯（馬信）之論，大興舟師前去，審時度勢，乘虛覷便，此乃行權將略也。試行之以盡人力，悉在藩主裁之。”楊朝棟積極支持鄭成功的主張，倡言：“進軍台灣可行。”鄭成功高興地說：“朝棟之言，可破千古疑惑。著禮官擇吉日，令世子鄭經監守各島，台灣非吾親征不可。”就這樣，定下了進軍台灣的計劃。
此後，鄭成功部署了金、廈基地的防守兵力：調撥三鎮兵馬以拒南來之敵，調撥五鎮兵馬以拒北來之敵；又命洪旭、黃廷、王秀奇等將領，共同輔佐21歲的世子鄭經守廈門，調度各島。
二月初一，鄭成功舉行了隆重的祭江興師儀式。宣布：鄭成功自率馬信、周全斌、蕭拱宸、陳蟒、黃昭、林明、張誌、朱堯、羅蘊章、陳澤、楊祥、薛進思、陳瑞、戴捷、黃昌、劉國軒、洪暄、陳廣、林福、張在、何祐、吳豪、蔡鳴雷、楊英、謝賢、李胤及其四弟鄭襲等將領率師東征。儀式之後，文武百官齊到廈門郊外，為東征將士餞行。出征水師，按號令分批駕到金門料羅灣，候風待發。
登陸之戰
二月上旬，鄭成功駕到金門，檢查船隻，修葺尚未完備，他一再發令催促。任命洪暄為鎮守澎湖遊擊，作為先遣戰船，前導引港。
三月初十，鄭成功來到金門料羅灣，等候順風開船。當時，許多官兵覺得過洋艱難，時有逃跑者。本來，鄭成功決定有15鎮將士參加複台之戰，因有兩鎮鎮將拒絕應調入台而叛變降清，這樣第一批赴台參戰兵力實有13鎮，計將士2.5萬人，戰船數百艘。
三月二十二日，鄭成功傳令官兵集結上船，嚴加管束，聽令待發。
三月二十三日午時，雨後天晴，風平浪靜。鄭成功趁著侵台荷軍兵力薄弱及其援軍受到季風影響難以赴台和近日良好氣象條件，下令起航放洋。一支龐大的水師艦隊，在鄭成功親率之下，駛離料羅灣，浩浩蕩蕩地向著東方進發。在何斌和熟悉航路的漁民引導下，艦船於次日全部順利抵達澎湖，無一失者，鄭成功駐娘媽宮，其餘將士分至各嶼駐紮，遇風待機。
三十日夜，風雨稍停，然波濤未息，鄭成功下令開駕。三更後，則雲收雨散，天氣晴朗，鄭軍順風駕駛。四月初二晨天亮，鄭軍水師抵達台灣鹿耳港線外。鹿耳門，港道名，在今台南市安平港北，水底皆沙，縱橫布列，舟不可犯，港路窄狹，僅容兩船，潮漲時水深1.45丈，潮退時水深隻數尺。兵船隻能懸後舵而進。鄭成功親自坐小哨船，在北汕先登岸，踏勘營地。中午滿潮，水漲丈餘，鄭軍水師在何斌引導下，按圖迂回，避開荷軍的炮台，通過道紆水淺的北航道，駛入鹿耳門港。當晚，各船陸續通過大海灣，直插禾寮港。島上同胞，聞訊祖國大陸兵船到來，有數千人紛紛擁向岸邊，用人力、貨車等協助鄭軍上岸。
鄭成功令水兵4000，由陳澤督率，搶占北線尾嶼。此嶼將港道一分為二，其北為北航道，亦即鹿耳門港；其南為南航道，俗稱大港。鄭成功又根據何斌建議，搶占一座糧倉，獲糧足夠鄭軍半月之需。糧倉是茅草屋，易起火燃燒，鄭軍搶占後，立刻派兵嚴守，防止荷軍焚毀。