鄭成功忍無可忍。二十八日,天還未亮,鄭軍數十門大炮,一齊怒吼,一發發炮彈落在台灣城堡上,連續炮擊四個時辰,部分城牆被炸倒塌,還炸死了四個荷兵,傷了數人。揆一憑借堅城,下令荷兵隱蔽,不許反擊。當鄭軍炮擊接近尾聲,步騎兵向城堡推進時,荷軍炮兵突然轟擊,鄭軍士兵猝不及防,傷亡甚重。又經過一番激戰,雙方仍不分勝負。出乎鄭成功意料的是,當天下午,一股荷軍殺出城外,奪了鄭軍的一門可發射六磅炮彈的大炮和三匹戰馬。

鄭成功見攻城碰到了料想不到的困難,決定暫時停止攻城,而把部隊後撤至荷軍炮火射程以外的地區,運走靠近城堡的幾門大炮,在新的陣地上挖溝、樹柵、架炮,對台灣城實行長圍久困。利用戰鬥間隙,讓官士好好休整。

更令鄭成功不安的是,軍糧短缺日益嚴重。在半月前,軍中已開始乏糧。鄭成功遣戶都事楊英、通事何斌,到各鄉社去察尋紅夷所積軍需,獲得糧食6000石、糖3000擔,緩解了一時乏糧之危。鄭成功曾下令各鎮,在不影響戰鬥的前提下,派出官兵屯墾,種菜種糧。但遠水不解近渴。鄭成功又遣楊朝棟、楊英到各地去買糧,接濟兵食。又允準官兵有組織地尋食野菜、野果充饑。

由於軍糧危機,官兵侵害當地民眾利益之事屢有發生。一向嚴格軍紀的鄭成功,哪能容許此風生成?他為了震懾違紀和犯罪,當即決定:以搜掠台灣百姓銀兩、盜匿軍糧罪,處死宣毅後鎮吳豪,對虎衛右鎮陳蟒捆責革職!於是,軍中震動。接著,他又諭令全軍:“不準混侵百姓現耕物業,如有違越,法在必究。”

五月初二,複台的第二批鄭軍,由黃安、劉俊、陳瑞、胡靜、顏望忠、陳璋率領戰船20艘,共六鎮官兵抵達台灣。他們帶來了新生力量,也帶來了部分軍糧,增強了戰鬥力量。鄭成功升任黃安為右虎衛。

鄭成功仍然期望早日結束戰鬥。他連續三次致書揆一,勸令荷軍投降。但揆一依然十分頑固,複信表示要繼續“死守”。有鑒如此,鄭成功決定改變策略:為了實行長圍久困之計,除了部署軍隊輪番圍困台灣城之外,同時,在島上加緊政治、經濟建設,並盡速收複島上其他失地。

鄭軍發現,在靠近赤嵌不遠的蕭壟地方,有一股零散的荷蘭殖民者在固守,就派兵協助當地民眾圍剿。這些荷蘭人逃到了麻豆,又逃到了哆羅國,最後逃到了諸羅山,在鄭軍軍威震懾和優俘政策感召下,全部繳械投降,共計有116人,其中有牧師4人,法官5人。後來,這些人都受到了優待,安排到赤嵌荷蘭僑民營那裏去了。

鄭軍對拒不投降的荷蘭殖民者決不手軟。有一股荷蘭人拒絕投降,企圖從南部向西北部逃跑,鄭軍和台灣民眾便追擊不放,殺死了8人,打傷了22人。

遠在台灣北部的淡水和雞籠(基隆),有荷軍的據點。鄭軍一時不能到達,當地民眾在鄭軍的聲威影響下,紛紛起來驅趕荷蘭人。荷蘭殖民者、商務員魯尼烏斯因害怕國姓爺的兵威,搭船逃往日本。當地頭人和民眾,放火燒掉了殖民者的房屋,襲擊殖民者的艦船,殺死了拒不投降的荷軍一名班長和兩名士兵。

有一些極端反動的荷蘭殖民者,如德爾芬達和一個年輕牧師,利用傳教身份,企圖鼓動當地民眾反抗鄭軍,結果遭到了鎮壓。

鄭軍的正義行動,得到當地民眾的擁護和支持。不僅是成年人,而且許多少年兒童,也踴躍協助鄭軍作戰。另外,在荷蘭殖民機構充當奴隸的兩隊黑人士兵,善使槍炮,受到鄭軍優待政策的感召,也參加了驅逐荷蘭殖民者的正義鬥爭。

在鄭軍長圍久困台灣城期間,駐巴達維亞的荷蘭長官和總評議會不明台灣戰事,認為揆一和台灣評議會懦弱無能,決定由財政顧問克倫克取代揆一.克倫克要去台灣上任,剛剛離開巴達維亞兩天,從台灣海戰中逃跑的馬利亞號船,經過海上50多天的航行,達到巴達維亞,向東印度公司報告了鄭成功率軍進攻台灣的消息。荷蘭駐巴達維亞殖民機構為挽回敗局,便派海軍統領卡宇率艦12艘、士兵725人,裝載了可食8個月的牛肉、豬肉和糧食,快速增援台灣。卡宇此人無作戰經驗,又口齒不清,但卻狂妄有加,一再宣稱:“決不饒恕中國兵船上任何人,見人就殺,不留一個!”他還頒布了獎賞辦法:“捕捉或焚燒中國一隻帆船者賞銀100裏爾,一隻中型帆船者賞50裏爾,一隻舟居子船者賞25裏爾。”