③ 於100000 r/min，4℃離心1h。棄去上清，沉澱用適量的緩衝液B［20mmol/L Hepes（pH7.5）、10%甘油、2% 曲拉通X-100、1mmol/L EDTA、0.2mmol/L PMSF、1μg/mL亮肽素、1μg/mL胃蛋白酶抑製劑A、1μg/mL木瓜蛋白酶抑製劑。冰上預冷。］重懸，冰上預冷2h後分裝至EP管，Eppendorf台式離心機於12000 r/min，4℃離心30min。
④ 收集所得上清液即為質膜蛋白質。
⑤ 粗製的樣品可於幹冰/乙醇中速凍，保存於-80℃。
實例2：細菌膜蛋白的分離
① 於20mL營養肉湯中過夜培養細菌，37℃，1500 r/min。
② 於10000 r/min、4℃離心20min，去上清液。
③ 20mL預冷的Tris-Mg緩衝液重懸，同樣條件離心，再重懸於預冷的Tris-Mg緩衝液［10mmol/L Tris-HCl、5mmol/L MgCl2，pH7.3、4℃保存］。
④ 超聲波破碎細菌。
⑤ 於3000 r/min、室溫下離心10min後去除未破碎細菌。小心吸取上清液（含有胞質成分和細菌外被成分）。
⑥ 超速離心Ⅰ：100000 r/min，4℃下離心60min，去除上清液（胞質成分），收集細菌外被成分。
⑦ 用10mL含2g/L的十二烷基肌氨酸鈉(SLS)的Tris-Mg緩衝液重懸沉澱物，室溫溫育20～30min。
⑧ 超速離心Ⅱ：於70000 r/min、室溫下離心60min沉澱收集外膜蛋白，去除上清液（含細胞質膜）。
⑨ 重複⑦、⑧兩步。充分吸除上清液，並根據沉澱體積大小用0.1～0.2mL的重蒸水重懸沉澱物。樣品於-70℃貯存。
實例3：細胞膜蛋白的分離
① 冰上刮下細胞後將細胞溶於有蛋白酶抑製劑的緩衝液A［緩衝液A：1mmol/L KCl、5mmol/L NaCl、3mmol/L MgCl2、50mmol/L Hepes、1mmol/L DTT、0.5μg/mL亮肽素、20μmol/L PMSF(pH=7.4)］中，於室溫在液氮罐中反複凍融2次。
② 於3000 r/min,4℃離心20min，去除核及未裂解的細胞。
③ 取上清液於15000r/min,4℃離心10min，取沉澱溶於有蛋白酶抑製劑的緩衝液B［緩衝液B：1mmol/L KCl、5mmol/L NaCl、3mmol/L MgCl2、50mmol/L Hepes、1mmol/L DTT、0.5μg/mL亮肽素、20μmol/L PMSF(pH=7.4)、1mmol/L EGTA］中。
④ 於15000 r/min,4℃離心10min，取沉澱溶於有蛋白酶抑製劑的緩衝液C［緩衝液C：0.5μg/mL亮肽素、20μmol/L PMSF、50mmol/L Tris-HCl(pH=7.0)］中即為細胞膜蛋白，-20℃保存備用。
(四)膜蛋白純化方法
膜蛋白的純化方法主要有離心、電泳和色譜技術等：
① 密度梯度離心：適用於中等以下規模；低分離度；適合於酶動力學研究。
② 凝膠過濾：適用於中等以下規模；低分離度；適合於酶動力學研究。
③ HIC：適用於小規模；分離度中等偏下，應用有限製；介質費用中等。
④ IEC或者疏水色譜：適用於大規模或者小規模；中等分離度；介質費用低。
⑤ 固定化離子親和色譜：適用於小規模；中等分離度；介質費用中等。
⑥ 非變性電泳：適用於小規模；高分離度；可得高純度的蛋白質，可用於製備抗體或者測序；不適合酶動力學研究。
⑦ 非變性等電聚焦：適用於小規模；高分離度；可得高純度的蛋白質，可用於晶體化。
⑧ 共價色譜：適用於小規模；高分離度但是應用有限製；介質費用中等。
⑨ 色譜聚焦技術：適用於小規模；高分離度；介質費用高。
⑩ 染料親和色譜：適用於小規模；高分離度；介質費用中等。
配體親和色譜。適用於小規模；非常高的分離度；介質費用高。
進行膜蛋白的純化，一般要用兩種以上的色譜方法，才能獲得電泳純的成分。若樣品含蛋白種類較多，需要用其他方法去除一些非目的蛋白。