⑦ 晶核：晶核在結晶開始，即當蛋白質達到過飽和點時就有可能形成。控製晶核數的方法往往是調控過飽和度。一般來說，晶核數越少，越容易生成大晶體。
⑧ 晶種：不易結晶的蛋白質和酶（如糜蛋白酶），往往加入微量的糜蛋白酶結晶可導致大量結晶的形成。有時用玻璃棒輕輕摩擦容器壁也可達到此目的。需加晶種才能形成結晶的蛋白質或酶，大多數結晶收率都不高。
⑨ 結晶時間：在結晶條件比較適合的情況下，在幾小時甚至幾分鍾即可獲得結晶。但有些情況需數天甚至數月才能結晶完全，視各種蛋白質和酶的具體情況不同而定。
⑩ 晶體形狀和大小：蛋白質和酶的結晶大多數是針狀、棒狀、片狀，有的為八麵體或立方體的菱狀結晶。結晶的大小與結晶時間及條件有關。
其他：結晶條件還受微量雜質、氣泡、還原劑，甚至底物、輔酶、壓力、種屬來源等因素影響，必須給予重視和考慮。
三、結晶的方法
確定和優化形成優質晶體所需要的條件是一項比較困難的工作。假設在由pH、離子強度、反離子、溫度等條件確定的多維參數空間存在某個最優條件，而且沒有理由認為這些因素可以獨立優化，那麼就需要大量的實驗考察所有的組合。利用統計學方法已經能改變研究結晶條件的方式，該方法包括設計數量相對較少的實驗、不完整的因素分析、選擇覆蓋整個參數空間範圍的實驗條件的隨機組合等。常用的結晶方法有以下幾種：
（一 ）鹽析法
鹽析是通過加鹽降低蛋白質溶解度，使其從溶解狀態轉變成過飽和狀態，於是以結晶形式從溶液中析出。結晶用鹽有各種無機鹽（如硫酸銨），有機鹽（如檸檬酸鈉、十六烷基三甲基銨鹽）和各種分子質量的PEG等。鹽類既可以固體形式加入，也可以飽和鹽溶液形式加入。加鹽時應注意邊加邊攪拌，防止局部鹽濃度過高，攪拌不能激烈，以免產生氣泡。當發現鹽溶解速度明顯變慢，則應在沉澱完全溶解後，靜置片刻，觀察溶液是否出現渾濁。加入的鹽量應以維持渾濁不消失為度。加飽和鹽溶液的優點是溶液與溶液易於混合，避免局部鹽濃度過高，同時可免除氣泡產生。
也可用透析的方法來增加樣品的鹽濃度。樣品溶於水後，裝入透析袋中，再將透析袋放入製好的結晶用鹽溶液中。內外液的體積比一般為1∶10。結晶過程中，有時要更換外液幾次。樣品也可以直接溶於結晶用鹽溶液中。這是利用蛋白質在低溫時溶解度高，逐步升高溫度溶解度降低的性質，使其從溶解狀態很快轉變成過飽和狀態，並以結晶形式析出。
對於微量樣品可用自由界麵擴散法、微量擴散法、微量透析法來提高鹽濃度。
（二）有機溶劑法
有機溶劑的脫水作用會使大多數蛋白質的溶解度降低。其優點是有機溶劑介電常數小，所以，有機溶劑參入蛋白質溶液後，使溶液介電常數下降，導致蛋白質結晶析出。使用時有兩點要注意：一是有機溶劑濃度不要過高；二是加入時局部濃度不要過高、或不要因混合熱引起的局部溶液溫度上升，這會引起蛋白質變性。所以加入的有機溶劑要事先冷卻至0℃左右為好。常用的有機溶劑有乙醇、丙酮、二氧雜環己烷、二甲基亞碸等。
加入有機溶劑的方式有下列幾種：① 直接加入有機溶劑。這時要注意攪拌、緩慢滴加、同時要測量溫度。② 氣體平衡擴散。這是利用有機溶劑的揮發性，通過氣體擴散而將溶劑加到蛋白質溶液中的方法。此法的優點是，第一，可縮短結晶時間；第二，樣品溶液與有機溶劑分別置於密閉容器中(如幹燥器)，可避免直接加入法易產生無定形沉澱的弊病。③ 固體融化。將有機溶劑與水以1∶1混合後冷卻，然後投入冷凍幹燥的蛋白質幹粉中，成一懸液。一般來說，蛋白質幹粉由浸潤膨脹而成黏稠狀，再由黏稠狀轉成結晶。④ 混合溶劑抽提。用30%丙酮處理刀豆粉，然後用濾紙過濾，濾液在2～2.5℃冷室放置過夜，即可出現脲酶結晶。
（三）分批法
傳統的結晶方法就是“分批法”，通過加入沉澱劑或者改變pH，直到蛋白質達到其溶解極限，形成少量的晶核，溶液靜置一段時間後會生長出較大的晶體。分批實驗的主要限製因素是沉澱要求保持靜置，實驗過程中惟一的變化是蛋白質濃度的降低。將係統脫離晶核形成區，防止晶核過度形成，有助於結晶化，但每次實驗僅考察一套沉澱條件，所以設計實驗之前需要先了解結晶條件。克服該限製因素的傳統方法是緩慢降低蛋白質的溶解度，通過加熱樣品，置於絕熱的真空瓶中，於冷室中緩慢冷卻來完成。