1606年，偽季米特裏一世被推翻後，大貴族們擁立瓦西裏·舒伊斯基為沙皇。然而反對舒伊斯基的人則又起來反對，反抗運動到1606年夏天已經演變成一場大規模的農民起義。起義的領袖是伊萬·博洛特尼科夫。他出身農奴，年輕時因反抗地主壓迫逃亡到頓河流域哥薩克居住區。蒙古人入侵時，他被抓住賣給了土耳其人，在土耳其艦船上當槳手，被鐵鏈鎖在長凳上不停地劃船。一次海戰，德意誌艦隊擊敗了土耳其艦隊，他乘機逃亡到威尼斯，後來流落到德意誌、波蘭。當他準備動身回俄國時聽說“季米特裏沙皇”並沒死。博洛特尼科夫於是來到波蘭大地主姆尼什克家中拜見“偽季米特裏一世”。這位冒充“季米特裏”的人以“沙皇”的名義任命博洛特尼科夫為“統帥”。博洛特尼科夫帶著“沙皇”的任命書來到普梯弗裏。他身材魁梧，性格堅強，深受壓迫欺淩之苦，有強烈的反抗情緒，因而受到農民和哥薩克的愛戴和擁護。
1606年7月，博洛特尼科夫率領起義隊伍從普梯弗裏出發，進軍莫斯科。沙皇舒伊斯基調兵遣將試圖攔截博洛特尼科夫的起義軍，結果在克羅梅和卡盧加城外遭到了慘敗。起義軍的勝利使沙皇軍隊陷入一片混亂。貴族們擔心大禍臨頭，紛紛離去避難。圖拉和梁讚等城市的一些貴族帶上人馬混進起義隊伍，有的甚至當上了起義軍的將領。
9月23日，起義軍與政府軍在距卡盧加7公裏的烏格拉河和奧卡河交彙處展開激戰。在卡盧加人民的支持下，起義軍擊退了沙皇軍隊的進攻。一周以後，博洛特尼科夫占領了阿列克辛。沙皇緊急派遣另一支政府軍去抵抗農民起義軍。但是，博洛特尼科夫在洛帕斯尼亞河徹底擊潰了沙皇的軍隊。這條河是從謝爾普霍夫通往莫斯科路上的天然界線。起義軍到達帕赫拉河時遇到斯科平-舒伊斯基隊伍的截擊。博洛特尼科夫便同伊·帕什科夫隊伍彙合。聯合部隊在距莫斯科50公裏的特羅伊茨克村與沙皇軍隊發生激戰後，逼近了莫斯科。博洛特尼科夫為統一進攻進行部署，讓主力部隊在科洛緬斯克和紮波裏耶村駐紮下來，一邊休整，一邊等待決戰的時刻。沙皇舒伊斯基困守在莫斯科城內如甕中之鱉。可是就在這個時候，混入農民起義軍中的貴族蘇姆布洛夫和普利亞普諾夫卻率500梁讚人投降沙皇軍隊。起義部隊麵臨嚴重威脅。博洛特尼科夫為了防備莫斯科城內突然出擊，急忙在駐地周圍修築堅固的車壘工事。所謂“車壘”，就是把車子與雪橇同麥稈和稻草堆起來，澆上水，使它們凍在一起如同石頭一樣堅硬，一輛接著一輛排列在營地周圍，堵住進入營地的道路。然而博洛特尼科夫並沒有把莫斯科城完全封鎖住。沙皇的軍隊仍能獲得給養和裝備。11月27日，雙方主力在莫斯科河南岸展開激戰。博洛特尼科夫的起義軍不敵沙皇軍隊，隻好退守科洛緬斯克村。不久，同他聯合的伊·帕什科夫也倒向了沙皇軍隊。博洛特尼科夫的部隊進一步被削弱，起義軍軍心開始動搖。
沙皇舒伊斯基的軍隊在科洛緬斯克村外向“車壘”射擊了三天，未能攻破。後來，當他們了解到車壘的結構後，開始用燃燒彈轟擊，用火焰將車壘烤化、燃燒。博洛特尼科夫不得不放棄科洛緬斯克，向謝爾普霍夫退卻。這時，紮波羅什哥薩克隊伍也向沙皇軍隊投降了。戰爭的主動權轉到沙皇舒伊斯基方麵。成百上千的被俘起義軍士兵被投入河裏淹死，沙皇的恐怖手段嚇壞了起義軍中不堅定的分子。