一時間宮中滿罩著愁雲慘霧，一片痛哭聲直達宮外，大家直哭得天昏地暗，馬皇後幾次昏厥過去，太祖也是兩眼血紅，頓足歎息。
但傳詢潭王的事，卻暫時擱起。因太子朱標留有遺言，太祖成全他至死也不忍有傷手足之情的做法，隻是把太子朱標盛殮了，命宮內外及文武大臣掛孝一天，又去召了天應寺的僧徒百人，追薦太子朱標，凡喪葬的禮儀也格外從豐，太祖又親題諡號，叫作懿文太子。
馬皇後之死
馬皇後思子心切，又親眼目睹他臨死時的慘狀，不久便抑鬱出一場病來，太祖再三地安慰，馬皇後的病卻日重一日，臨終前，她枯柴般的手，無力地握著太祖的左手，隻說了句“望陛下親賢納諫，臣妾要去了”，就氣絕而逝。
太祖又大哭了一場，下諭為皇後發喪，又傳旨自親王以下文武大臣，一概掛孝六月，一切庶民人等也舉哀三天，三天之內禁止肉食，一年中停止喜慶婚嫁。
是年的九月，太祖下諭葬馬皇後於孝陵，尊諡馬後為孝慈皇後。
舉殯的時候，太祖親自執紼恭送。可是偏偏天公不做美，臨葬時大雨滂沱，地上水深盈尺，太祖一邊撩衣涉水，一邊懊喪且銜恨地說道：“皇後一生賢德，恩惠及人，老天倒不能見容嗎？”
應天寺的僧眾各持著幡幢鐃鈸，隨後恭送皇後的靈輀。方丈慧性見太祖不高興，便隨口誦出四句來：“雨落天垂淚，雷鳴地舉哀。西方諸佛子，同送馬如來。”太祖聽了，不禁化憤為喜，立即命石工把這四句鐫在陵前，作為偈語。現在的明孝陵裏，這塊石碣上的字還斑駁可見。
太祖喪了仁子又失賢後，心中愈發鬱鬱不樂。皇後馬秀英翊讚內治，所有補闕匡過等事，真堪稱是古今少有的一位賢後。在胡維庸的黨案中，宋濂的兒子宋澻也連坐被戮，宋濂也再被兒子的誅連而械係入刑部。馬皇後聽說後便急忙進諫：“平民百姓人家為子弟請個老師，還能始終尊敬，況且宋濂親授皇子，難道就不可以保全他嗎？”
太祖道：“既為逆黨，如何能保全？”馬後又道：“宋濂早就退出官場，閑居在家，對這些事情肯定是不知情的；況且宋濂是皇太子的師傅，又是一代大儒，陛下宜施恩見宥。”
太祖發怒道：“宋濂既屬逆黨，應受國刑，你們婦女頭發長見識短，知道些什麼！”說著禦廚進膳，馬皇後在旁侍食，可她什麼也吃不下，太祖便問：“卿嫌肴饌不精嗎？”
馬皇後垂淚道：“妾與陛下起身布衣，當日饜粗糠尚甘，今日怎敢嫌佳肴珍饌不精呢！？不過妾聞宋先生受刑，他曾做過諸皇子的師傅，妾這時不覺替諸皇子傷心罷了。”太祖被她說得很為感動，當即傳諭，赦宋濂出獄。
那一天，太傅張君玉為諸王子講經，秦王嘻笑亂叫且手舞足蹈，攪得課堂一片混亂，君玉非常生氣，用界尺擊傷了秦王的額角，秦王便哭著去找太祖告狀。太祖大怒於張君玉無禮，隨即令內侍傳旨，將張君玉係捕入獄。
其時縫工正在進呈禦服，馬皇後手拿華美的禦衣對太祖說道：“很好的綾錦，被他剪成了這個樣兒，我看應當把縫工治罪。”她這句話嚇得那個縫工麵如土色，連連叩頭，以至於叩得頭額流血，叩得太祖也心軟了，不禁笑道：“他這是奉命製衣，剪是必須的，怎好無辜處罪呢？”
馬皇後這才正顏厲色道：“那麼張君玉受上命教訓皇子，就算是使皇子受責，也隻好由他去，怎好把他治罪呢？”太祖恍然大悟，便赦了君玉。