有人在太祖麵前說郭景祥的兒子不孝，甚至持槊要打郭景祥，太祖便要將這個不孝之子正法，馬皇後奏道：“妾聞郭景祥隻有這一個兒子，獨子易驕，但也未必都會如同別人說的那樣啊，我看還是應該查明屬實，再進行定罪妥當，否則殺了不肖一人事小，可就絕了郭氏一門的後了，這樣會有傷陛下的仁惠呀。”這是真正的仁人之言，而不可視為婦人之仁。後來太祖經過調查，郭景祥之子果然是被人誣陷的，於是太祖歎息道：“若非皇後之善言相勸，朕險些斷了郭家宗祀。”
此外馬皇後隱護功臣的事更是不計其數，就是發生在宮禁裏麵善行，也不能一一說盡的。宮人如有被太祖臨幸得孕的，馬皇後便會對她倍加體恤，妃嬪等如果因為說話做事不小心或任性或不會討好，忤了上意的，馬皇後必然會為她們設法調停。
馬皇後病危之時，群臣請禱祀並求良醫，馬皇後卻對太祖說道：“生死有命，禱祀何益？白白地浪費人力財力。世有良醫，也不能起死回生，倘若服藥後不見效，大家恨罪起治病的醫生，豈不是增加妾的罪過嗎？”明淑如此，太祖感動不已。
馬皇後臨終前，太祖問她有什麼遺言要說，馬皇後嗚咽道：“妾與陛下起布衣，賴陛下神聖，得為國母，誌願已足，尚有何言？不過妾死以後，隻願陛下親賢納諫，慎終如始罷了。”“親賢納諫”四個字，可以說道盡古今的為君之道。
壽僅五十一歲的馬皇後雖然貴極正宮，生活卻一直很檢樸，非大事不著新衣，太祖的羅襪都是皇後親手所製。每逢大兵出征，馬皇後總會把戒妄殺的繡額，頒賜與統兵的將士。其他如規勸太祖修道，訓導皇子學禮，優視六宮嬪妃，恩遇宮女內侍等種種的美德，不僅讓太祖從此不忍冊立正宮，隻令寧妃權攝六宮；且自她在洪武十五年八月崩逝後，不但太祖常常想起她來就痛哭號淘，就是宮廷內外，也歌思不忘，宮中曾有人作追憶歌道：
我後聖慈，化行家邦，撫我育我，懷德難忘。
懷德難忘，於萬斯年，毖彼下泉，悠悠蒼天。
因為朝臣的反對，太祖隻好舍棄英武剛強的四皇子燕王朱棣，立了已故的太子朱標的長子朱允炆為儲君，但太祖同時也預感到了這其中的殺機，於是他苦心謀劃，試圖避免一起骨肉相殘的悲劇發生……
藍玉平定西蜀班師歸來，獻給太祖一個桃李其容冰霜其誌的美人黃香菱，不想她卻與倜儻風流又溫存真摯的美少年朱允炆不顧天大風險，墜入了情網，於是不久黃香菱就因為恰巧被太祖瞧見而白綾賜死，多情的朱允炆夜出宮門祭奠黃香菱，引發了他人生的一次危機……
太子朱標的元妃在孤寂的可怕折磨中，與溫存瀟灑的涼國公藍玉鬧出了緋聞，致使元妃命喪三尺白綾，而藍玉也因為刀刺發妻而被殘酷處死，太祖借機把可能對皇孫朱允炆的將來統治造成影響的功臣斬盡殺絕，而在這背後的背後，燕王朱棣才是這次黨獄的真正策劃者……
瑜妃母子的陰謀敗露，不得已她隻好自殺，而她的兒子也自焚了王府……
癡情的朱允炆在痛苦中又喜歡上了一個不可能的女子汪秋雲，在情錯中，美麗的小宮女翠兒得到了朱允炆的寵愛，可是翠兒也不知道朱允炆在深宮的密室裏到底隱藏著什麼秘密，那個神秘女人汪秋雲成為了一個謎……
冊立皇孫
這個時候太祖已迭納數妃，連生十數子，朱椿為蜀王，排行為皇十一子。朱柏為湘王，排行為皇十二子。朱桂為代王，排行為皇十三子。朱楧為肅王，排行為皇十四子。朱植為遼王，排行為皇十五子。朱杼為慶王，排行為皇十六子。朱權為寧王，排行為皇十七子。朱楩為岷王，排行為皇十八子。朱橞為穀王，排行為皇十九子。朱鬆為韓王，排行為皇二十子。朱模為瀋王，排行為皇二十一子。朱楹為安王，排行為皇二十二子。朱檉為唐王，排行為皇二十三子。朱棟為郢王，排行為皇二十四子。朱榧為伊王，排行為皇二十五子。
在諸皇子中，要算四皇子燕王朱棣最是英武剛強，太祖也最為喜歡他，常說燕王朱棣是最像他的，太子死後，太祖有意要立燕王朱棣為儲君，可此時太子已生五子，除嫡長子早殤外，次子叫作朱允炆，即日後的建文帝，此時也已經長大了，倘或舍孫立子，未免於禮不合。
在中國古代，正妻生的兒子稱嫡子，非正妻生的兒子稱庶子。正妻被稱為嫡母，其它的妾被稱為庶母。對帝王家來說，嫡子和庶子在名份上有重大差別。按照封建宗法製度，皇帝死了，皇位要由嫡長子繼承。即使嫡長子死得早，如果嫡長子有兒子，也要由嫡長子的嫡長子來繼承，其它庶子則不得覬覦。更何況太祖對太子朱標其實是情有獨鍾的，加之太祖對馬皇後的非常真情，其時馬皇後尚在人間；一時委決不下，太祖便在東角門召集群臣商議。
學士劉三吾奏道：“燕王行在第四，如果冊立，將置秦二皇子朱樉、晉三皇子朱棡兩王於何地？那不是蹈了廢長立幼的覆轍？弟不可先於兄，依臣看不如冊立皇孫。”太祖歎道：“這個朕豈能不知，奈何秦王與晉王，一個柔而無剛，一個剛而無斷，都不足以托付大事，隻有燕王智勇兼備，故朕想立為東宮。”