看英宗猶猶豫豫地說：“於謙打敗乜先，於國家實有大功，似乎是應該在赦免之列啊。”石亨厲聲道：“今日不殺於謙，難保他不再助景帝竊國！”
一句話擊中英宗痛處，當即就下旨將於謙斬首棄市，陳循削為庶民，蕭鎡貶為饒州通判，商輅削判職留任。英宗的這道諭旨還說什麼：“於謙、舒良、王誠等本當淩遲處死，現從輕發落，去其手足”。
於是，在就刑前的於謙，是被前一天夜裏就砍去了手與足的。旨意一下，當夜就風發雨狂，電掣雷轟，下雹如雞卵，擊毀奉天門的一角，連正陽門下的巨大馬牌，都飛擲郊外。石亨家內更是水深數尺，曹吉祥門前的兩棵大樹都折斷了，鬧得人人震恐，個個驚慌。
但監斬張祐卻不聽這個邪，他毫不在意地從獄中提出於謙，綁赴市曹。行刑之時，愁雲慘霧滿蔽天空，京城百姓擁擠在街道兩道，無不為於謙泣下。猛然間，日色無光，風暴雨更驟，飛沙又走石。
胡太後聽說了於謙之死，也嗟歎哀悼了好多天。太監曹吉祥麾下一個指揮叫多喇，親攜酒醴，哭奠於謙。曹吉祥知道後，把他痛打一頓，可第二天多喇仍哭奠如故。
於謙的妻子兒女也受牽連，被坐罪戍邊，當錦衣衛查抄於謙的家時，一看於謙居然是家無餘資，隻有正屋一間中有幾件禦賜的物件，連查抄的官吏也為之涕零。
張祐斬了於謙後，正騎馬走在回去複命的路上，忽然一個斤鬥跌下馬來，頓時七孔流血死於地上。張祐得封太平侯，貴顯不過月餘，就這樣暴斃了，真所謂榮華富貴乃過眼之浮雲，真是不必欣羨。而許彬回到家中後，突然滿身青黑，痛苦不已，直直呼號到半夜就咽了氣。
於謙的屍首棄在市上，有千百成群的烏鴉圍繞著，趕也趕不走，足有七八天屍身就是不腐潰。
後來於謙的同鄉都督同知陳逵冒著巨大的風險，收斂了於謙的屍體，帶到杭州葬於西子湖邊，墓碑上題著：“少保於公墓。”再後來英宗醒悟過來，殺了石亨、徐有貞等，並複於謙原官，追封諡號忠肅。現在的西湖邊上，還有於忠肅公墓。
一丘忠魂荒塚，苦雨淒風看世事滄桑，夕陽衰草永伴埋魂處，春日遊人經過，都要徘徊憑吊一會兒，一片荒草埋孤墳，忠名流芳傳千古，於謙真的給自己留下了清白，在萬世人間。
而與於謙被冤殺同步的是，英宗下令有司為故監王振建“旌忠祠”，又賜祭祀禮。
病臥宮中的景帝正值殘夢初回，爐香欲燼之際，忽聞朝堂上鍾鳴鼓響人聲嘈雜，還以為是於謙有什麼緊急軍情要奏告，於是忙命左右內監去探聽，結果卻太上皇複位了。
景帝一聽，全身劇烈地顫抖起來，狠力地捶著床，恨恨地道：“好！好！好！”然後就氣喘不已，顏色大變，再也說不出話來了。這邊獨臥欷歔，而那邊正盈廷慶賀，徐有貞複辟功成，即刻受命入閣，參預機務。
說不出話來病勢篤危的景帝任憑自己被廢，然後軟禁於西內，所有的惱怒都留在了心裏，不過幾天便氣死於永安宮，當然這是英宗願意讓外界理所當然地認為的景帝死因，他可不想讓自己派太監蔣安用帛帶勒死景帝的事傳諸於世人和後人。
年僅三十、做了七年皇帝的景帝死後，被英宗照郕王禮安葬在金山，與所有夭殤的王爺之墳，同瘞一處，至於景帝生前為自己營建的陵墓壽陵，早就讓英宗下旨拆毀了。