在德國，很多人都喜歡聽音樂會或看歌劇，費雪也是一位愛好者。工作之餘，隻要音樂廳、歌劇院有演出，他是必到的觀眾。一天，正好城裏有歌劇演出，實驗結束後費雪把實驗室收拾好，就動身前往歌劇院。他一進歌劇院就發現一些人離他遠遠地，他沒有介意，開始找自己的座位；找到座位，剛一落座，周圍的觀眾就表現出異樣：開始時是相互交頭接耳，繼而好像有人發出了什麼命令似的，大家都不約而同地掏出手絹捂住鼻子，像躲避瘟疫一樣扭轉身子，還有人想逃離座位。終於有人受不了，大聲叫道：“哪裏來的臭氣，誰把這個剛從馬棚出來的馬夫放進劇場來了！”這時費雪才如夢初醒，原來是自己給觀眾帶來了極大的不便，他忙站起身來，趕快離開了劇場。回到家裏，費雪認真洗過澡，又從裏到外換了衣服，但是臭味依然存在，就好像是從皮膚裏散發出來的一樣。費雪有點懊喪，看來歌劇看不成了。但是為了科學研究，這點犧牲算不了什麼。險些獲得第二次諾貝爾獎。
1882年夏天，貝耶爾認真思考了費雪跟隨自己多年的研究情況，認為費雪在學術上已經有比較深的造詣了，應該到外麵去闖一闖，獨立創業。貝耶爾把費雪請到辦公室，開門見山地說：“這幾年你的工作很有成效，不過我認為你還是應該接觸更多的人，到別的地方去求發展。”但是費雪舍不得離開老師，一再請求留下來工作。
貝耶爾看著自己心愛的學生，懇切地講：“費雪，你聽我說，我心裏非常清楚，你在有機化學上的造詣已經比我深了，該出去自己闖一闖了，別在這裏白白耗費時間了。”費雪深受感動，這是老師的一片苦心，隻有加倍努力，創造出新的成績才能不辜負老師的厚望。
在貝耶爾的推薦下，1882年費雪被聘為下厄南津大學化學係有機化學教授，開始從事嘌呤族的研究。1885年轉任維爾茨堡大學教授，在這裏他進行糖類的研究，並繼續做嘌呤族的研究。1892年他來到柏林大學工作，在闡明糖類的結構方麵作出了重大貢獻，並合成了葡萄糖、果糖、甘露糖等。解決糖的結構是當時有機化學中最困難的問題之一，費雪成功地解決了這個難題。這時他在有機化學方麵的研究成果已經超過了他的老師貝耶爾，並且得到了國際上的承認。由於費雪成功地解決了糖的結構以及在嘌呤衍生物、肽等方麵的研究成果，1902年，在他50歲時榮獲了諾貝爾化學獎。
費雪獲得諾貝爾獎以後，仍然不懈努力，並於1914年第一個合成核苷酸。他又被提名為諾貝爾生理學及醫學獎候選人，但評獎委員會認為“再授予他獎金很難說是恰當的”，因而沒有選上。”
1919年7月15日，埃米爾·費雪因患癌症在柏林去世，享年67歲。