埃米爾·費雪1852年出身於德國的一個實業之家，並且是五姊妹中的唯一的男孩，父親對他的期望是學會經營之道，以便繼承自己的事業。
1869年，17歲的費雪以全班第一名的成績畢業於波恩大學預科班。隨後因病在家休學兩年。病休期間，在父親的一再勸告下，費雪到他的姐夫那裏學做生意。說是學做生意，但費雪的心思全不在這裏，結果把賬目記得一塌糊塗。又偷偷地在庫房裏搞起了化學實驗，一會兒發生爆炸，一會兒又發出嗆人的氣味。搞得他的姐夫馬克思·弗裏德裏希一點辦法都沒有，看來隻好將這個“小舅爺”交回去了。弗裏德裏希到老嶽父麵前“告狀”，老費雪聽完女婿的話，知道自己的兒子不是做生意的料。雖然他一心一意希望埃米爾·費雪能繼承和發展自己的事業，但最終還是尊重兒子的選擇，讓他繼續上學。
1871年，19歲的費雪進人了波恩大學。但實驗室簡陋的設備和不良學風讓費雪非常失望，一年之後，也就是1872年秋天，他轉入斯特拉斯堡大學化學係學習，那裏有當時著名的化學家阿道夫·馮·貝耶爾教授。貝耶爾教授對染料、炸藥和藥物的研究有很大的貢獻。費雪非常敬佩貝耶爾教授，貝耶爾教授也很快就發現了這位勤奮好學的青年人的才能，並精心地加以培養。
在貝耶爾教授的指導下，費雪開始撰寫博士論文。1874年他完成了《有色物質的熒光和苦黑素》論文，獲得了博士學位。這時費雪才22歲，成為了該校有史以來最年輕的博士。
斯特拉斯堡大學一向以嚴格求實著稱，在這樣的學校獲得博士學位是要經過嚴格考核的。在隆重的畢業典禮上，大學總監也抑製不住內心的激動，他頗為驕傲地大聲宣布：“本校自1567年創立以來，到現在已超過兩百年了，本屆出了一位最年輕的博士，他就是埃米爾·費雪。”從此以後，“最年輕的博士”就成為費雪的另一個名字。
費雪獲得博士學位之後，已經小有名氣，一些大學爭相聘他去當教授。但是費雪卻另有打算，他認為貝耶爾教授是一位非好的老師，在他身邊可以學到很多東西。當時貝耶爾教授接到慕尼黑大學聘請他去那裏講學的通知。費雪便謝絕了一切聘請，跟隨老師去了慕尼黑大學，當了一名助教。費雪的親朋好友知道他的計劃之後，都認為“放著教授不當，去當助教，有點不合情理”。那時，慕尼黑正流行傷寒病，親人們就更反對他去那裏了。費雪認為，能從師貝耶爾教授是很難得的，因此他不為親友的勸阻所打動，決心隨老師前往慕尼黑。
在慕尼黑大學的頭三年裏，費雪沒有教學任務，他有很多時間專心於研究工作。在貝耶爾教授的指導下進行有關苯肼項目的研究，他首先做的研究項目是合成糞臭素。實驗多次失敗已經夠倒黴的了，再加上糞臭素的臭味就更加煩人。但是費雪一心撲在實驗上，盡管他衣服、頭發和皮膚上都粘上了糞臭素，散發著惡臭的氣味，但他對這一切全不介意，甚至忘記了身上還有什麼氣味。當費雪成功地合成糞臭素，高興地跳起來時，才發現實驗室裏隻剩下他一個人了。因為實驗室裏衝天臭氣，熏得誰也呆不下去了，大家都逃到外麵“避難”去了。