直到現在，幾乎所有的晶體管都利用了鍺，因為它易於以單純的形式製備。但矽至少在理論上顯示了優勢，主要因為用它製成的元件能在更高的溫度下操作。矽還是一種易於獲取的化學元素，而鍺相對稀有。然而，在更高的溫度下熔解的矽使之純化和進入運作程序要比鍺更加困難。
夏克利一夥人通力合作，在實驗中邊幹邊學。當時隻有一兩個科學家在半導體方麵有一點寶貴經驗，對其他大多數人來說，這是一段高強度的學習曆程。
為夏克利工作具有挑戰性。他將他好鬥的性格用於管理他手下的年青的物理學家們。除此之外，他還有我們視之為偏執狂的特性。他懷疑小組成員中有人故意想破壞計劃，以至不讓他們參加某些工作。他還把一些瑣碎的事看作是惡意的，動輒加以指責。總的說來他使大家感到與他共事非常困難。
萬般無奈的情況下，他決定，整個實驗室成員應該進行分段測試記錄，以查明誰應對某一具體的損失負責。當這夥人在開發生產晶體管所需要的技術上取得真正進展時，夏克利的管理模式被證明是一個日益沉重的負擔。
於是夏克利這個團體處於散夥的危險中。事實上，幾個最先入夥的人早已放棄該實驗，另謀高就去了。剩下的幾個人為了穩定隊伍，越過夏克利，直接找資助實驗室起步的阿羅德·貝克曼，暗示他最好把夏克利從直接管理實驗室的位置上撤下來，隻當技術顧問。
雖然夏克利在屬下的造反中未被撤職，但造反的失敗使這些技術人員覺得該另謀生路了。在找工作的過程中，他們逐漸組建了自己的公司去完成夏克利原來的目標——製造出具有商業價值的矽晶體管。
新公司由費切爾德攝影與儀器公司資助，後來它變成了矽穀裏幾個新公司的母公司。幾乎所有這些現在或早先積極從事半導體技術開發的公司都從它們的創立者費切爾德公司和夏克利公司那裏繼承到了原始技術。並非有意地，夏克利對曆史上最壯觀、最成功的工業領域之一做出了貢獻。
1963年，夏克利離開電子工業，接受了斯坦福大學的聘任。在那裏他開始對人類智力的起源感興趣，雖然他沒有在遺傳學或心理學上接受過正式訓練。他開始鼓吹他叫做不良基因學的理論。他使用美國陸軍原始的預測智商數據得出結論：非洲裔美國人與生俱來就不如白種人聰明。這是一種在門外漢和相關領域的專家中引起廣泛爭議的分析。
不過，夏克利用一係列的文章和講演闡述他那煽動性的思想。盡管常常被“呸”聲和“噓”聲所打斷，他頑固地認為補救的教育計劃是浪費時間。他建議智商低於100的個人應自願做節育手術。他公開、反複地給一個所謂諾貝爾精液銀行捐款，該組織旨在將天才們的基因傳遞下去。他還以誹謗罪向亞特蘭大《憲章》雜誌提出訴訟，索賠125萬元，原因是該雜誌將他的主張與納粹的遺傳試驗相比。陪審團最後給了他1美元作為損害賠償金。他站在不良基因學演講台上競選參議員，並且一連競選了8次。
可悲的是，當他79歲因癌症去世時，他竟認為他在遺傳學上的工作比他在創造13億美元產值的半導體工業中起到的先導作用更重要。