首先完成的是降E大調交響曲，這首曲目於1788年6月26日脫稿；隨後是G小調交響曲，它和同樣采用G小調的一首四重奏有著一些令人稱羨的共同特點。最後，8月10日，他在自己的小目錄本裏記下了《朱庇特》交響曲。
莫紮特創作交響曲的態度是非常嚴肅認真的。以前他在為音樂聚會寫室內樂、為自己寫鋼琴協奏曲、為學生寫奏鳴曲、為好朋友們演奏的各種樂器寫協奏曲時，都是隨心所欲地信筆寫去，但在創作交響曲時卻完全不同了。
他似乎認為交響樂博大精深、感情充沛、力重千鈞，是通向音樂發展中璀璨奪目的下一個境界的康莊大道。他每隔很長一段時間才寫一些交響曲，這次是為幾個音樂會而創作的，但那幾個音樂會始終沒有開成。
盡管如此，這些交響曲和莫紮特的其他作品一樣，都是以純粹的創造力表達了精神上的快樂。
這三部交響曲分別表現了歡樂明快、深沉有力和宏偉壯麗三種不同的風格，被人們看作是純粹音樂思維的結晶，而在配器手法方麵又有了明顯的突破，使原來用得較少的定音鼓、單簧管、橫笛、圓號、長號都有了用武之地。
其中，降E大調第三十九交響曲中加進了強勁的小步舞曲，這在別的曲子中是難以找到的，中段田園詩般的旋律又帶有濃鬱的奧地利民間風味。整個樂曲中還流露出海頓的筆觸，是古典交響曲中精湛的典範。
人們以為他是世界上最幸福的人，其實他的敏感的自尊心已受到了嚴重的傷害，但在樂曲中卻已煙消雲散。
這三部交響曲標誌著莫紮特的三個重大飛躍，也為19世紀交響樂大師們氣魄宏大、色彩豐富的音樂語言開創了先河。同時，這三部偉大的作品不容置疑地證明了莫紮特在世界樂壇中的不朽地位。
為了繼續生活下去，也為了歸還他借一些高利貸的錢，在這之後，莫紮特強壓下痛苦的心情，以最快的速度寫出了一批又一批的舞曲。
除此之外，他還完成了幾首別人預訂的鋼琴三重奏曲，其中的G大調是這一年10月份寫成的。
它的行板樂章和變奏曲極其寧靜、澄澈，深受人們喜愛。莫紮特把這首樂曲贈給了戈特弗裏德·雅坎的妹妹巴巴拉。
在辛酸淒楚之中，莫紮特迎來了他一生中精神最煩躁、生活最悲慘的一年，也是作品最少、靈感最為枯竭的一年，即1789年。
在這期間，莫紮特常常去看望馮·斯維登男爵。
男爵因為有個很好的圖書館，莫紮特才得以熟悉巴赫和亨德爾的創作。男爵此時已經聲名大振，一直到後來貝多芬來維也納時他的名望仍然盛極一時。他居於音樂的貴族保護人之首，還是個筆鋒犀利、令人生畏的批評家。
他利用自己擔任宮廷圖書館館長的職務和對顯貴名流的影響力來扶植德國北部的音樂，那種音樂在大眾輕浮的眼光裏自然是過於死板、過於冷漠，也過於深奧了。
他在圖書館寬敞的大廳裏和自己的府宅連續演出了許多次亨德爾的清唱劇，但由於缺乏管風琴，隻好請人把這些清唱劇全都重新譜成管弦樂曲。
他聘請莫紮特改寫其中的一部分，即《阿西士與迦拉提亞》、《彌賽亞》、《聖西西利亞頌》和《亞曆山大的酒宴》。這一純技術性的改觀工作產生的最直接效果，就是它對莫紮特創作《安魂曲》的影響。
正當莫紮特為償還不清債務而情緒低落的時候，康施坦莎告訴他，她又懷孕了。這意味著那可怕的債務又得大大增加了。
莫紮特準備再一次出去尋找出路。1789年4月初，莫紮特和他以前的學生卡爾·利希諾夫斯基一起上路了，到德國中部和柏林去覲見普魯士國王弗萊德裏克·威廉。