水稻常見的病害有30多種，蟲害60多種。常規稻作是以化學藥劑來防治水稻病蟲的危害，如果防治不及時就會給水稻生產帶來巨大的損失，而且往往會造成土壤和稻米的農藥殘留超標。另外，有些農藥雖然在短時間內控製了蟲害的發生，但有時反而會刺激昆蟲的繁殖力，提高產卵量和雌蟲的比例，增加了害蟲的取食能力。因此，如果用藥不當，就會嚴重破壞害蟲與天敵之間、稻田生物競爭種之間的生態平衡。
稻鴨共作體係，就是利用鴨子的好活動、勤覓食、喜雜食等習性來有效控製水稻病蟲害的發生，鴨喜歡吃昆蟲和水生小動物，能消滅稻飛虱、稻葉蟬、稻象甲、福壽螺等。據調查，一隻400～450克的雛鴨，1小時可采食86～99頭害蟲，種類達14種以上；此外，鴨胃解剖表明，一隻鴨捕食到的昆蟲有417～1033頭，鴨的這種出色捕食能力和捕食量是其他天敵難以企及的。在當前水稻害蟲天敵減少的情況下，或其他生物防治一時還難以對付的害蟲，如稻飛虱、稻葉蟬、稻蝽象、福壽螺等，以鴨控蟲，有其獨到之處，是十分有效的生物防治措施。
常規稻作病害中以稻瘟病、白葉枯病、紋枯病以及近年來頻頻暴發的條紋葉枯病分布最廣，危害最重。在水稻生產中除了培育抗病品種外，不同的農藝栽培措施也明顯影響水稻病害的發生數量和危害程度。采用稻鴨共作技術，由於鴨子在田間不間斷的活動，除蟲滅草，吃掉水稻部分黃葉，惡化了病菌的生長環境，從而有效地控製和清除了病害寄主，並刺激水稻健康生長，提高植株的抗病性，不利於病菌的侵染與傳播，遏製了水稻病害的發生，明顯減輕病害對水稻生長期的影響。一些水稻病害是由蟲害傳播引起的，如水稻的條紋葉枯病、黑條矮縮病是由帶毒的灰飛虱引起的。灰飛虱數量的多少直接影響到條紋葉枯病、黑條矮縮病的發病程度。帶毒的黑尾葉蟬可以傳播普通矮縮病、黃矮病、黃萎病等病毒病。稻鴨共作能較好地控製灰飛虱、黑尾葉蟬的發生，從而減輕了這些病害的發生。
1.防治稻飛虱
近年來，褐飛虱連續大暴發。專家分析其原因認為，一定的遷入蟲量為褐飛虱暴發成災奠定了基礎，異常高的種群增長倍數是暴發的關鍵，而引起高種群增長倍數的主要因子是單季稻麵積的擴大、異常的氣候條件和濫用化學農藥。長期過量施用吡蟲啉而引起的抗藥性和失時防治帶來的低防治效果，導致了嚴重的災害。單純依賴化學農藥防治，害蟲抗藥性增加引起再猖獗，大量殺傷天敵又失去對害蟲的自然控製，形成惡性循環，終於產生了一係列嚴重的經濟生態問題。這樣的教訓夠深刻的了。
有人提出通過人工飼養、釋放天敵控製稻飛虱的設想，看來實施的難度很大，至今也未見報道。但鴨可以說是一個例外。鴨的捕食量大、捕食時間長、捕食範圍廣，是防治水稻害蟲理想的天敵。稻飛虱和稻葉蟬的棲息範圍通常都在距水麵30厘米高度以下，而鴨子的控製高度可達50～60厘米，因而完全處於鴨子的可控範圍以內。研究顯示，稻鴨共作中鴨對稻飛虱、稻葉蟬的控製效果尤其明顯，防效達到79%以上。
褐飛虱有集聚習性，根據田間觀察，其種群入侵稻田的定居，往往呈現近似的隨機分布，它們的擁擠度可以達到很高。如果能調控害蟲空間分布結構，提高它的擴散能力，降低其擁擠度，改變其固定取食位置，就可以充分利用水稻本身具有的群體補償能力，緩解局部稻叢的受害壓力。在實踐中，很多基層病蟲測報站發現，褐飛虱的預測圃，由於經常受到人為係統調查的幹擾，竟很少出現“冒穿”現象，並且在後期的調查中發現，預測圃的蟲量大大低於一般大田，以至於預測圃的後期調查數據失去了實際指導意義。究其原因，實際上是無意間對褐飛虱的聚集度進行了人為幹擾。江蘇省農科院1988年曾進行過人工對褐飛虱的田間分布聚集度的幹擾試驗，即用竹竿趕蟲1～2次。結果顯示，褐飛虱的密度與擁擠度皆有較明顯的下降，使得危害程度降低，而且有較明顯的保產效果。試驗可以人工來做，但要在生產上這樣做，顯然是困難的，也是不切合實際的。而采用鴨子，其對褐飛虱的幹擾時間、幹擾強度，都要大得多、強得多。鴨對褐飛虱的控製，不單單有驅趕作用，更有捕食作用。而人工驅趕僅有驅趕作用。