鴨糞為有機肥。有機肥的施用，不僅有利於水稻吸收營養，也有利於增強對害蟲的抗性。田間係統調查表明，有機肥對稻飛虱具有很好的控製作用。單施化肥區，早稻白背飛虱1～5齡若蟲及成蟲發生量為有機肥區的4.48～5.63倍；晚稻褐飛虱1～5齡若蟲及成蟲發生量為有機肥區的2.23～3.92倍。另有研究表明，施有機肥水稻上的白背飛虱卵孵化率和若蟲存活率顯著降低，若蟲曆期延長，產卵曆期縮短，產卵量少，從而減少稻飛虱的發生。
2.防治福壽螺
稻鴨共作控製螺害簡單而又有效。福壽螺為外來入侵有害物種，食性雜，繁殖力強，擴展蔓延迅速，已經在我國南方部分稻區危害成災，並大有蔓延之勢。其實鴨子對福壽螺有著很好的控製作用。據調查，1.25～1.5千克體重的麻鴨，以越冬代福壽螺平均體重2.13克計，一次可吞食120～150克重的福壽螺，一次可消滅56～70隻福壽螺，以秋冬季鴨子在水田放養60天計，一隻麻鴨可消滅3360～4200隻福壽螺。福壽螺成了鴨子極好的動物蛋白飼料，促進了鴨子的生長，可謂一舉兩得。廣東東莞市的研究表明，在水稻幼穗分化期，稻鴨共作處理對福壽螺卵塊和螺量的防效達85.71%～100%，防治效果極為顯著，並優於常規藥物防治。
3.防治水稻條紋葉枯病
近年來，水稻條紋葉枯病暴發成災，成為當前水稻生產的大敵。2004年，僅江蘇省就涉及40多個縣，波及麵積2300萬畝，嚴重發生麵積達1500萬畝。產量損失嚴重的可減產30%～40%。2005年又呈現特大流行趨勢。一是灰飛虱蟲量高，全省大部分地區水稻條紋葉枯病傳毒介體灰飛虱畝蟲量在20萬頭以上，比大流行的2004年同期高1～3倍；二是灰飛虱帶毒率高，全省加權平均為31.3%，大大高於12%的大流行指標；三是感病品種麵積大，全省水稻感病品種的種植麵積達1840萬畝，占水稻總麵積的60%。水稻條紋葉枯病是由灰飛虱在秧苗3葉期到分蘖期傳毒而引起的，因此防治灰飛虱是控製條紋葉枯病的關鍵。鴨子雖然沒有直接的防病效果，但卻可以通過控製媒介昆蟲來控製病害。稻鴨共作中鴨能比較有效地控製灰飛虱，因而可以有效地控製條紋葉枯病的發生。已有試驗表明，防蟲網覆蓋育秧對防止灰飛虱遷入秧田內侵害傳毒具有比藥物防治更好的防病效果；灰飛虱棲息於離水麵3～6厘米的稻株基部，而這個部位卻是鴨子能有效控製的部位。稻鴨共作的實踐表明，鴨對灰飛虱有很好的控製作用。采用“秧田防蟲網覆蓋+大田采用稻鴨共作”這一物理防治與生物防治組裝配套的技術模式，對防治水稻條紋葉枯病將會發揮獨特的作用。用農藥的化學防治方法，遠不及用鴨的生物防治方法來得主動和及時。
4.防治水稻紋枯病
南京農業大學的研究表明，放鴨後20天水稻紋枯病的動態變化，稻鴨共作區和對照區變化趨勢一致，隨著水稻的生長期紋枯病發病率呈上升趨勢，但稻鴨共作區穴發病率明顯低於對照區，但又稍高於常規生產區（噴藥區），說明鴨子雖然不能控製紋枯病的發生，但對紋枯病有一定的抑製能力，能減輕其發病程度，這主要是由於鴨子的活動吃掉了部分紋枯病菌核、病葉和無效分蘖及田間雜草，增強了稻株間的通風透光性能，增強了稻株的抗病性；其次是鴨子吃掉了部分稻飛虱，減少了稻飛虱的排泄物，從而減少了蟲菌共生的幾率，不利於紋枯病的孳生。湖南農業大學稻鴨共作對水稻紋枯病的變化規律研究表明，稻鴨共作對水稻紋枯病具有良好的控製效果，能使紋枯病的病情發展速度減緩，流行期縮短，危害程度顯著降低。其控製效果是通過影響紋枯病的水平擴展而實現的。鴨子一方麵可以啄食部分菌核從而減少菌源，另一方麵鴨子在稻田間不間斷的活動，使菌絲的萌發受到創傷而萎縮，進而停止侵染，使病穴率減少56%，病株率減少57.74%，基本可以控製紋枯病的危害。