目前，稻鴨共作技術幾乎在全國所有稻區都有一定的應用，各地都看到無公害稻鴨共作的技術優勢、生態優勢和食品安全優勢，紛紛擴大應用麵積，但也出現了一些值得注意的問題，一方麵我國的水稻生產是每家每戶的，每個農戶在應用技術時措施不統一、不到位，農業技術推廣部門服務不及時。另一方麵我國市場經濟還不十分成熟，優質優價不能充分實現，部分地方出現稻穀價格和鴨子（包括鴨肉）價格難以提高的現象，特別是在鴨子集中上市時，短時間內還會出現難以銷售的情況。針對這些情況，稻鴨共作技術的發展機製應當采取“政府引導（包括補貼）+農戶生產（包括企業基地的自我生產）+公司加工銷售”的模式。
1.出台政策扶持
鼓勵農戶（包括農業企業）采用稻鴨共作技術並協調好相關工作，企業負責無公害物資（包括品種）的供應、技術的集成，農戶按照企業的技術操作規程組織無公害稻鴨共作技術的水稻生產和鴨子飼養，最終企業加價進行稻穀和鴨子的收購，確保農戶種稻效益的增加。並通過集中養殖、加工銷售於一體的綜合鏈式開發，創造品牌優勢，使稻鴨共作技術得到進一步的推廣。
2.做好產品認證
應用稻鴨共作生產出無公害、有機稻米和鴨子後，還要在產品認證、包裝、品牌、營銷上下一番工夫，使產品的價值得到體現。從事稻鴨共作的農戶、企業提高了收入，增加了效益，就能繼續做好稻鴨共作的應用與推廣，生產出更多、更好的稻鴨米、稻田鴨，滿足消費者對優質安全稻米、鴨肉（蛋）不斷增長的需要。消費者能買到真正安全優質的大米、鴨肉（蛋），買得稱心，吃得放心，即使價格比普通大米、鴨肉貴些，也物有所值。稻鴨共作既能適用於無公害稻米生產，也能用於有機稻米生產，還能生產出無公害、有機鴨（肉、蛋）來，顯示了稻鴨共作技術應用的普遍性。從整體上來說，目前稻鴨共作生產的大米、鴨肉（蛋）數量還不多，還不能滿足消費者的需求，還有待進一步發展。
3.形成城鄉互動
這也是搞好稻鴨共作的一個重要方麵。稻農搞稻鴨共作，既是生產優質、安全、美味的稻米和鴨肉，也是為了保護農村良好的生態環境。城市居民支持稻農發展稻鴨共作的生態農業技術，也是能讓自己吃上優質、安全的稻米。這應該是相互的，互動的。在韓國，圍繞稻鴨共作就開展了多項有益的活動。如在城市發起向農村贈送苗鴨的活動；邀請城市居民、小學生到農村參加稻田投放苗鴨的活動；在稻鴨共作豐收的時節，邀請城市居民到農村參加收鴨、收稻、品嚐稻鴨共作生產出來的美味鴨肉和大米。這些活動的開展，增進了城鄉居民之間的了解、信任和支持，促進了稻鴨共作產品（鴨和大米）的銷售。
稻鴨共作繼承了我國傳統農業的精華，充分利用、合理保護了自然資源，有效連接了不同的農業產業部門，是新世紀水稻可持續生產的最佳選擇。我國是水稻生產大國，也是鴨的生產大國，稻鴨共作實現了這兩個優勢產業部門的強強聯合、緊密結合，成為最有優勢、潛力、生命力的產業。我國是大米和鴨的消費大國，安全優質的大米和鴨有著巨大的消費市場，現代水稻生產隻能生產出普通稻米，稻鴨共作卻能夠同時生產有機大米、有機鴨、有機肥；現代水稻生產依賴於化肥、農藥、除草劑等大量的物質投入，難以持久下去，稻鴨共作隻需稻種、苗鴨、萍種等少量的物質投入就能夠實現稻、鴨、萍的持續生產，投入大為減少，產出大為提高。
稻鴨共作這項水稻可持續生產的技術，還在發展與完善中，充滿著魅力與活力。完全有理由相信，稻鴨共作這項水稻生產的生態型、環保型、可持續新技術，必將在21世紀水稻可持續發展中發揮重要的作用，結出更加豐碩的成果、譜寫更加壯麗的篇章。