為了躲開英國軍艦，拿破侖等人分別乘坐幾隻小木船，隻能在夜裏悄悄地行駛，因此他們行進得非常慢，有時甚至要繞來繞去，好幾次他們都差點被發現。但是，他們最終躲過了英國軍艦，經過40多天的艱難航行，終於回到了法國。
拿破侖遠征埃及的1年中，占領了馬耳他，征服了埃及，趕走了統治埃及的馬木魯克軍隊，並把先進的科學和藝術帶到了尼羅河畔。
拿破侖政變
1798年底，英、奧等國組成了第二次反法同盟。奧地利又占領了北意，並時刻準備著從北意進攻法國。法國的形勢日益嚴峻。
熱月黨人建立的督政府腐敗無能，他們的5個督政官之間勾心鬥角，根本沒有力量去擺平眼前的一切，穩定局勢。人們期盼著一個強有力的人物出現，希望他能趕走敵人，恢複以往的平靜與榮耀。
10月9日黎明，拿破侖在土倫的海港登陸了。這個消息不脛而走，人們的心中又出現了美好希望。在向巴黎的行進途中，拿破侖受到了各地居民的熱情歡迎。
10月13日，督政府得知拿破侖回國，即日將抵達巴黎。正在開會的官員全體起立，整個會場爆發出經久不息的掌聲。會議中斷了，代表們跑上街頭，奔走相告，繁華的巴黎興奮得像發了狂似的。劇院、戲場、大街上，到處都在傳頌拿破侖的名字，巴黎的軍樂隊奏著軍樂，走遍了整個巴黎以示歡迎。
在回國途中，拿破侖便已經有了推翻督政府的念頭，如今這異口同聲的喝彩、萬眾歡騰的景象，更加堅定了他的信念。推翻無能的督政府，這是人民賦予他的一種曆史使命。
在對督政府進行了禮節性的拜訪後，拿破侖就立即開始執行自己的計劃，他首先開始物色自己的合作夥伴，以保證順利奪取法國的政權。
拿破倉的第一目標是塔列蘭。塔列蘭曾任督政府的外交部長，具有卓越的外交才能和審察能力，而且在以往的談話中，雙方對國際問題看法一致。果不出所料，閑居在家的塔列蘭一聽拿破侖的計劃，便立即決定出來為他服務。
籠絡住了塔列蘭之後，拿破侖又來見富歇。富歇當時是警察總監，握有實權。
富歇是個見風使舵的家夥，他從拿破侖身上看到了希望，決心立刻投靠拿破侖，從內部策劃政變。
找到了合作夥伴，下一步就是怎樣對付5位督政官了。在5位督政官中，有3個很容易對付，因為他們無足輕重，又毫無主見。關鍵是如何對付另外兩個——西哀耶夫和巴拉斯。
葡月政變中巴拉斯對拿破侖的重用，使拿破侖記憶猶新，因此，剛開始時，拿破侖準備與他合作，但巴拉斯這時已臭名遠揚，因為盜竊、貪汙、營私舞弊的醜聞，使他被人們所痛恨。拿破侖隻好放棄他，而選擇與西哀耶夫合作。
霧月18日，即公曆11月19日上午，政變開始實施。
拿破侖首先在集會上發表演說：“共和國兩年來的治理工作很糟糕，你們曾經希望我回國後，會結束這麼多的災難……你們將完成你們的任務，用你們的毅力、堅定和信任來協助你們的將軍。自由、勝利與和平將回到法蘭西，共和國萬歲！”
接著他又斥責了無能的督政府：“我為你們締造了一個光輝燦爛的法國，而你們把法國搞成了什麼樣子？我為你們創立了和平，而我回來看到的卻是戰爭！我曾為你們運來了百萬黃金，而我回來看到的卻是饑餓和貧困！我為你們取得了勝利，但我回來看到的是失敗！你們把我熟識的十萬法軍——光榮的弟兄們弄到哪裏去了？他們都犧牲了！……”
拿破侖的演說極富煽動性，激起了人們對督政府的刻骨仇恨，軍隊以暴炸般的掌聲向他歡呼。
督政府的末日已經到來了。
督政府就這樣不費一槍一彈地被解散了。
但是議會還存在，議會擁有立法權，任何政府的領袖隻有通過議會的認可，才能合法，因此，拿破侖暫時還不能算是正式領袖。
第二天下午，拿破侖及其親信等候在議會旁邊的大廳裏。然而，時間一小時一小時地過去了，議會卻沒有作出成立新政府的決定。衝進議會的拿破侖及其親信，受到了毆打和辱罵，個子矮小、身材較瘦的拿破侖幾乎被憤怒的議會代表打個半死。幸虧一些士兵及時趕到，拿破侖等人才逃出了大廳。
經過這可怕的一幕，拿破侖決定用公開的暴力，解散議會。
隨著拿破侖一聲令下，持槍的士兵潮水般衝入大廳，代表們四散逃跑，有的從門口逃出，有的跳窗而奔，但他們很快又被外麵的軍隊包圍起來，逃跑的代表被抓了回來，他們在刺刀的威逼下開了會，通過了成立新政府和解散議會的決定。
新政府成立了，共和國的權力移交給了拿破侖等3位執政官。
1800年初，拿破侖打敗了對手，通過全民表決擁有了無限權力，並搬到了曆代國王的寢宮——杜伊勒裏宮。在拿破侖執政前夕，王黨分子十分猖狂，到處興風作浪。拿破侖上台後，對殘餘王黨、叛軍進行清除 ，不到3個月便平定了，少部分奔逃美國去了。