意大利之戰勝利結束了，拿破侖這位年輕的司令官在1年內，相繼打敗了柯利、博利厄、維爾姆澤和阿爾文齊4位著名將領。這不僅是法國大革命以來最輝煌的軍事勝利，也是拿破侖軍事生涯中最光輝的一頁。
拿破侖從意大利戰場得勝回到巴黎，法國政府給他下達了一項新任務：東征埃及。
東征埃及的計劃在秘密地進行著。拿破侖故意向外放風說，法國將通過直布羅陀海峽攻擊英軍。英國人把握當時的情形，也預測法軍遠征英國大概是不會錯的了。於是，英國海軍將領納爾遜在直布羅陀布下了重兵，等待著拿破侖前來進攻。
1798年5月19日，拿破侖朝直布羅陀的方向揮了揮手，幽默地說了句“埃及見，親愛的納爾遜將軍”後，帶著遠征艦隊從土倫揚帆出航，直奔馬耳他島。
馬耳他島是地中海最好的港口，地處交通要道，遠征的法軍隻有占領此島，才能保證地中海海上運輸線的暢通。
6月10日，拿破侖率軍登陸馬耳他島。
10天後，法國艦隊順利到達埃及亞曆山大港附近海域。
拿破侖手下的一個軍官去與當地的法國領事聯係，以便摸清敵情。
雖然埃及當時是土耳其的領地，但實際上統治埃及的是馬木魯克騎兵。馬木魯克的原意是“奴隸”。很早以前，土耳其經常把買來的奴隸訓練成衛隊。許多奴隸由於作戰勇敢，被提升為軍官，這些軍官在長期的軍事活動中，逐漸掌握了統治權，控製了埃及，成了實際的統治者。
那名軍官和法國領事馬嘉隆，急匆匆地來到拿破侖的船艙裏。
法國領事馬嘉隆見到拿破侖後，訴說了前兩天英國海軍將領納爾遜的英艦來過亞曆山大。
原來等在直布羅陀的納爾遜，聞聽拿破侖攻占馬耳他島後，才知自己上了當，拿破侖原來是聲東擊西，他真正的目的地是埃及。於是，納爾遜率軍急速朝埃及趕來。大概是這位英國海軍將軍太心急了，當他趕到亞曆山大時，卻連拿破侖的影子也沒見到。自作聰明的納爾遜想：拿破侖大概是又使了個迷魂陣，肯定是趕去君士坦丁堡了，於是又率軍趕了過去。就這樣盲目地趕來趕去，使法軍躲過了滅頂之災。
拿破侖決定立即登陸。幾個小時後，亞曆山大這個軍事要地便落入了拿破侖的手中。
登上埃及土地的拿破侖部隊，急速行軍，向首都開羅挺進。
7月21日淩晨，馬木魯克將領看到漸漸逼近的法軍，臉上露出輕蔑的冷笑，他拔出戰刀，大聲叫道：“勇士們，真主會保佑我們，衝啊！”
馬木魯克兵發出狂野的呼喊，以排山倒海之勢撲向法軍。
拿破侖命令各方陣的第一排士兵臥倒，第二排蹲下，第三排直立。第三排舉槍瞄準，後麵的士兵迅速向前傳遞著裝滿彈藥的步槍。而在各個方陣的豁口處，烏黑的炮口也伸了出來。
經過兩個小時的苦戰，馬木魯克兵被打得落花流水，嚇得魂飛魄散，他們稱拿破侖為“炮火之王”。從此，拿破侖的盛名傳遍了埃及等國。
可就在此時卻突然傳來法艦隊全軍覆滅的消息。素以鎮定自若著稱的拿破侖，也經受不住這突如其來的打擊，他臉色發白，悲痛萬分。法國艦隊的覆沒，意味著同法國的一切交通都被切斷，返回法國的全部希望也隨之渺茫。
但籠罩著拿破侖的這種陰暗情緒很快就消失了，他又恢複了堅定、自信和鎮靜。
土耳其見自己的領地埃及被法國人占領，十分惱怒，立即派兵朝埃及進發。1799年2月，拿破侖親自率1萬多人向敘利亞進軍，迎擊土耳其軍隊。
厄運從此開始了。
3月15日，裝載攻城火炮的法國船隻到達阿克爾海邊，拿破侖立即下令攻擊。不久，海上大霧迷漫，看不清前麵的目標，有一些法國船隻居然一直衝入到英國海軍的包圍圈中，英軍不費吹灰之力便將船上的法軍擒住了，船上的大炮也被土耳其人拿來對付法軍。
盡管沒有大炮攻城，拿破侖還是包圍了阿克爾城堡。從未遭受過失敗的拿破侖，仍然堅信幸運之神不會棄他而去。可阿克爾城堡守衛的強大，打破了他的東方之夢。法軍圍攻阿克爾城堡長達兩個月，其間猛攻8次，均以失敗而告終。
拿破侖滿懷遺憾，隻好離開敘利亞，返回開羅。撤退比進軍時更加艱苦，因為這時已是5月末，這些地方酷熱難當。士兵們既為難熬的幹渴所折磨，又為火一般的烈日所暴曬，個個意誌消沉。為了鼓舞士氣，拿破侖不允許自己有任何特殊化。他的馬匹早已給了傷員，在返回的過程中，他一直步行，而且一直走在隊伍的最前麵。這艱難而難忘的行軍旅程使士兵們對拿破侖的愛戴之情到達了極點。
這時，從巴黎傳來了一連串的壞消息：在拿破侖遠征埃及期間，奧地利又占領了意大利，法國國內四分五裂，而政府對此一籌莫展。
聽到這些消息的拿破侖暴跳如雷。他把部隊交給一位親信代管後，立即帶領一批可靠之人，秘密乘船離開埃及，向法國駛去。