這篇號召為自由而獻身的演說引起了轟動，美國報紙說他過去演講時語病百出，這次完全出人意料的演說“感情深厚，措詞精練，樸實、優雅，行文完美無缺”，堪稱“演說的典範，是一篇譽滿全球的演說詞”，將“永垂青史”。
在西線戰場，聯邦軍隊打通了密西西比河大動脈，切斷了“南部同盟”的大西洋沿途諸州與墨西哥諸州的聯係，使“南部同盟”的軍事力量受到沉重打擊。此後，聯邦軍隊在付出很大犧牲後又繼續取得了幾次戰役的勝利。
1864年3月，林肯委任格蘭特為陸軍中將，4月向南部波托馬克河全線發動最後攻勢。6月南部李將軍被迫退居彼得斯堡。
1865年4月9日李將軍率部投降，不久，南、北卡羅來納州的同盟軍也全部投降。幾周內，南北戰爭宣告結束。這是美國曆史上劃時代的大事，它是獨立革命的延續與深入，為資本主義的發展開辟了廣闊的道路，因而也被稱為美國“第二次革命”。
1918年8月20日列寧在《給美國工人的信》中曾高度評價這次戰爭，指出南北戰爭具有極大的、世界曆史性的、進步的和革命的意義。他還在這封信中強調：“為了推翻黑奴製度，為了推翻奴隸主的政權，就是使全國多年進行國內戰爭，遭到同任何戰爭分不開的無窮的破壞、摧殘和恐怖，也是值得的。
北部的勝利維護了以聯邦為形式的國家的統一。在戰爭期間，林肯還製訂了新的關稅法，設立了國家銀行，鼓勵移民，開始興建橫貫大陸的鐵路等，這些民主改革措施，為工業的迅速發展鋪平了道路，為20世紀90年代美國工業生產躍居世界第一位打下了基礎。林肯感到禁止奴隸製度在憲法中尚無依據，擔心根據《解放宣言》獲得自由的黑奴會再次淪為奴隸，因此，他極力主張修改憲法。1865年1月，國會通過了《憲法第十三條修正案》。這是他對解放黑奴鬥爭的又一巨大貢獻。
在內戰時期，林肯工作紛繁。為了整頓政府，他在1639名官員中，撤換了1457人。他處理問題秉公而堅定。例如，事實證明約翰·耶比爾是幫助“南部同盟”的間諜和海盜。在比爾被判死刑後，一大幫頭麵人物出來說情，他們想通過總統的私交來影響總統，但結果還是失敗了。
1863年，他說服妻子讓兒子羅伯特參軍。兒子參軍後，他又寫信給部隊司令官要求不要讓羅伯特當軍官。
作為總統，林肯年俸為25000美元，但是，他在4年中，用這筆錢購買了75000美元的國家公債券。
1864年11月8日，在尖銳的政治鬥爭形勢下舉行了四年一度的總統選舉。由於北部轉敗為勝，以及左翼力量對全國聯邦黨（共和黨人為了爭取民主黨人的支持而暫時改用的名稱）的支持，林肯以壓倒優勢的票數擊敗了他的對手民主黨的喬治·麥克萊倫而再度當選為美國總統。
南北戰爭期間，南部奴隸主放火燒毀種植園，使南部經濟遭到嚴重破壞。因此戰後，恢複經濟成為當時全國最迫切的任務，林肯準備醞釀重建南部的計劃。
1865年4月14日內閣會議結束之後，林肯為了解除疲勞，偕夫人前往華盛頓戲院觀看三幕喜劇《我們的美國表親》。晚上約10點半，正當演出達到高潮時，在內戰中同情南方的名演員約翰·威爾基斯·布斯經過周密準備，右手持槍，左手持刀，潛至林肯包廂後麵，一槍擊中林肯後腦。林肯應聲倒下，昏迷不醒，經過一夜搶救未能脫離危險，於1865年4月15日清晨逝世。
林肯逝世後，全國人民深為悲痛，許多城鎮的哀樂長鳴。從華盛頓到斯普林菲爾德的墓地，沿途群眾以各種方式表達對林肯的崇敬與懷念。馬克思在1862年10月為《新聞日報》寫的《北美事件》中說：“在美國曆史和人類曆史上，林肯必將與華盛頓齊名！”