林肯有時還阻止主張解放奴隸的重要行動，例如當時的西線總司令弗裏蒙特於1861年8月宣布嚴懲叛亂通敵分子，沒收他們的財產，並解放他們的奴隸。但林肯害怕驚動邊界蓄奴州中“忠誠”於聯邦的奴隸主，並擔心“南部同盟”分子報複，下令撤銷弗裏蒙特的職務。弗裏蒙特是第一個采取解放奴隸行動的北部將領，政府中的右翼分子千方百計想要把他除掉。林肯終於屈服於這一部分人的壓力，簽發了撤職令。
1862年12月，林肯正式宣布，任何脫離聯邦的叛逆州，隻要其居民中宣布效忠聯邦的人數達到1860年具有選民資格的人數的10％，並承認國會所製定的法令，就可以重新加入聯邦。這是對南方奴隸主相當大的妥協。
1884年7月，林肯提出除曾充任“南部同盟”政府高級官吏和高級軍官者外，“南部同盟”的其他人，都可經過宣誓效忠聯邦的手續獲得特赦。在林肯看來，南部參加叛亂的各州並不需要實行政治民主化。如果真的這麼做，南部黑人的土地權、選舉權以及其他民主權利則都沒有保障。
由於聯邦政府的軟弱，鼓勵了北部主和勢力，他們主張隨時與南方奴隸主妥協，立即停戰。西北部雖有廣大人民投入反對奴隸製的戰鬥，但“上層”人物多半是由南部遷來的白人後裔，他們害怕黑人在獲得解放後湧入本地，損害他們的利益，寧願與主和的民主黨人結合在一起，阻撓戰爭的徹底勝利。
戰爭的第一階段，由於林肯政府在重大問題上舉棋不定，造成軍事上的失利，引起人民群眾的不滿。在紐約和其他大城市，人民不斷遊行示威，著名的廢奴領導溫德·菲利浦以鋼鐵般的意誌，冒著生命危險，到處奔波，發表主張消滅奴隸製的演說，抨擊聯邦政府的動搖不定。
在全國人民的推動下，林肯政府采取了一些果斷措施，包括撤掉一再使聯邦軍遭受挫折的聯邦陸軍總司令喬治·麥克萊倫，在軍隊中進行肅反，允許黑人參軍等等。
1862年5月20日，林肯頒布了《宅地法案》，允許連續耕種西部無主土地達5年的農民，隻繳付10美元證件費就可獲得160英畝土地。宅地法還使不需繳納絕對地租的農場得到了較大的發展，為美國農業資本主義迅速發展創造了條件。這一措施是消滅奴隸製的第一步，因為對奴隸主來說，他們已經無望再獲得西部土地了。
戰爭需要黑人參加，發展中的經濟需要新的勞動力，全國要求解放奴隸的呼聲日益高漲，廢除奴隸製已刻不容緩。
1862年9月22日，林肯終於發布了舉世聞名的第一個《解放宣言》，也稱做《初步解放宣言》。以後，當林肯於1862年底，握筆在手簽署稍作修改的《最後解放宣言》時，他莊嚴地表示：“在我的一生中，從來沒有比此刻簽署這一文件時更加相信自己是正義的。”
宣言在報上公布後，北部人民遊行示威，載歌載舞，徹夜不眠。
林肯由於頒布了這些革命法令而進入了世界偉人的行列。馬克思認為這個文件是“自成立聯邦以來，美國曆史上最重要的文件”。
《解放宣言》規定自1863年1月1日起，南部參加叛亂的所有種植園主的奴隸，被視為自由的人民，都有參軍的權利。從此，400萬奴隸獲得了解放，成為“南部同盟”後方反對奴隸主的同盟軍。將近19萬被解放的奴隸參加了聯邦軍隊，活躍在聯邦的各個戰場上，給南部以沉重的打擊。
永垂青史
林肯按預定計劃於1863年1月1日發表了第二個《解放宣言》，即《最後解放宣言》。在這以後，內戰發生了急劇的變化，北部從混亂的防禦局麵中解脫出來，轉守為攻。
在東線戰場，1863年7月1日聯邦軍在葛底斯堡大會戰中擊敗南軍，扭轉了戰局。同年11月19日葛底斯堡舉行國家烈士公墓落成典禮。林肯應邀發表演說，而演說全文隻有10句話，用了3分鍾時間。