1860年的最後幾個月發生了多起種植園主的叛亂事件。南部各州不斷醞釀退出聯邦。南卡羅來納州任過6屆國會眾議員和1屆參議員的羅伯特·巴恩韋爾·雷特，首先於1860年12月在查爾斯頓召開了秘密會議，通過決議宣布南卡羅來納州脫離聯邦。接著，靠南端的6個植棉州先後退出了聯邦，加入南卡羅來納州的分裂陣營，組成“南部同盟”，推選密西西比的大種植園主傑斐遜·戴維斯為臨時總統。“南部同盟”的《憲法》規定廢除保護關稅製，宣布決不通過任何一項廢除或限製黑奴占有權的法律。
這時，南部的參議員、眾議員紛紛離開國會，許多官員向政府遞交辭呈，不少部隊的軍官準備辭職，南部州長們都在調遣軍隊。
在這種情況下，《紐約先驅報》發表社論，敦促林肯不要就任總統，讓位給某個南北雙方都可以接受的全國性人物。該報還威脅說，林肯如果堅持到華盛頓宣誓就職，將是走進“恥辱的墳墓”，也許要遭到刺殺等等。對此，林肯在《紐約論壇報》上發表了一項聲明，表示不能坐視聯邦政府遭到毀滅，表示寧死不作讓步，也不以妥協換取權力，因為權力是憲法授予的。
1861年2月11日，林肯依依不舍地告別了斯普林菲爾德。在前往華盛頓的路上，他一再謙虛地表示自己是出身貧寒的總統，但卻要完成比任何總統都艱巨的任務。
林肯冒著沿途可能遇刺的危險到達華盛頓，並於3月4日宣誓就職。4月14日“南部同盟”奪取了聯邦的薩姆特炮台。這是南方不宣而戰。林肯原來試圖對南方進行安撫的做法已經無濟於事，便於次日正式宣布鎮壓南方的叛亂。這樣，美國曆史上有名的南北戰爭從此展開。
平息內戰
南北戰爭從1861年4月開始，到1865年4月“南部同盟”的李將軍在阿波托克斯投降之後不久結束，共持續了4年。戰爭之初北方內部的意見有分歧：馬克思主義者和激進的廢奴運動者主張徹底廢除奴隸製。代表新興工業資產階級利益的共和黨激進派雖然也主張消滅奴隸製，但在製定聯邦政府重大政策方麵不能起主導作用。以林肯為代表的共和黨中的大多數人認為當時首先要維護聯邦的完整統一，而解決奴隸製問題是次要的，因為他們擔心邊疆各州（這些州也存在奴隸製）倒向“南部同盟”。
聯邦政府內部還有一小批右翼分子，如紐約和其他城市的銀行家和商人，他們在南部有巨額投資和貸款，因而和南部奴隸主相勾結，進行陰謀活動，一有機會就興風作浪。此外，北部還有被稱為“銅頭蛇”（北美的一種毒蛇）的北方民主黨主和派和南方串通一氣，擔心失去南方的棉花會影響北部的工業發展，因此也對政府施加各種壓力。
戰爭開始時林肯自任陸海軍最高統帥，作戰1年後，由於北方意見分歧以及林肯政府的政策動搖不定，北方在軍事上處於劣勢，節節敗退。相反，南方奴隸主所發動的戰爭雖然是非正義的，但由於嚴格實行征兵法，強迫黑人從事生產勞動，動員白人參戰，並在一開始就先發製人，對北部進行猛烈襲擊，因此戰爭初期獲得了局部的勝利。
在南北戰爭進程中，美國馬克思主義者人數雖然很少，但起了極為重要的作用。北部的自由黑人、從南部逃亡到北部的黑人、廣大的工人、小生產者、小資產階級廢奴主義者以及一小部分工業資產階級都要求徹底粉碎奴隸製度。廣大革命群眾要求把代表南部奴隸主利益的民主黨人從政府機構和軍隊中清洗出去，實行民主改革，用革命的方式進行戰爭，以保證戰爭的勝利。
然而，此時林肯傾向於中間派，在奴隸製問題上他總是謹慎小心，避免堅決的行動，希望在憲法範圍內和解。最初他並不要求徹底消滅奴隸製，僅僅反對把這種製度擴展到西部領土，以後林肯認為隻能逐步釋放奴隸，並應對奴隸主作經濟賠償。
1864年4月6日，林肯政府通過法令，廢除華盛頓哥倫比亞特區的奴隸製，規定奴隸主每釋放1名奴隸可得到補償金300美元。