話雖如此，洪蘭友仍認為“雷震是老板”，又是大家的好朋友，一定會“賣這個人情”的。雷震返回社裏不久，即召集編委會緊急會議，以商討改版之事。這時保安司令部政治部主任王超凡也來到了和平東路二段十八巷一號《自由中國》社，懇求雷震不要再發行這一期了，稱此事有關保安司令部的名聲，如若發行務請改版後再發，抽去有關孫元錦自殺的文章。
王超凡的這一請求，與洪蘭友等人出發點不同，盡管洪的請求其中不乏受人委托，但同時也是為《自由中國》長遠利益著想。雷震對王超凡說，絕不能改版，“有關言論自由的問題，《自由中國》的宗旨是，‘要向全國國民宣傳自由與民主的真實價值，並要督促政府（各級的政府），切實改革政治經濟，努力建立自由民主的社會……’，今因揭發政府壓迫人民的事，如不能直言無諱，那不僅違反了我們的宗旨，也就違反了我們的良心……”王超凡表示願意承擔改版的所有費用，還是遭到了拒絕。
王見雷震態度如此堅決，竟當場跪下求情。“……蓋恐《自由中國》社不能改版，他可能要受處分，而且飯碗砸破。我看到他那付可憐相，心中實在有些不忍，始允予考慮” ，雷震後來說。王超凡走後，情報局劉瑞符也前來求情……保安司令部雖一向有恃無恐，但畢竟做了傷天害理之事，惟恐千夫所指同時又擔心會影響到某些人的丟職或遷升，才派人跑到雷震這裏低三下四地求情。
為改版這件事，雷震打電話給黃少穀，想征求一下他的意見。黃當時是改造委員會宣傳指導小組的召集人，又是中央常委、“行政院”副院長。雷震未能找到黃少穀，又去張群那裏。張對雷震說，孫元錦之妻將此事告到“總統府”秘書處，有關部門已將保安司令部保安處經濟組組長李基光拘捕法辦。此後，由於種種因素之促成，孫元錦自殺事件終因《自由中國》半月刊同意改版而暫告一段落，有關當局對此也采取了一種較為審慎的低調態度，“一方麵消極的用法（戒嚴法、出版法），不準發行；一方麵積極的用情，由高階層政治人物出麵遊說” ，雷震終於作出最大的讓步。此事傳到了王雲五 耳中。
9月17日下午二時，雷震去王雲五家時，這位前上海商務印書館的老板“對《自由中國》遭遇亦憤慨” ；與此同時，也引起了青年黨立法委員李公權的關注，他撰文質問當局：“這是不是損害言論自由？”9月18日，《自由中國》半月刊在報上發布廣告，其中有“茲因故延期兩日，改於今日（十八日）發行，敬請讀者鑒諒”等字句。因此，“綜觀此事件的發生，仍然標示著一個國民黨當局與《自由中國》互動關係的轉折。在此之前，政府不曾幹預《自由中國》的出刊，雖有停刊、法辦等威脅，但畢竟對刊物的編輯內容尚無實際幹涉的行動，在此之後對《自由中國》的幹預已呈現為台麵上的實際行動” 。
“祝壽專號”
1956年10月31日，蔣介石七十大壽。蔣故作姿態，婉謝祝壽，並“以六事谘詢於國人，均盼海內外同胞，直率抒陳所見，俾政府洞察真情，集納眾議，虛心研討，分別緩急，采擇實施……”。這份“婉辭”是透過“行政院”新聞局轉告台灣各報刊雜誌的。在此背景下，雷震與一些主張自由民主的人士共同策劃了一組係列文章以對“國是”提出自己的看法，這就是後來轟動一時的《自由中國》半月刊第十五卷第九期“祝壽專號”。這一期《自由中國》共發表十六篇文章，除一篇社論之外，其餘十五篇均出自於專家、學者或在野黨領袖之手，其中包括胡適、徐複觀、毛子水、夏道平、陳啟天、陶百川、王世傑、雷震等人。他們毫無保留地“直率抒陳所見”，在當時政治氣壓甚低的情況下，發聲建言，實屬難得。社論係雷震所寫，他首先審視了所謂“總統”任期問題，根據當時憲法第四十七條之規定：其任期“……為六年，連選得連任一次”。這時的蔣介石做第二任“總統”已有三年，第二個任期即將屆滿，之後該怎麼辦？人們揣測紛紛，也不無憂慮，雷震因此這樣寫道：