雷震的反應也開始變得強烈起來，他認為“這不僅是加帽子，而有謀害之意”、“以言論對言論，本是可喜的現象，不過他們的方式錯了” 。1957年1月16日，《自由中國》發表《我們的答辯》一文，大意是《自由中國》從未認為自己的主張與言論，“是惟一的、終極的真理，所以歡迎批評與討論，但刊物發現其麵臨陷構與誣蔑，卻無法沉默”。同期還刊發了成舍我 以筆名範度才（諧音反奴才）撰寫的《〈中華日報〉鼓吹暴動》一文，以回應《中華日報》上《蛇口裏的玫瑰》一文對《自由中國》的誣蔑攻擊。之後，軍方刊物《國魂》以全冊篇幅繼續圍剿《自由中國》半月刊，甚至說這毒素思想的淵源就是“五四運動”所提倡的“科學與民主”。1月18日，成舍我在立法院見到陶希聖，陶對成舍我說：《自由中國》的言論太過激烈了。成舍我坦言：雷震過去與“老先生”（指蔣介石）有相當的關係，且為政府做過許多事情，你們現在逼人太甚，開除其黨籍、國策顧問，最後連吃力不討好的中日文化經濟幹事長也不讓做了，何怪乎人家要反對你們 。雷震並不讚成這樣的說法，未免太私人化了。
他在日記中記述說自己曾給黃宇人去信，勸其“不可消極，自由是爭取來的”，又說“吾人立於社會，隻問良心安不安，不能畏懼權威，不然民主自由真無前途了” 。2月5日，《自由中國》半月刊召開編輯會議，決定再寫一篇社論《個人自由與國家自由》以作出回應。王世傑則提醒雷震“在不失掉自己立場之下要謹慎，以免自己被毀，目前是我們最困難時期” ，他甚至擔心有人會謀害雷震。2月18日，雷震赴許孝炎 處，許對他提出三點意見：一，不批評蔣介石個人；二，不批評國民黨；三，態度溫和。雷震表示，第一、第三兩點均可同意，但第二點不能接受。雷震這樣說：“國民黨必須取消優越感，國民黨員再不能有做皇帝觀念”。
許又提出不“隨便批評”，雷震認為“《自由中國》從未隨便批評”，“對方可以批評，但不能加帽子，如對方說我們是匪，我則一齊取銷”，許孝炎表示同意這個說法 。幾個月來，軍中政治部門對《自由中國》的圍剿始終沒有停止，他們在軍中散發《向毒素思想總攻擊》的小冊子；而在國民黨內部《工作通訊》上，也有《從毒素思想談到黨的思想教育》之類的文章，“二者均以自由主義者為假想敵，後者認為《自由中國》係危害反共複國與國家民族的思想敵人。諸現象反映黨方、軍方已有以權威心態對抗自由主義的態勢，而公開對胡適、雷震與《自由中國》抨擊，則顯示當局預備對自由主義進行思想壓製。
” 不過，馬之驌認為，這不過是國民黨“垂死的哀鳴”而已，“國民黨一發動圍剿《自由中國》言論，一些靠津貼生存的報刊，莫不搖旗呐喊，不分青紅皂白，亂箭齊發，假想造成一種‘強勢輿論’，誤導民眾錯覺‘民主就是少數服從多數，各報刊都說《自由中國》的言論錯誤，他們就應該俯首認罪’，其實不然，恰好弄巧成拙，因為‘民眾的眼睛是雪亮的’，尤其是台灣民眾。” 自出版“祝壽專號”後，《自由中國》“在編輯作業方麵，隻要一發稿，就有特務們到印刷廠要求看稿，必要時還要拿出去照相，再將原稿送回；出版後，隻要有一篇文章是批評政府或是批評國民黨的，就要受到數家國民黨辦的報刊的‘圍攻’，不過久而久之，大家自然的就養成接受檢查的習慣了，否則又將奈何呢？”不過《自由中國》也從此“豁出去了，俗話說‘武大郎服毒，吃也是死，不吃也是死’，我和你拚了” ，即埋下了不久的將來雷震等人遭至政治構陷而鋃鐺入獄的因果。若幹年後，台北市文化局長龍應台在評價這一期“祝壽專號”時說，“這正是雷震十年牢獄之災的關鍵點”，並稱“今日知識界仍然尊敬雷震，就是因為知道當年發出良知之聲是一件多麼不容易的事” 。